李氏治学，博采众长而不偏执一家。他十分重视阴阳水火的相互关系。认为阴阳水火是万物之本，而于人身之中即是气血。水火宜交不宜分，水火的升降出入，运动不巳，推动了万物的生长和发展。在水火阴阳的关系中，阴虽根于阳，阳虽根于阴，然阴阳二者，阳于生命活动尤为重要。既然阳于人体如此重要，因此，气血阴阳俱虚者，补气补阳当在其先，提出“气血俱要，而补气在补血之先；阴阳并需，而养阳在滋阴之上”的论调。李氏重阳气的思想，与张介宾之说颇为—致。不过，张氏重阳气主张温补肾命，而李氏强调补气补阳药的运用而已。正因为李氏重视先后二天，因此其临床多从脾肾入手，重视先后二天的调理。其治疗内伤杂病，诸如补中益气汤、四君子汤、附子理中汤、六味地黄丸、金匮肾气丸等均为习用之剂。