对于白鱀豚的科学分类一直存在某些争议，主要是在白鱀豚属于哪个科上意见不一致。例如《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》将它归为白鱀豚科（Lipotidae），而ITIS则曾经将它归为亚河豚科（Iniidae）。

1918年，美国史密森尼学会会长加勒特·米勒（Garrett S.Miller）在比较了白鱀豚和亚河豚的骨骼后，认为二者是近亲，将白鱀豚归入了亚河豚科。大多数生物学家也支持他的这个结论。1979年中国生物学家周开亚等人在比较了白鱀豚和其他淡水豚类的骨骼后，否定了米勒的结论，并建立了白鱀豚科，并得到了其他一些学者的认可。但是巴恩斯（Barnes）对弗西豚科的化石与白鱀豚进行对比后认为白鱀豚应该属于弗西豚科的亚科Lipotinae。而赫宁（Heyning）在进行比较解剖学研究后，把白鱀豚作为了亚河豚科下的一个属。而DNA序列的测定结果则表明，亚河豚、弗西豚和白鱀豚各属于不同的科。至此，定论白鱀豚科为独立科。

中国对白鱀豚的认识和记述有二千多年的历史。白鱀豚的古称鱀（音jì），又称白鱀，最早的记载是秦汉时期的辞书《尔雅》，那时候名字叫做“鱀”。据说，当时的数量超过5000头，广泛分布于长江流域。全长约1700千米的江水中，都有属于白鱀豚的身影。古老的人类曾经错误地把白鱀豚归为鱼类。到了晋代，为《尔雅》作注的郭璞（公元276-324年）在《尔雅注疏》中对鱀的形态及习性作了详细的记述，并且第一次正确地把白鱀豚分出鱼类：“鱀，䱜属也，体似鲟，尾如鱼。喙小，锐而长，齿罗生，上下相衔，鼻在额上，能作声，少肉多膏，胎生，健啖细鱼，大者长丈余。江中多有之。”。北宋孔武仲作有《江豚诗》。诗中的“白鬐”就是白鱀豚，并指出它与江豚不是同一物种：“黑者江豚，白者白鬐。状异名殊，同宅大水，渊有大鱼，掠以肥已。……”

唐代陈藏器的《本草拾遗》和明代杰出的医药学家李时珍所著《本草纲目》（1578年刊本）均曾把鱀作为江豚的同物异名。清代郝舞行（1755-1823）在《尔雅义疏》中指出了他们的错误：“陈藏器，李时珍并以鱀为江豚，但江豚名长度胖，即掬鱼，见《广雅》，鱀尾似之，而体则异。郭云蜡属，体似娜，非江豚矣。1890年，清代方旭在《虫荟》中说：“海豚，一名鱀，……大腹尖嚎。齿罗生，上下相。”另一说：“今江中时有之，大者长丈余，肉可食，味如水牛肉。”方旭的缺点在于没有把鱀与其他海豚相区别，但他说的长江中时有的海豚实即白鱀豚是肯定的。

综上所述，两千余年来中国古代文献中多次有关于白鱀豚的记述，最早发现白鱀豚的是中国古代的劳动人民。白鱀豚的名称在劳动人民中代代相传，到现代仍为广大渔民所习用。据调查，除在安徽称青鱀，在江苏称白夹或江马外，长江中下游的渔民（包括安徽和江苏）均称白鱀。当地人称白鱀是指与江豚相比其体色相对较浅，而不是误认为它全身皆呈白色。

1914年，美国野外博物学家查尔斯·麦考利·霍伊（Charles M.Hoy）在中国的洞庭湖地区收集到了一个白鱀豚标本，将其带回美国后，时任美国史密森尼学会（Smithsonian Institute）会长兼学者的加勒特·米勒（Garrett S.Miller）对其从形态学、解剖学，以及其骨骼、牙齿位置等进行研究。1918年，米勒在论文《来自中国的一个淡水豚新种》中确认白鱀豚为一种独特的新物种，并定下了拉丁语学名“Lipotes vexillifer”和英文名“Chinese river dolphin”（直译为“中国江豚”）。白鱀豚正式成为一种国际承认的新物种。

最初的英文名“Chinese river dolphin”在各类出版物上流行了近一个世纪，被英国《Nature》杂志的引用后更是深入人心。但近些年中国传统文化在国际上的影响日益广泛，西方学界开始重视中国的文献研究成果，且以最早的文献记载为优先定名原则，因此白鱀豚的正式英文名改为“Baiji”（白鱀）。

美国博物学家查尔斯·麦考利·霍伊把白鱀误作“白旗”，提出“白旗海豚”的名称传到了西方，西方人开始称其为“白旗”，这是错误的。1955年，中国科学院编译局编订的《脊推动物名称》中将它称作白鳍豚，实际上它的背鳍、尾鳍及鳍肢背面均呈青灰色或灰色，用白鳍豚之名易对其鳍色产生误解。鉴于“白鳍”之名不是历史曾经应用的，又不符合该物种的特征，1977年3月，中国著名动物学家周开亚在《动物学报》期刊上撰文提出，所谓的“白鳍豚”古称为“鱀”，根据历史记载和群众普遍的称呼习惯，将中文名改为“白鱀豚”。之后，中国科学院动物研究所正式将该物种的中文标准名称定为“白鱀豚”。而《濒危野生动植物种国际贸易公约》（CITES）2019年版和中国《国家重点保护野生动物名录》2021年2月5日版则将该物种的中文标准名称规定为“白鱀豚”。

截至2010年末，世界上保存的白鱀豚标本共89件，有性别记录的共72件，其中34件雄性，38件雌性。中国存有86件，有资料的剥制标本共39件，骨骼标本20件（完整的骨骼标本10件，不完整的1件，头骨9件）。还有7件浸制标本，其中4件为胎儿（2件存于中国科学院水生所，另2件分别归属四川大学自然博物馆和岳阳市农业局水产组），3件为成体（分别存于中科院水生所、江苏省淡水水产研究所和安徽师范大学生命科学学院）。

世界有3件均为采集自洞庭湖的骨骼标本，分别藏于美国国立自然历史博物馆、纽约自然历史博物馆和英国自然历史博物馆。美国国立自然历史博物馆所藏的头骨即为1914年霍依在城陵矶采集，后交由米勒研究的模式标本，是全球第一件白鱀豚标本。纽约自然历史博物馆的标本则是全球第一件完整的白鱀豚骨骼标本，雌性，系1921年该馆工作人员组成“中亚古生物考察团”到中国考察时，由武汉分队长波普（C.H.Pope）以21美元从岳阳渔民处购得。英国自然历史博物馆的标本是1922年英国阿伯丁大学医学教授斯基纳（Skinner）在中国工作时偶然所获，雌性，整个尸体被运回伦敦，使英国学者得以首次对白鱀豚进行解剖研究，并将骨骼制成标本。

所有存世标本中，有4件骨骼标本是20世纪上半叶的“古董”，即世界的3件和上海科技馆自然历史分馆的1件头骨（1920年左右采集于未知地点，填充于剥制标本内）。1949年后收藏的标本中，采集自50年代的有10件，60年代11件，70年代20件，80年代28件，90年代15件。21世纪采集的标本仅1件，即2002年人工饲养至自然死亡的“淇淇”，是最后一件白鱀豚标本。许多珍贵的标本都未得到有效的保护，标本损坏、腐烂变质、遗失、信息不详、信息混乱等问题非常严重，亟待有关方面的重视和管理。

白鱀豚雌性成体最大体长253厘米，雄性成体229厘米，体型大小的性二型明显。白鱀豚体形中等粗壮，有狭长而稍微上翘的喙，圆的额隆，低三角形的背鳍位于从吻端向后约2/3体长处，是其最显著的野外识别特征。头骨的吻突狭长，在上齿列后端与眶前凹之间略缩窄；吻突侧面有明显侧沟，腹面两上颌骨间有约与上齿列等长的浅沟；上颌骨基部向后方扩展，在头骨后缘与上枕骨相接，侧缘向上翘起形成上颌脊，在眼眶部强烈上曲；鳞骨颧突不达额骨眶上突；上枕骨仅微向后方隆起，故头骨后缘平直；两上颌骨腭部相接；翼骨钩突具深凹腔；鼓围耳骨与颅骨保持松动的直接联系；下颌联合极长，其长接近或达到下颌骨长之半。

它的尾鳍扁平地分为两叉，两边的胸鳍呈扁平的手掌状，背鳍呈三角形。这四鳍给白鳍豚提供了优良的水中游动时方向与平衡的控制力，再加上光滑高弹性的皮肤与流线型的身躯，白鳍豚在逃避危险的情况下可达每小时60千米的游速。平常它保持着每小时10至15千米的游速。

鳍肢宽而梢端钝圆。与海生的海豚相比眼睛较小，但不像恒河豚的眼那样小。体上面主要呈蓝灰色或灰色，体下面白色。在头和颈的侧面从眼至鳍肢形成灰色和白色间的波状分界。白色部分在鳍肢前向上伸入灰色部分形成2个显著的白色斑。雌性殖孔位于肛门前18-20厘米处。

口中共约有130个尖锐牙齿，为同型齿。牙齿略前后扁，曲面向内，齿冠具纵脊形成的网状釉褶。上下颌每个齿列有31-36枚圆锥形的齿。

皮肤光滑细腻，富有一种特殊的弹性，原理与竞赛式游泳衣着中使用具有弹性的尼龙织料相同，能够减少在水中快速游动时身躯周围产生的湍流。新生幼体体色略深，成年白鱀豚一般背面呈浅青灰色，腹面呈洁白色。水平伸展的鳍肢和尾鳍上下两面分别与背面和腹面同色，这样的颜色分布恰好与环境颜色相符。当由水面上向下看时，背部的青灰色和江水混为一体。由水面下向上看时，白色的腹部和水面反射的强光颜色相近。这种使其他动物难以辨认的体色称为反荫蔽保护色，使得白鱀豚在接近敌害或猎物时能够不被察觉。

白鱀豚的大脑重量约占总体重的0.5%，已经接近类人猿的水准。甚至有学者认为白鱀豚的智商比类人猿更高。哺乳动物的大脑需在使用一段时间后进入休眠状态，才能在觉醒后正常运作。鲸豚类有着独特的大脑系统，可以一半大脑休息，另一半工作。成年白鱀豚的大脑每天有7-8小时处于半睡半醒的状态（近似成年人的睡觉习惯），其余时间全脑觉醒。

作为哺乳动物，白鱀豚和人一样需要给体内血液不断供氧。陆地哺乳动物休息时，可在小脑控制下进行不自主的呼吸，而鲸豚类所有的呼吸均是需大脑反应的自主呼吸，因此呼吸必须在神志清醒的状态下进行。生病、受伤等原因使它们失去知觉后，便会沉入水底，当血液内所剩氧气使用完毕后进入脑死状态，所以在水中溺死是老弱白鱀豚的正常死亡方式。

染色体组2n=44，14条常染色体为中着丝粒染色体，16条为亚中着丝粒染色体，4条为亚端着丝粒染色体，8条为端着丝粒染色体。性染色体中X为中着丝粒染色体，Y为端着丝粒染色体。

白鱀豚栖息在中国长江和钱塘江的下游，以及鄱阳湖和洞庭湖。它们喜欢留在沙洲旁边形成的大漩涡附近。主要栖于长江及其支流、湖泊的入口处和江心沙洲附近的长江干流中。水深一般为10-20米，流速每秒1米左右。多在长有杂草芦苇的沙洲、沙滩水段活动。多在有沙洲分布的江段发现。它们常在洲头、洲尾的岔流汇合处活动。

在20世纪80年代初，最常见的是2-6头组成的小群，有时形成约达16头的聚群。但也经常发现个别白鱀豚单独行动。群居的白鱀豚一般有一只成年或老年的大个体豚引路，中间是幼豚，后面是青壮年豚。常见其与江豚共游，交配期间的集群行为尤其明显。

它们呼吸时出水低，常仅露出头顶、背鳍和一小部分背部。呼吸间隔大多为10-30秒，长潜水时达数分钟。在春季，有时见到它们跃出水面。在浅水区换气较频繁，游速较快；在深水区换气间隔的时间较长，游速较慢。白鱀豚下水顺流游泳速度约7.5-9.7千米/小时，上水逆流约2.7-4.9千米/小时。迁移范围至少可达200千米。遇到船只驶近，白鱀豚通常潜水躲避。

白鱀豚用肺呼吸，每隔10-100秒就要露出水面换一次气，并发出“嘘哧、嘘哧”的响声，有时会喷出水花。换气时头顶及呼吸孔先浮出水面，接着露出背部。出水呼吸时间约1-2秒钟，潜水时间每次约20秒，受惊后或察觉到危险的特殊情况下，可长潜200秒不出水呼吸。正常情况下，呼吸频率为每小时109-150次。当天气闷热，暴雨即将来临之际，会频频露出水面一起一伏，故而白鱀豚又被称作“拜江猪”。

白鱀豚有恒定体温，在36℃左右。对水温条件要求较高，常在一个固定区域停留一段时间，水温变化后又迁入另一区域。习惯栖息于江流中心的深水区，也会进入湖泊、支流与干流汇合处。主要在白天活动，夜间休息。胆怯害羞，很少靠近岸边和船只。

白鱀豚多在清晨和黄昏进食，常在晨昏时游至浅水区捕食鱼虾。靠自身发出的超声波讯号发现食物并突袭式吞食。消化能力很强，捕到食物不经过咀嚼，整口吞入腹中。食量很大，日摄食量可占总体重的10%-12%。主要猎物是草鱼、青鱼、鳙鱼、鲢鱼、鲤鱼、三角鲂、赤眼鳟、鲶鱼和黄颡鱼等。所食鱼体长多在25厘米以下，体重不到100克，最大的食物有50厘米长，重1200克，尤其偏爱体长不超过6.5厘米的小鱼。

白鳍豚长期生存于长江的浊水中，所以它的视觉和听觉均退化严重，在水中主要以发射声呐接收信号来识别物体。白鱀豚的上呼吸道有着三对独特的气囊与一个形似鹅头的喉咙，但是因为生存于水中靠水发音，所以并没有陆地动物在空气中发音所需要的声带。用特制的水听器，可以听到白鱀豚发出的“的答”“嘎嘎”等数十种不同的声音。白鱀豚发出的声音常为两声一对，发出声音后会安静的等待着回声，从而辨出自己与产生回声的阻碍的距离和大小，并且考虑是否游向目标。它又会在收到回声后的不久发出新的一对声音，稍候又安静一阵等待回声。第二次回声收到后，它便可以分析出目标游动的方向与速度，白鱀豚就是这样如人造声呐般的做回声定位。用这独特的声呐系统，它时常还可以在江底的淤泥中捕捉食物，也可以发出人耳听不见的高频率音波，与十多千米外的同伴联系。

白鱀豚是中国长江中下游特有物种。历史上西起宜昌西陵峡，东至上海长江口，全长约1700千米的长江江段都有白鱀豚出没，包括洞庭湖、鄱阳湖等毗连长江干流的大小湖泊及河港，甚至还曾在富春江出现过。

受上游建坝等人类活动的影响，白鱀豚的分布区域逐渐缩减，1990年以后在洞庭湖和鄱阳湖绝迹，在长江干流的分布上限也移至宜昌葛洲坝下游170千米处的荆州附近，下限缩减更为严重，到南京附近便已踪迹罕至。1997-1999年国家农业部组织的三次大规模考察中，南京下游临近江阴以下就再未有发现。

2000-2004年的几次观测中，其分布主要限于长江洪湖段、九江段和铜陵段三个区域。最后一次发现白鱀豚的确凿记录，是2004年8月在南京江段搁浅的一具尸体。

白鱀豚的自然繁殖率很低，野生状态下雌性受孕率一般仅为30%，成年雌性一年中有两次发情期，分别在3-6月和9-11月。妊娠期10-11个月，翌年2-4月分娩。每两年繁殖一次，每胎一仔，偶有双胞胎。母豚长有乳裂，哺乳时乳房从乳裂中伸出。母豚的子宫为双角子宫，在生殖孔的两边各有一个乳头，乳腺发达，幼仔靠营养丰富的乳汁哺育。幼仔出生时与其他动物不同，首先露出尾部，以免被水溺死。新生的幼小白鱀豚一般体长80-90厘米，体色要比成熟的豚体体色深。吃奶的本领却十分高超，因为雌兽乳头很小，长在后腹部，所以它必须潜水到雌兽的腹部找到乳头，一边吃奶，一边游泳，还要不时地露出水面呼吸一次，如此反复进行。雌兽还常用鳍肢托带着刚出生的幼仔，关怀倍至，如果被冲散，就迅速将其找回。幼豚会被母豚哺乳8-20月，活动时主要靠母豚带游。

白鱀豚与大部分哺乳动物一样是胎生。寿命大约30岁。根据解剖研究的结果，雄性白鱀豚0-4岁为幼年，4岁达到性成熟，4-12岁为壮年，12-20岁为成年。而雌兽则相对晚一些，在6岁才达到性成熟。雄性的发情期每年普遍在3-6月和10-12月分别有两次。这期间雄兽肤色发紫红（红+灰），不耐烦地时常突水换气；雌性的怀孕率在每隔一年的2-4月达到最高点。白鱀豚寿命估测为20-30年。

在人工饲养环境下，由于长期独居，雄性白鱀豚在发情期会进行腹部贴池底、贴池壁和阴茎外露等性自慰的行为。白鱀豚的交配方式，野外观察的结果是雄豚先躺到雌豚背上，然后雌豚侧转身体，雌雄豚相互侧身，头、腹部和尾相对，向水下猛扎，又同时起水呼吸。但是野外观察受到自然状况的限制，不容易分清雌雄。而通过对人工饲养环境下雄性白鱀豚的性自慰行为的观察，有学者指出雄性白鱀豚交配时很可能是在雌豚上面，但是否受到人工环境的影响而发生了改变则不得而知。

白鱀豚借助其特有的声呐系统，能迅速而准确地辨位导航、通讯联络、捕获食物、逃避敌害，以维持自身的繁衍生息。经科研人员研究证实，白鱀豚声呐系统的回声定位能力、抗干扰性、灵敏度和分辨率等都远优于世界先进的声呐技术。因此，研究和揭示白鱀豚声呐系统的奥秘在仿生学和军事科学领域具有极高的科研价值。

白鱀豚的大脑重量近500克，大脑皮层具有复杂的沟回，中枢神经系统高度发达，智力水平与大猩猩相当。且其大脑的两个半球能够同时分别处于觉醒和睡眠状态，并可以有规律地进行轮换。这对于生物学和生理学领域有着重要的研究意义。

此外，由于白鱀豚在中国长江流域已经生活了约2500万年，是中新世及上新世延存至今的古老孑遗生物，因此白鱀豚也是人类研究鲸类进化的珍贵“活化石”。

列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN）ver3.1——CR（极危）。

列入《濒危野生动植物种国际贸易公约附录Ⅰ、附录Ⅱ和附录Ⅲ》（CITES）2019年版附录Ⅰ。

列入中国《国家重点保护野生动物名录》（2021年2月5日）一级。

白鱀豚长期以来受到人类活动的影响，其种群数量和分布区域逐渐缩小。中国长江流域居住着3亿多的人口，相当于全世界人口的5%，人类在江畔活动形成了白鱀豚数量下降的第一大原因。20世纪人们所收集到的白鱀豚标本中，有92%都是来自人为缘故所造成的死亡。到了1990年代，白鱀豚在洞庭湖与鄱阳湖湖区已经绝迹。在长江江水中分布范围的上限也已移至葛洲坝下游170千米处的荆州附近。其下限缩减更为严重，到南京附近就已踪迹罕至。在1997-1999年的观测中，在南京下游临近的江阴以下就从未再有发现。

根据1979-1981年定量调查数据对白鱀豚丰度进行的第一个估算是由中国生物学家周开亚（1982年）得出的，他得出的结论是总种群仅包括约400头白鱀豚。根据1985-1986年的调查，陈佩薰和华元渝（1989）做出了有根据的猜测，即总数量约为300头。周开亚和李悦民（1989）于1982年至1986年进行的调查表明，有100头。从壶口到江口的长江下游公里段，而陈佩薰和华元渝（1989）在1985-86年的同一段时间内统计到78-79头。1989-1991年，对长江下游（南京——湖口）500公里段的反复调查产生了最多12头的记录，这导致了周开亚等人的研究，1998年推断该河段的总丰度约为30头。这些专家认为，如果该物种仍居住在其历史范围约1,700线性公里的河流中，其密度与研究区域内的密度相近，则1990年代初的总数量将仅为100头左右。在1997-1999年的整个物种分布范围内，估计白鱀豚数量最多（1997年11月）（包括一只小白鱀豚）（1997年11月），导致人们普遍认为丰度持续下降，到那时总数非常少。三年调查的发现率以每年约10%的速度下降（2003年）。尽管没有可靠的时间序列计数或丰度估计值可以对趋势进行严格的评估，但绝大多数人认为，白鱀豚人口在几十年内迅速下降，直到2000年代初期可能灭绝。

2002年记录的目击事件（有影像证据支持），最后一次被证实的搁浅是2001年。2000-2004年的几次观测中，其分布主要限于长江流域洞庭湖至铜陵段。其中主要聚集在铜陵段、鄱阳湖段和洪湖段3个区域。最后一次在野外发现白鱀豚，是2004年在长江南京段发现的一头搁浅死去的尸体。2006年11月和2006年12月，全面的视觉和听觉调查未能在长江中找到一头白鱀豚（Turvey等人，2007年）。两艘研究船在上游和下游方向覆盖了从宜昌到上海的白鱀豚的已知生境（河的两面都覆盖了）。此外，在下游调查中，一艘船拖着水听器听白鱀豚的哨声和click嗒声。尽管2006年长江主干调查未涵盖洞庭湖和鄱阳湖，但自2000年以来，研究这些湖中无鳍海豚的研究人员从未见过白鱀豚。2012年针对无鳍海豚进行的另一项调查也未发现任何白鱀豚（Mei等人，2014年）。

数量急降年表

白鱀豚的数量在1984年以前约有400头，但是到了1995年已经不到100头。

白鱀豚丰度的下降是由多种因素引起的。最严重的原因可能是与渔业的相互作用以及水域的开发和航行通道的管理所造成的与渔业的相互作用，以及栖息地的丧失和/或退化造成的偶然死亡。造成该物种可能灭绝的其他威胁包括一定程度的直接历史原因的伤害（例如，在中国的“大跃进”期间，白鱀豚的传统尊贵地位被谴责为“河女神”，曾经设立了生产皮包的工厂，所用原料就是江豚的皮，其中也有白鱀豚的皮，但是不久后便被关闭）。另外由于船舶航行、港口建设、修坝阻隔了鱼类江湖间洄游，不良土地使用方法，围湖造田减少了湖泊面积并造成的泥沙淤积和污染，以及长江水污染的加剧等原因，长江里许多被白鱀豚食取的鱼类严重不足，破坏了白鱀豚的生存空间，对其种群生存产生了严重威胁。

白鱀豚数量的逐年减少，主要有其自身繁殖能力较差和长江流域人类活动较多两方面的原因。白鱀豚所属的鲸目水生多数早在数万年前迁入海洋的咸水中生存去了，停留在地球各地的淡水流域中生存的鲸目淡水豚类种群数均小，其中剩余的五种淡水豚均是濒危物种。此外，根据遗传学的研究发现，白鱀豚的遗传多样性很低，这也加剧了灭绝的速度。科学家为此曾提出迁地保护的建议。

长江流域的渔民的捕鱼也导致了白鱀豚的死亡。白鱀豚身躯大，入了渔民为捕捞江中小鱼而设下的渔网，会不断地挣扎，使渔网乱杂，很难再及时从渔网中救出。还有不少渔民为了增加捕获量而采用违法式的捕鱼方法，如迷魂阵、电打鱼，偶尔白鱀豚会不幸落于网中死去，对白鱀豚豚群有着直接的伤害。人类捕捉也是白鱀豚濒临灭绝的一个原因。偷猎或误猎现象时有发生，许多白鱀豚不敌人类先进的捕捞设备，葬身于此。

长江之上过度繁忙的水上运输、河水的严重污染以及大量水利工程的建设，都在威胁着白鱀豚的生存环境，尤其是各种人类活动造成的噪音污染，对依靠声呐系统进行辨别定位的白鱀豚更是有很大的影响，许多白鱀豚就是葬身于轮船的螺旋桨。长江是中国各水道中最重要的一支，年均运船量数不可计，装备螺旋桨的船只也是成千上万，很容易导致白鱀豚触撞螺旋桨产生意外伤亡。白鱀豚个体小，肤色淡灰淡白，不明显，在透视度不足一米污浊的长江江水中极其难寻辨。在建设大型水利工程或在清除水道轰炸山石时也有几次发现到了被石头压死的白鱀豚。

葛洲坝的修建也造成了白鱀豚分布区下移，分布密度降低。三峡大坝修建于长江的上游出口处，不在白鱀豚的栖息范围内，没有对白鱀豚产生直接的影响。因为约50%的白鱀豚是在由湖北省石首县长江流域的弯曲河段与武汉市上游弯曲分汉河段组成的大回水区中栖息。当三峡水库在长江上游蓄水时，这个大回水区会向长江上游方向移动，灵敏的白鱀豚豚群也会同样的跟着向上游移动；当三峡水库在长江上游泄水时，大回水区的河床受到冲刷，大回水区会向长江下游方向移动，豚群也会同样的跟着向下游移动。一般来说，白鱀豚是可以适应大回水区每年季节性的移动，但是像三峡工程建成的大规模大坝，并不是按照自然的雨季旱季规律蓄泄库水，泄水时水量又是有多有少。水生学家因此担心白鱀豚会一时不适应大回水区无规律的变动。学者提出的最严重的估计是大回水区可能向长江下游迁移150千米左右，不如正常范围的十分之一。

另一方面，三峡大坝修建后，上游水上航运的条件便得到改善，可以航行更大船只，意味着用更少的船只就可以做到以前的运输量，超庞大的水库也增加了鱼类的活动范围，对下游的豚类可能会有帮助。铁路和公路运输发达，下游很多航班都已经被取消，白鱀豚与船只的螺旋桨触撞而导致意外伤亡的可能性也随之减少，白鱀豚死亡的主因应该是污染。

保护白鱀豚种群的首要举措是在其活动江段建立自然保护区，加强对白鱀豚野生种群及栖息地的就地保护。主要内容包括用照相识别及无线电标志等技术建立白鱀豚的个体档案；监测野生种群的数量消长；研究白鱀豚的活动规律，种群结构及配偶系统；加强航运、渔业管理，禁止未经处理的工业废水排入栖息水域，严禁使用滚钩、刺网等有害渔具，严厉打击非法捕鱼活动等。在满足白鱀豚生息繁衍的基本生态要求的同时，尽量减少人为因素对白鱀豚的伤害。

从1986年开始，中国长江流域已逐渐建立起5个原地自然保护区。保护区内河谷开阔，河道迂口曲折，江心发育有大量的沙洲，有小清河、内荆河等多条河流与长江连通，是白鱀豚生存的理想自然环境。保护区管理处修建了暂养池和治疗池，用于抢救受伤、冲滩的白鱀豚个体。此外，中国中共洪湖市委、市人民政府还成立了洪湖市公安局渔业派出所，同时设立洪湖市渔政监督管理站及组建洪湖市政府新螺段白鱀豚保护领导小组，组织大批专业渔民进行生产转产，以保护水生动、植物资源，给白鱀豚创造更好的生存条件。

所谓“迁地保护”，是指采用无伤害技术，按一定的性别比例、年龄结构，活捕20～25头健康的白鱀豚个体，迁移至另一个更加适合其生存的环境（半自然保护区），实施人工养护，并开展繁殖研究，从而建立白鱀豚人工饲养种群作为复壮或重建野生种群的储备。

由于长江流域内人类经济活动迅速增长的趋势在短期内无法逆转，并且白鱀豚的种群数量在20世纪70～80年代已呈极度锐减之势，因此，中国科学院水生生物研究所等科研单位经过深入研究，决定对白鱀豚实施迁地保护。1989年，中国先后建立了2个半自然保护区——湖北石首天鹅洲故道白鱀豚保护区和安徽铜陵白鱀豚保护区，并组织捕捉、迁移活动，开展饲养下繁殖等研究。1995年12月19日，人们成功捕获一头体长为229厘米的雌性白鱀豚，并将其安全移入天鹅洲保护区，这也是半自然保护区内的第一头白鱀豚。但在1996年6月，长江洪水爆发，这头白鱀豚钻进防逃洞里，因身体被防逃网缠住，无法摆脱而溺亡。此后，尽管中国科学家多次开展长江捕豚活动，希望能够找到白鱀豚以进行迁地保护，但都因未追寻到白鱀豚的踪迹而告终。

中国国务院于1979年颁布《水产资源繁殖保护条例》，严禁捕猎白鱀豚等重点保护野生动物。1984年3月24日，安徽省人民政府发出了《关于严加保护白鱀豚的紧急通知》。通知指出：捕杀白鱀豚是严重破坏国家特有珍贵动物的犯罪行为，对肇事者要依照法律加以惩罚；必须开展保护白鱀豚的宣传教育活动，务使家喻户晓，人人明白。1997年7月，中国湖北省洪湖市政府发布了《关于加强白鱀豚自然保护区管理的通告》，划定并确立了8个核心区、缓冲区和实验区，规定在核心区和缓冲区严禁渔业生产活动，禁止炸、毒、电捕鱼，对由此造成白鱀豚伤亡者要追究刑事责任，同时还要求过往的船只在此江段要减速行驶，发现冲滩、搁浅和伤亡的白鱀豚要及时报告。为了更好地改善长江生态环境，中国农业农村部发布《关于长江流域重点水域禁捕范围和时间的通告》，宣布从2020年1月1日0时起，中国正式实施“长江禁渔十年”计划。

中国原邮电部于1980年12月15日发行白鱀豚特种邮票和白鱀豚小本票，设计者为刘硕仁、雕刻者为姜伟杰和李庆发。其中，T57白鳍豚邮票，影雕套印，1套2枚，2-1（悠然自得）面值8分，2-1（环游潜底）面值60分，白鳍豚小本票，规格为140mm×60mm，1.08元/套。

在中国的古代文学中，白鱀豚常常当作美丽善良的象征。例如清朝蒲松龄的《聊斋志异》中有慕生与白秋练相爱的故事，其中白秋练就是由白鱼精所变成的女子，心地善良。白秋练就是白鱀豚的化身。