物种资源 盐城保护区内有哺乳类47种；鸟类381种；两栖爬行类45种；鱼类281种；昆虫310种；腔肠动物

43种；环节动物65种；软体动物156种；甲壳动物139种。保护区内共有43种特有物种，以鱼类为主。濒危物种有62种，其中鸟类达46种。国家一级重点保护的野生动物有丹顶鹤、白头鹤、白鹤、东方白鹳、黑鹳、中华秋沙鸭、大鸨、白肩雕、白尾海雕、白鲟等12种；国家二级重点保护的野生动物有河麂、黑脸琵鹭、大天鹅等67种。盐城保护区还是我国少有的高濒危物种分布地区之一，有29种被列入世界自然保护联盟的濒危物种红皮书中。盐城是世界上最大的丹顶鹤越冬地，每年在此越冬的丹顶鹤有1200多只，约占世界丹顶鹤总数（1600只）的80%～90%，有“丹顶鹤第二故乡”之称。盐城还是连接不同生物界区鸟类的重要环节，是东北亚与澳大利亚候鸟迁徙的重要停歇地，也是水禽重要的越冬地，每年春秋有近300万只岸鸟迁飞经过盐城，有20多万只水禽在保护区越冬。盐城保护区内有植物480种，其中有40种左右为栽培作物，有浮游植物和藻类286种。由陆向海，滩涂植被带可分为苇草带、盐蒿带、无植被带（光泥滩）、米草带。米草带从20世纪60年代开始人工小面积种植，现已发展成宽500～1000m的植被带。