遗传性矮化普通是由单一基因突变所造成，但一般则多与赤霉素或植物生长激素等体内激素的代谢及作用的异常有关。

在玉米的d1、d2、d3、d5及an-1，水稻的短银坊主（水稻品种）。牵牛花的丛生等矮化例子中，使用赤霉素能使之恢复正常，因为体内赤霉素的水平也有异常，所以可以认为这些矮化植物在体内合成赤霉素反应的某些环节上存在着使表型异常的遗传缺陷。即使是受基因支配的矮化，但它的出现也有决定于光线的。例如豌豆的某些矮化种，在黑暗中可生长得与正常的品种一样。