神子田正治积功增加至1500石，随秀吉征伐播磨三木城时大为活跃，又加封至5000石，与宫田光次、户田胜隆、尾藤知宣并称秀吉四天王。

本能寺之变后，神子田正治参加山崎之战、贱岳之战，为秀吉夺得天下出有大力，因此晋认为庭濑城主，领一万二千石。但是后来在小牧长久手之战中镇守二重崛城时，被织田信雄击破，引起秀吉大怒，将神子田正治的大名地位废除，流放到高野山，四处流浪。

在天正十五年，丰臣秀吉出兵攻打九州时，人在丰后的神子田正治前往情求参战，以恢复名誉地位，不但被秀吉拒绝，更反下令他自尽并枭首京都。

据说竹中半兵卫曾看重神子田正治的才能，认为他是自己秀吉军师的后继者，而将把兵法心得传授给他。但因为他的功名心太强，而不为丰臣秀吉所喜。