1942年，国民政府财政部贸易委员会接管设在崇安的福建示范茶厂（1940年省政府与中茶公司合办），改为茶叶研究所。

1946年8月，省农事试验场、园艺试验场迁回福州王庄，合并省畜牧兽医事务所、省园艺试验场、省造林事务所、农业推广所、淡水养鱼所，成立福建省农事试验总场。下辖永安、长泰、南平、长乐、清流、漳浦6个分场和崇安茶叶改良场。

1949年8月17日，福州解放，市军管会接管省农事试验总场、省植物病虫害防治所，沿用原名称。

1950年11月，省农事试验总场改称福建省农业试验总场。

1953年4月15日，福建省农业试验场改为福建省农业科学研究所，并将省植物病虫害防治所并入，设农艺、园艺、植保、土壤肥料四个系和农具试验厂，隶属福建省农业厅。

1954年5月，省农业科学研究所改称福建省农业综合试验站，同时建立龙溪、建阳农业试验站和同安旱作实验站，隶属省农业综合试验站。10月，福安茶叶试验场改称福建省福安茶叶试验站。

1956年，省农业综合试验站从福州东门外鹤林迁至闽侯城门谢村。

1957年5月8日，省农业综合试验站恢复为福建省农业科学研究所。

1958年9月25日，省农业科学研究所并入福建农学院。11月，所址从闽侯谢坑迁到福州梅峰，对外保留福建省农科所名称，对内将该所各系室与农学院相应的系合署办公。

1959年秋，福建省农业科学研究所在福州梅峰举行建所十周年庆典。

1960年4月，福建省农业科学研究所划归农业厅领导，迁回闽侯谢坑原址。7月8日，省委批转农业厅党组报告，同意将省农科所扩建为福建省农业科学院。8月，福建省农业科学院举行成立庆典。11月12日，省人民委员会批复，决定成立福建省农业科学院，隶属福建省政府农业委员会领导。下设农艺、土肥、植保、农业物理4个系，果树、茶叶、畜牧兽医、亚热带作物4个研究所，甘蔗麻类、蔬菜2个试验站和生理生化、科学情报2个研究室。

1961年3月，省农科院畜牧组与省畜牧兽医总站合并，成立福建省畜牧兽医研究所。4月，省农科院所属亚热带作物研究所划归福建省农业厅领导。

1963年7月24日，蔬菜试验站划归福州市领导，迁址福州东郊浦东。7月29日，该院所属的南平、晋江、龙溪、福安、龙岩、闽侯等6个专区农科所，改为双重领导体制，业务由该院统一安排，党的工作、行政工作分别由当地地委和行署领导。

1969年11月，省农科院及大部分地市农科所被撤销，人员下放（其中40多位科技人员到兵团农二师，组建农科所，承担山区5县农业科研任务），研究基地、仪器设备和图书资料散失，土地、房屋交给福州炮兵部队，院属果树研究所改为福建省革命委员会机关“五·七”农场。院茶叶研究所和工业原料作物研究所分别下放福安、龙溪专署领导；各专署、市农业科学研究所全部下放各专署、市领导。

1970年，组建福建省农业科学实验站，先设址闽侯江洋农场，后迁至省干校内，最后定址福州新店埔垱原果树研究所，下设育种、土肥、植保、果树、畜牧兽医5个组。

1975年5月4日，恢复福建省农业科学院，将省农业科学实验站并入，设址福州新店埔垱村，下设稻麦、果树、茶叶、蔗麻、蚕桑、畜牧兽医6个研究所和土壤肥料、耕作轮作、植物保护3个研究室。各地市农科所相继恢复。

1979年11月11日，中共福建省委批准成立中共福建省农业科学院委员会，福建省农科院自此成为福建省委、省政府直属事业单位。

2023年10月，以福建省农科院与福建农林大学为依托的农业农村部亚热带特色果蔬菌加工重点实验室在福州揭牌。

根据2020年2月科学院官网显示，福建省农业科学院有职工1060人，其中中国科学院院士1人、国家级专家6人、享受国务院政府特殊津贴专家69人，在职高级职称科技人员397人。

中国科学院院士（1人）：谢华安（专职）

国务院政府特殊津贴专家（不全）：谢华安、刘波、翁启勇、郑家团、黄庭旭、张艳璇、陈福如 、陈庆河、黄瑜、陈少莺、胡奇林、黄勤楼、郑少泉、王锋、陈君琛、何志刚

刘波、张艳璇、陈庆河、黄瑜、郑少泉

福建省科技创新领军人才（6人）：王锋、黄勤楼、陈君琛、陈庆河、陈常颂、黄庭旭

福建省百千万工程领军人才（6人）：郑少泉、黄瑜、廖建华、何志刚、郑开斌、曾辉

福建省青年拔尖创新人才（1人）：万春和

福建省科技创业领军人才（1人）：林长光、曾丽莉

福建省杰出人才（6人）：谢华安、刘波、郑家团、张艳璇、郑少泉、何志刚

根据2020年2月科学院官网显示，福建省农业科学院设有16个专业研究所，建有77个各类国家级、省级科技创新平台。

国家级重点（工程）实验室（4个）：省部共建国家重点实验室培育基地—福建省作物种质创新与分子育种重点实验室、农业部闽台农作物种质资源利用重点开放实验室、农业部华南杂交水稻种质创新与分子育种重点实验室、农业部农产品质量安全风险评估（福州）实验室

省级重点实验室（9个）：福建省农业遗传工程重点实验室、福建省精密仪器农业测试重点实验室、福建省水稻材料分子育种实验室、福建省水稻分子育种重点实验室、福建省农产品（食品）加工重点实验室、福建省红壤山地农业生态过程重点实验室、福建省兽医生物安全三级实验室、福建省作物分子育种工程实验室、福建省畜禽分子遗传育种实验室

农业部农作物改良中心（4个）：国家水稻改良中心福州分中心、国家农产品加工技术研发食用菌专业分中心、福建省农业科学院国家热带水果改良中心福州龙眼分中心、国家茶树改良中心福建分中心

省级工程（技术）研究中心（15个）：福建省水稻转基因育种工程技术研究中心、福建省果树（枇杷、龙眼）育种工程技术研究中心、福建省畜禽疫病防治工程技术研究中心、福建省杂交水稻育种工程技术研究中心、福建省农作物品种抗性工程技术研究中心、福建省山地草业工程技术研究中心、福建省特色花卉育种工程技术研究中心、福建省农作物害虫天敌资源工程技术研究中心、福建省水产病害防治技术工程研究中心、福建省食用菌工程技术研究中心、福建省丘陵地区循环农业工程技术研究中心、福建省农业生物药物工程技术研究中心、福建省蔬菜工程技术研究中心、福建省生物农药工程研究中心、福建省双孢蘑菇技术工程研究中心

院属研究所（16个）：亚热带农业研究所、水稻研究所、茶叶研究所、植物保护研究所、畜牧兽医研究所、果树研究所、作物研究所、土壤肥料研究所、农业生态研究所、生物技术研究所、农业工程技术研究所、农业经济与科技信息研究所、农业质量标准与检测技术研究所、农业生物资源研究所、食用菌研究所、科技干部培训中心（数字所）

2010年10月，海峡两岸生命科学发展论坛”在福州举行。250多位两岸生命科学界的专家学者参加，其中台湾专家学者近百位，该次论坛以“生命科学与人类未来”为主题。

根据2020年2月科学院官网显示，福建省农业科学院取得国家、部省级科技奖励成果502项，其中省部级二等奖以上重大成果165项。

2023年5月，福建省农科院对外发布7个茶树新品种，分别是“皇冠茶”“茗冠茶”“韩冠茶”“乐冠茶”“闺冠茶”“福白0309D”和“福萱”。

《福建农业学报》是由福建省农业科学院主管、主办的综合性农业学术期刊，月刊；系全国中文核心期刊、中国科技核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊（A），被CA（美国化学文摘）、CABI（国际农业与生物科学研究中心数据库）、GH（全球健康文摘）、ZR（英国动物学记录）、AGRIS（联合国粮农组织农业文摘）等国际检索数据库收录；先后获全国优秀农业期刊二等奖（3次）、华东区优秀期刊奖、福建省优秀科技期刊二等奖、CAJ-CD规范执行优秀奖、科学出版社期刊出版质量优秀奖等荣誉。

《福建农业科技》，月刊，创办于1970年（原名《农业科技简报》），1979年起中国国内公开发行，是福建省农业科学院主管、福建省农业科学院和福建省农学会主办的综合性农业科技期刊；先后获得首届全国优秀科技期刊奖，首届福建省十佳期刊，连续四届全国优秀农业期刊奖，连续两届福建省优秀科技期刊奖及华东地区优秀期刊奖，历届福建省科协优秀科技期刊等多项殊荣；该刊出版后被中国学术期刊（光盘版）、“CNKI中国期刊全文数据库”、“万方数据—数字化期刊群”、“中文科技期刊数据库” 、美国农业图书馆、国际农业与生物科学中心、联合国粮农组织等11种中国国内外数据库、期刊网收录。

《台湾农业探索》，双月刊，创办于1979年，1985年公开发行，是由福建省农业科学院主管，福建省台湾农业研究中心和福建省农业科学院农业经济与科技信息研究所主办，科学出版社出版的综合性农业科技期刊；曾获“福建省第二届科技情报成果一等奖”、“第五届全国农业期刊金犁奖综合类二等奖”、“2014年华东地区科技情报成果二等奖（成果之一）”等荣誉；被中国人文社会科学引文数据库（CHSSCD）、人文复印报刊资料、台湾华艺中文电子期刊（CEPS）、中国知网（CNKI）、万方数据、维普数据库、龙源期刊网、超星数据库、中教数据等10余种期刊数据库、期刊网收录。

《茶叶学报》原名《茶叶科学技术》，季刊；主管单位为福建省农业科学院，主办单位为福建省农业科学院茶叶研究所；已列入中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、中国核心期刊（遴选）数据库收录期刊、中国知网、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录期刊、“万方数据”数字化期刊数据库全文收录期刊。

《福建畜牧兽医》杂志是由福建省农业科学院主管，由福建省农业科学院畜牧兽医研究所、福建省畜牧兽医学会、福建省农业厅畜牧兽医局、福建农林大学动物科学学院、福建省畜牧兽医总站联合主办；该刊1996年被省新闻出版局、省科委评为优秀科技期刊，2002年获全国畜牧兽医优秀期刊二等奖。

福建省农业科学院形象标识由两个同心圆组成，外侧为科学院的中文以及英文简称“FAAS”，环绕以金色的麦穗象征其属性；内部为绿色的变相标识，由“FAAS”四个字母的变形组成，绿色象征农业的属性。

科学院精神：求实、创新、协作、奉献

科研方向：一以贯之地坚持科技服务三农

领导题词：

福建省农业科学院在农业良种选育、关键技术攻关、对台农业合作、服务“三农”、人才队伍建设等方面锐意进取，一大批创新成果和良种良法广泛应用于生产实践，为促进农业增效、农民增收发挥了重要的引领和支撑作用。省农科院一代又一代的科技人员以服务国家和人民为己任，把论文写在了八闽大地，把成果留在了千家万户，以严谨求实的科学态度，无私奉献的敬业精神，绘就了福建农业科技发展的辉煌篇章。（时任福建省委常委、常务副省长张昌平评）

福建省农业科学院始终与党一条心，与农民同呼吸；高歌奋进，始终不辱使命，牢记责任，从“为农民吃饱饭”到“为推动农业科技进步、支撑三农发展”，追求的脚步永不停歇，让求真务实的科学态度、上下求索的创新意识、百折不挠的实践精神、顺势有为的进取品格在闽山闽水传唱。福建省农业科学院不等、不靠、不慢、不折腾，坚持科研主旋律，坚持应用研究和开发研究主题，茁壮成长为一个研究领域布局合理、科研体系日趋完善的综合性研究机构，已然具备了审视世界的眼光，具备了屹立国际国内农业科研最前沿的能力。（《福建日报》评）

2018年5月28日，入选中共福建省委文明办“第十三届福建省文明单位”候选名单，并向社会公示，接受群众监督。

2022年6月，福建省农科院团委入选2021年度“福建省直机关五四红旗团委（团总支、团支部）”名单。

2022年，福建省农科院植物保护研究所青年理论学习小组荣获2021年度“福建省直机关优秀青年理论学习小组”称号。