秦南镇地处里下河平原，地势平坦。

秦南镇属亚热带季风气候，其特点是四季分明，雨水充沛，光照充足；多年平均气温13.9℃，1月平均气温0℃，极端最低气温-8℃（2008年12月28日）；7月平均气温27.5℃，极端最高气温40℃（2009年7月10日）；平均气温年较差27.5℃；生长期年平均195天，无霜期年平均220天，最长达228天，最短为206天；年平均日照时数2280小时，年总辐射1.8千卡/平方厘米；0℃以上持续期270天（一般为3月20日—12月15日）；年平均降水量815毫米，最大雨量1323毫米（2002年），最少雨量412毫米（2006年）。

秦南镇境内河道属里下河流域，主要河道有蟒蛇河、朱沥沟、红九河、中心河等7条，总长度214千米，河网密度2.8千米/平方千米；境内最大的河流为蟒蛇河，从泾口至灯塔流经境内泾口、宝奎、千秋、东方红、灯塔等村，长22千米，流域面积3.3平方千米，年均流量12立方米/秒。

秦南镇主要自然灾害有暴雨等。暴雨灾害年均发生1—2次，主要发生在6—7月，严重的一次发生在2003年7月3日。

2011年，秦南镇有耕地10.34万亩，人均1.15亩。

截至2011年末，秦南镇总人口有90086人，其中城镇常住人口39418人，城镇化率43.7%；总人口中，男性46806人，占51.96%；女性43280人，占48.04%；18岁以下11182人，占12.4%；19—35岁20192人，占22.4%；36—60岁39326人，占43.7%，61岁以上19386人，占21.5%；以汉族为主，达8.98万人，占99.7%。2011年，秦南镇人口出生率6.84‰，人口死亡率5.63‰，人口自然增长率1.21‰，人口密度为每平方千米1167人。

2017年末，秦南镇常住人口为76223人。

截至2018年末，秦南镇户籍人口为74599人。

截至2019年末，秦南镇户籍人口为72910人。

2011年，秦南镇实现生产总值26.81亿元，其中第一产业增加值2.52亿元，第二产业增加值15.59亿元，第三产业增加值8.7亿元，第一、二、三产业增加值比例为9.4:58.2:32.4。2011年，秦南镇财政总收入8250万元，比2010年增长25%，其中地方财政一般预算收入5400万元，比2010年增长30%。

截至2018年末，秦南镇有工业企业395个，其中规模以上24个，有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市63个。

截至2019年末，秦南镇有工业企业253个，其中规模以上22个，有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市38个。

秦南镇粮食作物以水稻、小麦为主。2011年，秦南镇生产粮食9.3万吨，人均1032千克，其中小麦5.3万吨，水稻4万吨。秦南镇畜牧业以饲养生猪、羊、家禽为主。2011年，秦南镇生猪饲养量8.6万头，年末存栏2.9万头；羊饲养量3.7万只，年末存栏3.0万只；家禽年饲养量559万羽。

秦南镇初步形成了以机械、服装、电子、体育器材为主的工业体系。2011年，秦南镇拥有工业企业412家，职工2.3万人；实现工业增加值5.8亿元，比2010年增长10%。拥有全国驰名商标6个，省优产品8个。

截至2011年末，秦南镇金融机构各类存款余额为50亿元，比2010年增长20%；各项贷款余额47亿元，比2010年增长20%。

截至2011年末，秦南镇有幼儿园3所，在园幼儿756人，专任教师43人；小学2所，在校生2123人，专任教师95人，小学适龄儿童入学率100%；初中1所，在校生734人，专任教师36人；初中适龄人口入学率、小升初升学率、九年义务教育覆盖率均达100%。2011年，秦南镇财政预算内教育经费2300万元，比2010年增长15%；预算内教育经费占财政总支出的比例为8.3%，比2010年增长1.9%。

截至2011年末，秦南镇有文化艺术团体3个；电影院1座，座位800个，年放映198场次，观众达1.32万人次；有文化站1个，公共图书室4个，藏书5.3万册；文化行业从业人员83人。秦南镇主要文化艺术团体有夕阳红、俏夕阳腰鼓队等，其中夕阳红腰鼓队多次参加比赛并获奖。截至2011年末，秦南镇有体育场地32处；100%的城市社区和村安装了健身器材，经常参加体育活动的人员占常住人口的32%；有广播喇叭180只，通响率100%。截至2011年末，秦南镇有线电视用户数为4200户，其中数字电视用户300户，电视综合覆盖率100%。

截至2011年末，秦南镇有各级各类医疗卫生机构3个；设病床432张，每千人拥有医疗床位4.8张；专业卫生人员112人，其中执业医师26人，执业助理医师54人，注册护士42人。2011年，秦南镇医疗机构（门诊部以上）完成诊疗5万人次。

2011年，秦南镇城镇最低生活保障户数为89户，人数123人，支出13.5万元，月人均91元；民政部门资助参加合作医疗123人次，共支出1.04万元；农村最低生活保障户数1125户，人数1304人，支出99.15万元，月人均63元；农村五保集中供养118人，支出90.86万元；农村五保分散供养415人，支出236.55万元；农村医疗救助89人次，民政部门资助参加合作医疗1719人次，共支出14.61万元；农村临时救济154人次，支出15.4万元；参加新型农村社会养老保险2.87万人。

截至2011年末，秦南镇有邮政网点2个；有电信企业3家，服务网点12个，固定电话用户1.1万户，电话普及率70%；移动电话用户6.8万户。

截至2011年末，秦南镇有自来水厂14座，铺设干线水管980千米，生产能力1.18万吨/日，居民自来水普及率100%；排水管道740千米。

截至2011年末，秦南镇有11万、22万千伏变电站（所）2座，有主变压器268台。2011年，秦南镇售电量累计完成6486.56万千瓦时，综合电压合格率99.98%，供电可靠率100%。

截至2011年末，秦南镇有公园3个，公园面积5.6公顷，园林绿地面积4.1公顷，其中公共绿地3.2公顷，绿化覆盖率45%。

秦南镇有盐徐高速、233、331省道过境；国家级航道朱沥沟、蟒蛇河横贯东西。截至2011年末，秦南镇有县乡（镇）级公路16条，总长65千米；开通公交汽车线路2条，运营总里程达332千米；有公交运营车辆24辆，出租车56辆，有汽车站1座。

秦南镇又名秦南仓，因积谷粮仓而得名。相传元朝末年，元朝丞相突兀为淹没农民起义军，扒开洪泽湖高家堰坝，洪水吞没了里下河地区人民的生命财产，秦南也渺无人烟。朱洪武建都南京后，从苏州阊门移民到该地落户。移民中以秦、谭两姓为主，一度时期取名为秦谭庄。明朝嘉靖年间（1522年至1566年），由于官府在此设过几十间大粮仓，附近几十里的农民均到该地糙米交粮。仓库对门有八丈左右的大码头，历史上称仓缺口。此后，人们因秦氏大户，加上南有粮仓，故命名为秦南仓，已有近五百年的历史。随着时间的推移，人口的增长，人们习惯称“秦南仓”。

秦南水牛肉是秦南镇的特产。秦南水牛肉集几百年的加工经验，采用上乘的水牛，运用正宗哈氏传统工艺和独特配方煮制而成。相传清光绪年间（1875—1908年），哈氏回民移居该地，从事水牛肉宰杀加工，其加工工艺逐渐在该地传开。

2020年7月29日，秦南镇被全国爱国卫生运动委员会命名为2017—2019周期国家卫生乡镇（县城）。