天祐元年（904年），杨行密在平定田頵之乱后，再次出兵攻打杜洪，并最终于次年（905年）二月攻破鄂州，擒杀杜洪，兼并了武昌军。秦裴随军征战有功，升任升州刺史。是年（905年）末，杨行密病逝，由其子杨渥袭位。

天祐三年（906年），杨渥任命秦裴为西南行营都招讨使，攻打镇南节度使钟匡时。秦裴攻破洪州（镇南军治，在今江西南昌），俘虏钟匡时。杨渥由此兼并了镇南军，自领镇南节度使一职，以秦裴为洪州制置使。

天祐四年（907年），左右牙指挥使张颢、徐温因杨渥日益骄横，密谋作乱。他们诬称秦裴麾下的朱思勍、范思从、陈璠（都是杨渥的心腹）谋叛，命别将陈祐前往洪州，在秦裴的军帐之中将三将处死。杨渥欲诛杀张颢、徐温，却在他们抢先发动的兵变中被控制。张颢、徐温自此把持了吴国军政大权。秦裴因三将之死一直郁郁不自得。张颢担心秦裴生变，便将他召回广陵。当时，鄂岳观察使刘存率大军攻伐湖南，却在浏阳河口兵败被杀。秦裴此时刚行至湖口，又被授为鄂岳观察使，接替刘存镇守鄂州，防备湖南。

天祐五年（908年），徐温与张颢弑杀杨渥，拥立其弟杨隆演，随后又杀死张颢，独自掌控了吴国军政大权。秦裴亦于次年（909年）前往广陵，觐见杨隆演。

天祐九年（912年），秦裴被加拜为武昌军节度使，不久因病返回广陵，途中病逝于湓中（在今江西九江），终年五十九岁。

秦裴在吴国（淮南）的功绩主要有：

秦裴年轻时非常喜欢鹰隼，常道：“这个世上，除了天上黄鹰、地上黄金，其余都不值一提。”

秦裴担任扬子县县令时，曾亲手猎杀过一只在县城出没的老虎。杨行密为此褒赏秦裴。秦裴却谦逊道：“都是大家一起努力，方才能够杀死这只老虎，这不是我一个人的功劳。”杨行密叹道：“勇猛而又能谦逊，他日必享富贵。”

而难能可贵的是，秦裴这种谦逊的作风伴随了他的一生。他在晚年时已是镇守一方的大将，但在返回故里时，却以平民之礼去拜谒县令，见到里中故老都会主动行礼，平日和他们相处也只讲叙年齿，从不以身份自傲。

钱镠：君有藩侯相，他日必归君，余勿为念。

吴任臣：秦裴力屈降敌，不忘故主，卒还本国，辟土江西，其品有足嘉者。

史料中关于秦裴的亲属，仅有《九国志·秦裴传》称其有两个兄弟秦师铎、秦师虬，随其在鄂州击败楚军。

扬州于2011年出土有北宋文学家秦观的祖父秦咏的墓志（即孙觉《宋故内殿崇班致仕秦公墓志铭》，简称《秦咏墓志》）。有学者结合《宋史·秦羲传》、王禹偁《右卫将军秦公墓志铭》（《秦公墓志》）等相关记载，考证出秦观即是秦裴的后人。秦裴的子孙主要有：

《十国春秋·卷六·吴六》

《九国志·卷一》