明崇祯十六年（1643）考取进士。程源慷慨识机变，好谈兵，但是为人躁进，被清议所鄙视，不被重用。当时，李自成农民起义军直逼潼关，孙传庭屡战屡胜，骄傲自满。程源主动给朝廷上疏，列陈防御十策，建议凭关固守，不可浪战，未被朝廷采用，孙传庭最后果然失败。

明崇祯十七年（1644年），北京沦陷，明朝灭亡。程源南下投靠福王朱由崧，任命为中书舍人。

公元1645年，弘光政权灭亡，唐王朱聿键在福建称帝，改元隆武，程源闻讯前往投奔，任命为太常寺卿，曾奉命使粤。

公元1646年，隆武政权败亡，桂王朱由榔在广州称帝，改元永历，初任兵部给事中。得到宗室朱荣藩的推荐，加太常寺卿，经理滇黔楚蜀。程源入贵州，投奔王祥于遵义。收复川南，擢佥都御史。王祥叛变，程源于偏桥之役被俘，程源七日不饮不食，并向王祥晓以大义，终将王祥说服，重新归顺明朝。