事先，努尔哈赤已安排了哨兵寻察，但哨兵发现敌军后，慌忙之间，却迷了路，未能及时找到努尔哈赤的人马；而努尔哈赤又以为有哨兵在四处探察，未加防备，当数百敌军突然出现于面前，有如从天而降一般，出其不意，大大震动了努尔哈赤所领军卒的军心，兵丁们顿时怯敌，流露出心惊胆悬的神情，不敢与敌交战。六祖中包郞阿的孙子札亲、桑古礼二人一见敌兵强盛，吓得解下自己的铠甲交给了从人，准备沿山路逃跑，一时军心大乱。努尔哈赤见状大怒，高声斥责两人道：“汝等平昔在家，每自称雄于族中，今见敌兵，何故心祛，解甲于人?” (《满洲实录》卷二)。 虽然努尔哈赤怒斥了族弟，但并未见到效果，这二人仍不听令，同行军卒也不敢迎敌上前，在这紧急关头，如再无人上前应战必然会使军心彻底崩溃，全军必灭无疑。努尔哈赤虽想指挥部众冲杀迎敌，但属下乱成一团，根本不听号令。呵止不住部众的努尔哈赤只得拼着性命，自己催马迎敌，身边只有穆尔哈齐和颜布禄、兀凌噶三人。四人悄悄地尾随在大队敌人的后面，寻找机会，打击敌人。尾随至吉林崖时，四人发现有十五名敌人从旁边的小路上向他们这边走来。努尔哈赤等人将帽缨摘掉，隐蔽起来。待敌人接近时，努尔哈赤先发一箭，射死了走在最前边的敌兵，穆尔哈齐又发一箭射死了另外一名敌兵。其余敌兵不知伏兵多少，慌忙奔逃，都滚下了吉林崖摔死。努尔哈赤与穆尔哈齐四人弃马躬身，悄悄地接近敌人的大队，突然发起攻击，一阵砍杀，敌人大队立刻混乱起来，互不统属的各城寨人马争先向后逃命。努尔哈赤兄弟“四人奋勇步射，直入重围”，杀敌二十余人，追得敌人争先渡浑河逃命。

穆尔哈齐随努尔哈赤渡河追至吉林崖，发现众敌复又聚集杀来，努尔哈赤机智地脱帽诱敌隐身，张弓对冲在最前面的敌人一箭射去，利箭贯脊使其倒地而亡。穆尔哈齐也射死一人。一阵交战之后，敌军纷纷投降，余者或逃窜、或坠崖而死。在这次以被动变主动的战斗中，努尔哈赤与穆尔哈齐兄弟以四人击退了八百余名敌人的进攻，扭转了战局。战斗结束后，努尔哈赤针对此次之役，感慨的说道：“今日之役以四人败八百众，天助我也。”

为了清除来自宗族内部的敌对势力，穆尔哈齐极力主张收服六祖宝实子孙所占据的章甲城。在他的主张下，努尔哈赤与其一起，以突然袭击的策略一举攻取了章甲城，将城中的族众收归已有，扫除了自己门前的障碍，震慑了三祖索长阿的子孙。

万历十四年七月，穆尔哈齐与其兄努尔哈赤一起，率军攻取了先前率部众截杀自己的哲陈部托漠河城，俘获人畜而还。随后挥师征讨鹅尔浑城。在进军鹅尔浑城途中穆尔哈齐在先开路，努尔哈赤在后压阵，一路所经之处，都是仇敌，穆尔哈齐率部沿途厮杀，才来到鹅尔浑城下。在攻打鹅尔浑城时，努尔哈赤肩部中箭，浑身上下三十多处受伤，无力指挥战斗。关键时刻，穆尔哈齐挺身而出，代兄指挥，取得了此次攻打鹅尔浑城的胜利。

当努尔哈赤统治势力逐渐壮大后，穆尔哈齐多次率兵征讨，每战必先士卒，先后出征鸭绿江、纳殷、珠舍里等部，将其征服。为表彰穆尔哈齐的功绩，努尔哈赤赐其青巴图鲁称号，汉译为诚毅勇士。由此可见，穆尔哈齐在跟随兄长努尔哈赤创业中，以其忠诚、刚毅、勇猛而深受兄长努尔哈赤的尊重与厚爱。

万历十五年八月，穆尔哈齐与大将额亦都一同率兵攻打巴尔达城，当大军行军至浑河时，正值汛期，河水暴涨，大军无法涉渡，部属皆劝穆尔哈齐、额亦都二人，率兵回返复命。穆尔哈齐厉诫部属，“受命出征，安能不战遇水而返耶？”随令善泅水土卒，贡索泅渡，将绳索连接两岸坚实树上，大队士卒扶索而渡，越过浑河。巴尔达城中守军，自认为浑河河水暴涨，形成了一道天然屏障，穆尔哈齐所率的军马，纵有天大的本领，也不会在此际渡过浑河，前来攻城。因此放松了全城的军事防御。率部渡过浑河的穆尔哈齐、额亦都二人决定，将部众隐蔽起来，待到夜晚敌人无备时，发起进攻。当晚，穆尔哈齐、额亦都二人发出攻城命令，所部将士奋勇猛攻。城中守军从睡梦中惊醒，有此军士来不及披甲持械与攻城将士拒战，两军接战，矢石如蝗，额亦都率先登城，身受创伤五十余处，部众的指挥大权落在了穆尔哈齐一人身上。在双方交战最激烈的时刻，穆尔哈齐亲率将士搏杀，身体多处受伤，仍率众奋战不已，终于攻克了巴尔达城，凯旋归来。穆尔哈齐率军回返时，其兄努尔哈赤出城外迎接，设宴慰劳全军，重奖了穆尔哈齐与额亦都二人。

在古勒山大战前夜，素有军事指挥天赋的努尔哈赤，面对着十倍于已的九部联军，也显得束手无策。自己部众中，兵微将寡，巧妇难为无米之炊，怎么部署也不足以与敌兵抗衡。此时，骁勇善战的穆尔哈齐向兄长提议，由自己率一队精兵埋伏在古勒山后，当敌兵大队到来时，人多势众，必然会选择在古勒山前的开阔地古勒之野列队结阵，乘敌人列队结阵不稳之机。自己率精兵突击，采用擒贼先擒王的战术，打乱敌人的阵角，然后由努尔哈赤指挥全线冲击，一举可以击溃敌军。

努尔哈赤采纳了弟弟穆尔哈齐的建议，令其率一队精锐骑兵悄悄地埋伏在古勒山后，寻找战机。九部联军到来后，叶赫部贝勒卜寨以九部联军统帅的身份命令大军围攻古勒城。城中滚木雷石齐下，两军激战，杀声连天。双方正在激战时，穆尔哈齐率骑兵风驰电掣般地冲了出来，直接冲入到了九部联军攻城的队伍中，一时，九部联军大乱，叶赫部贝勒卜寨惊恐之余，尚不清楚冲到眼前的骑兵是怎么回事时，自己的坐骑被滚木绊倒，将他摔了下来。卜寨还没来得及爬起来，被冲过来的骑兵挥刀砍死。九部联军一见统军主帅被杀，全队立即慌忙起来，争先逃命。努尔哈赤指挥大队将士转守为攻，击溃了九部联军，活捉了乌拉部的布占泰。取得了古勒山大战的全胜。

由于在创业初期，骁勇善战的穆尔哈齐，每战必征，战则率先，致使身体多次受创。后期，随着伤病的困扰，无法从征，被恩养在家中，后金天命五年（1620）九月，在赫图阿拉城家中病逝，时年六十岁。

穆尔哈赤病逝后，努尔哈赤亲自临祭，将其安葬。穆尔哈齐葬于虎栏哈达之郝图阿喇（今辽宁省新宾县永陵镇老城村）。天命九年（1624年）四月一日迁葬于辽阳城东北阳鲁山岗（又称岩炉山）东京陵处。同时迁葬者有：“景祖翼皇帝及皇后”、“显祖宣皇帝及皇后”、孝慈高皇后（太宗皇太极生母）、礼敦巴图鲁（太祖之伯父）、达尔汉巴图鲁（太祖胞弟舒尔哈齐）、贝勒祜尔哈齐（太祖堂弟）、褚英（太祖长子）等灵。

清王朝入主中原后，顺治十年，福临下诏追封谥。

在穆尔哈齐一生中，他紧随兄长努尔哈赤创业，从不计较个人地位的高低与权力的大小，更不参与权力之争的政治角逐而深得努尔哈赤的敬重。

后世的清史专家们对穆尔哈齐的勇猛皆加称赞，如杨学琛在所著《清代八旗王公贵族兴衰史》中说：“其实，这并天助，而是穆尔哈齐不畏强敌，敢于在危难之时,挺身而出的结果。”

穆尔哈齐嫡夫人马佳氏。

继夫人钮祜禄氏，来禄浑之女。

三娶夫人他塔喇氏，齐三之女。

四娶夫人阿颜觉罗氏，巴塔之女。

五娶夫人叶赫纳喇氏，晏诸贝勒之女。

六娶夫人其父姓名不详。

穆尔哈齐有子11人，有封有爵者、有嗣者6人。现介绍如下：

第一子萨哈廉

第二子达尔察（大尔差），奉恩辅国刚毅公，其后裔分隶左翼正蓝旗远支宗室第七族。

第三子硕弼基

第四子务达海，奉恩固山襄敏贝子，其后裔分隶左翼正蓝旗远支宗室第九族。

第五子汉岱，奉恩镇国公，其后裔分隶左翼正蓝旗远支宗室第二族。

第六子噶巴喇

第七子塔海，奉恩辅国公，其后裔分隶左翼正蓝旗远支宗室第十三族。

第八子唐喀

第九子祜世塔，奉恩辅国公，其后裔分隶左翼正蓝旗远支宗室第五族。

第十子喇世塔，奉恩辅国公，其后裔分隶左翼正蓝旗远支宗室第十二族。

第十一子欢齐费扬古五人无嗣无爵。

查有关史料，有乾隆朝监察御史禄丰、嘉庆朝东阁大学士禄康为穆尔哈齐五世孙；道光朝文渊阁大学士耆英为穆尔哈齐六世孙。道光朝马兰镇总兵兼内务府大臣庆锡、理事官庆贤为穆尔哈齐七世孙；光绪朝监察御史、鸿胪寺少卿德本，宣统朝凤翔知府德祜为穆尔哈齐八世孙；光绪朝进士、翰林院庶吉士、宣统朝安庆知府长绍为穆尔哈齐九世孙。

另有一支后裔居住于今灯塔市西马峰镇新生村一带，属于正蓝旗的黄带子。

穆尔哈齐墓园位于舒尔哈齐、褚英陵园以东约百米。面向东南，取“向巽（东南）背乾（西北）方位。长方形，后墙为半圆形。两进院落。二子达尔察封辅国公，谥号“刚毅”，陪葬于其父穆尔哈齐墓园之内。

由于穆尔哈齐在清初的卓著功勋，顺治十年（1653年）五月被追封为多罗贝勒，谥号勇壮。康熙四年（1665年）奉特旨重修茔园。康熙十年（1671年）五月二十日圣祖赐碑表墓。

碑文曰：

自古帝王承天托世笃念宗亲，故生则赐以荣封，殁则彰以分誉，典最 屋也。尔清巴图鲁穆尔哈齐，系显皇帝之子，秉性安详，居心恺悌口追封为多罗勇壮贝勒。埯逝既久，丰碑未树，朕念切本支复隆表著之恩，爱稽成宪，勒者贞珉，用传不朽，庶昭朕敦族之心，永为藩屏之懿典云尔。

康熙十年（1671年）圣祖亦为穆尔哈齐第二子刚毅辅国公达尔察（大尔差）赐碑表墓。碑文曰：

自古帝王创业垂统，以贻万世，凡属宗支，皆应显号，以重懿亲也。尔大尔差系谥勇壮清巴图鲁穆尔哈齐之子。性行纯良，丰碑未树。朕笃念宗亲，爱稽成宪，勒之贞珉，有垂不朽，庶昭朕敦睦怀云尔。

1934年、伪满皇宫内府大臣宗室熙洽、穆尔哈齐十世孙宝熙，捐资修理祖茔，并树碑。以上三座石碑均为龟趺虫离首。碑后为隔墙，墙有中门，两边设侧门。墓院中有丘冢两座，西为穆尔哈齐墓，东为达尔察（大尔差）墓。丘高各约为九尺，直径为一丈有余，墓下无台基。此墓在20世纪三、四十年代依然存在，惜今已不存。