正德十一年（1516）举人，正德十六年（1521）进士，授高安令。高安素称难治，数位前任俱被连累，没有善终。端廷赦不事鞭扑，庶务毕举，督造版籍，剔弊殆尽，民勒石颂之。

诏为监察御史，首先疏劾武定候郭勋骄横。奉敕巡茶马于西陲，劾去贪墨者数人，风裁益着。巡按两浙，东南巨藩，钱粮刑狱都通过向上禀告的方式而通行，端廷赦裁决无滞，人们都佩服端廷赦的才能。事情结束后，回掌道事，行人薛侃上书请如宋仁宗故事，择宗族一子，育于宫中。疏入，被逮鞫朝堂，身受考掠之刑。法司阿意偏向，端廷赦上疏为薛侃辩白，由此受到猜忌。不久，迁大名府知府。二年后，转任陕西苑马寺少卿。端廷赦不为人所容，遂致仕归。

不久，台谏交荐，起任辽东行太仆寺少卿。辽阳离家五千里，端廷赦以母亲年老而不欲上任，母亲认为不可，于是上任。转任河南按察副使，兵备信阳。信阳地接三省，民多流窜。河内发生天灾，端廷赦开仓赈济，全活甚众，得到嘉靖帝嘉奖。三年后，转任湖广布政司右参政，召入顺天府府丞。半年后，升右佥都御史、山东巡抚。晋升左副都御史，协管院事。