2021年8月23日，东京奥组委宣布，将有162个代表团参加在东京举行的第16届残奥会，比5年前的里约残奥会多3个，对于疫情下的东京残奥会来说，这无疑是个很大的突破。

本届残奥会共设22个大项、539个小项。

国际残奥会日前在德国柏林召开的全体委员大会上宣布了首批共16个确定入围2020年东京残奥会的项目名单，其中乒乓球再次入选。

乒乓球从1960年罗马首届残奥会开始就被列为正式比赛项目，之后再也没有离开过残奥会大家庭，这是乒乓球第16次入围残奥会。与乒乓球一起入围的还有田径、射箭、羽毛球、马术、盲人门球、举重、划船、射击、游泳和轮椅篮球等项目。

2021年8月18日，国际奥委会主席巴赫将访问日本，并出席第16届残奥会开幕式。巴赫预计将于8月23日抵达日本。东京残奥会将于8月24日至9月5日在日本东京举行。

2021年8月23日，第16届残奥会中国体育代表团宣布，女子轮椅射箭运动员周佳敏、男子肢残田径运动员王浩将担任东京残奥会开幕式中国体育代表团旗手。

2021年8月24日（北京时间），第16届残奥会开幕式在东京新国立竞技场进行，周佳敏王浩高擎五星红旗，引领中国代表团入场，日本天皇德仁宣布：“东京残奥会开幕！”最后，坐在轮椅上的三位残疾选手共同点燃圣火。

2021年8月25日，王小梅夺得场地自行车女子3公里个人追逐赛C1-3级银牌，为中国代表团夺得东京残奥会首枚奖牌。澳大利亚选手获得东京残奥会首金。

2021年8月27日，东京残奥会女子100米T35级决赛中，里约残奥会双冠得主周霞以13秒的成绩成功卫冕，并创造新的世界纪录。

2021年8月27日，东京残奥会场地自行车男子C1-3级1000米计时赛中，中国选手李樟煜获金牌，并刷新该项目C1级世界纪录！

2021年8月27日，2020东京残奥会田径女子200米T37决赛，中国选手文晓燕以26秒58的成绩打破自己保持的世界纪录夺冠，蒋芬芬以27秒33的成绩获得银牌。

2021年8月27日，在东京残奥会游泳女子50米蝶泳S5级决赛中，中国选手卢冬夺得冠军。

2021年8月27日，在东京残奥会田径女子铁饼F55级决赛中，中国选手董飞霞夺得金牌。

2021年8月27日，在东京残奥会举重男子65公斤级决赛中，中国选手刘磊夺得冠军。

2021年8月27日，在东京残奥会田径男子跳远T11级决赛中，中国选手邸东东夺得冠军。

2021年8月27日，在东京残奥会田径男子跳远T11级决赛中，中国选手邸东东夺得冠军。

2021年8月28日，东京残奥会游泳赛场女子150米个人混合泳SM4级比赛，中国选手刘玉夺得冠军，周艳菲夺得亚军。

2021年8月28日，东京2020年残奥运会男子单打TT3级比赛中，中国选手冯攀峰以3-2战胜德国队选手夺得冠军。

2021年8月28日，在2020年东京残奥会轮椅击剑决赛女子花剑个人赛A级赛，辜海燕获得金牌。

2021年8月28日，在东京残奥会男子200米个人混合泳SM8级决赛上，中国选手徐海蛟斩获银牌，另一名中国选手杨光龙获得铜牌。

2021年8月28日，在东京残奥会游泳男子100米仰泳S11级决赛中，杨博尊获得铜牌。

2021年8月28日，在东京残奥会游泳项目女子100米蛙泳SB6级决赛中，中国选手刘道敏夺得银牌。

2021年8月28日，在东京残奥会田径女子标枪F13级决赛中，中国选手赵玉萍以41米85的成绩夺得银牌。

2021年8月28日，东京残奥轮椅击剑决赛女子花剑个人赛A级赛，中国选手辜海燕获得金牌，这是中国代表团本届残奥会获得的第28枚金牌，乌克兰选手获得银牌，另一位中国选手荣静获得铜牌。

2021年8月28日，在东京残奥会女子100米仰泳S11级决赛中，中国选手蔡丽雯、王欣怡、李桂芝分获冠、亚、季军。

2021年8月29日，在东京残奥会田径女子200米T36级决赛中，中国选手史逸婷以28秒21成功卫冕，这一用时平了她自己在2019年世锦赛上创造的世界纪录。

2021年8月29日，在东京残奥会举重男子88公斤级决赛中，中国选手叶继雄获得银牌。

2021年8月29日，在东京残奥会乒乓球男子单打7级决赛中，中国选手闫硕以3比1战胜英国选手威廉·贝利，夺得金牌。

2021年8月29日，在东京残奥会举重男子88公斤级决赛中，中国选手叶继雄获得银牌。

2021年8月29日，东京残奥会男子50米仰泳S3级决赛中，邹连康获得冠军。

2021年8月29日，东京残奥会乒乓球女子单打3级的决赛中，薛娟击败斯洛伐克选手卡诺娃，实现该项目两连冠。

2021年8月29日，东京残奥会女子500米双人划艇比赛中，孙梦雅获金牌。

2021年8月29日，东京残奥会乒乓球女子单打WS5级决赛，中国选手张变以总比分3-2战胜队友潘嘉敏夺冠，潘嘉敏获得该项目银牌。张变也实现了个人在残奥会该项目上的三连冠。

2021年8月29日，在东京残奥会射箭复合弓公开级混合团体赛决赛，由林月珊和何梓豪组成的中国队以153:152击败土耳其队，获得金牌。中国队目前获得奖牌数已突破三位数。

2021年8月30日，在东京残奥会男子10米气步枪站姿R1-SH1级比赛中，中国队董超夺得金牌，打破残奥会纪录。

2021年8月30日，东京残奥乒乓球男单MS8级金牌赛决出冠亚军，赵帅卫冕成功。

2021年8月30日，在东京残奥会乒乓球项目女子TT9级单打决赛中，来自中国广东熊桂艳摘得银牌。

2021年8月30日，东京残奥会力量举重项目女子-86公斤以上级比赛，邓雪梅以153公斤锁定金牌；

2021年8月30日，东京残奥会力量举重项目女子-86公斤级比赛，郑飞飞摘银。

2021年8月30日，在东京残奥会游泳男子50米蝶泳S6级决赛中，中国选手王金刚和贾红光分获冠、亚军。

2021年8月31日，东京残奥会公路自行车男子个人计时赛T1-2级，中国选手陈健新以25分00秒32的成绩获得金牌，这是中国代表团本届残奥会获得的第59枚金牌。意大利选手获得银牌，比利时选手获得铜牌。

2021年8月31日，在东京残奥会游泳女子100米自由泳S7级决赛中，中国选手蒋裕燕与乌克兰选手梅列什科获得并列季军。

2021年8月31日，在东京残奥会田径女子1500米T54级决赛，中国选手周召倩以3分27秒63的成绩获得金牌，这是中国代表团本届残奥会获得的第60枚金牌。瑞士选手获得银牌，澳大利亚选手获得铜牌。

2021年8月31日，在2020年东京残奥会田径女子100米T11级决赛中，中国选手刘翠青获得亚军。

2021年8月31日，中国选手孙变变在2020年东京残奥会公路自行车比赛中获得银牌。

2021年9月1日，在2020东京残奥会田径男子跳远T38决赛，中国选手朱德宁以7.31米的成绩破记录夺金、衷黄浩获得银牌。

2021年9月1日，在2020东京残奥会排球比赛中，女子坐式排球中国队3:0卢旺达取得取得3连胜；每场得分25:6；25:10；25:8。

2021年9月1日，东京残奥会游泳女子100米蛙泳SB11级决赛，塞浦路斯选手1分19秒78获得金牌，并打破世界纪录。中国选手马佳以1分19秒82的成绩获得银牌，乌克兰选手获得铜牌。

2021年9月1日，在东京残奥会游泳女子100米蛙泳S11级决赛中，中国选手马佳获得亚军。

2021年9月1日，2020年东京残奥会男子100米蛙泳SB11级决赛，荷兰选手获得该项目金牌，日本选手获得银牌，中国选手杨博尊以1:12.62的成绩摘得铜牌。

2021年9月1日，东京残奥会田径女子100米T54级决赛，中国选手周召倩以15秒90的成绩获得金牌，这是中国代表团本届残奥会获得的第68枚金牌。芬兰选手获得银牌，美国选手获得铜牌。

2021年9月1日，在2020东京残奥会男子50米自由泳S5级决赛中，郑涛以30秒31获得金牌，并打破残奥会纪录，袁伟译31秒11获银牌，王李超31秒35获铜牌。

2021年9月2日，在东京残奥会乒乓球男子团体C4-5级决赛中，中国组合曹宁宁/郭兴元2:0打败韩国组合金正吉/金英根，夺得金牌！

2021年9月2日，在东京残奥会田径女子100米T37级决赛中，中国选手文晓燕以13.00秒的成绩夺得金牌，同时打破世界纪录，另一名中国选手蒋芬芬以13.17秒的成绩获得铜牌，美国选手杰琳·罗伯茨获得银牌。

2021年9月2日，东京残奥会射击P3-25米混合组手枪SH1级决赛，波兰选手西蒙·索文斯基和乌克兰选手奥列克西·丹尼修克分获银牌和铜牌。

2021年9月2日，在东京残奥会轮椅竞速比赛中，河北运动员周召倩以54秒10的成绩夺得女子T54级400米铜牌，第四次参加残奥会的河北运动员周洪转以57秒29的成绩收获了女子T53级400米的铜牌。东京残奥会轮椅竞速项目河北再添2铜。

2021年9月2日，在东京残奥会田径男子100米T11级决赛中，中国选手邸东东获得季军。

2021年9月2日，在东京残奥会邹连康在男子S3级50米自由泳决赛获得银牌。

2021年9月3日，在东京残奥会女子团体（WT4-5）决赛中，由张变和周影出战的中国队在首场双打失利的情况下，依靠两场单打实现逆转，2-1击败瑞典，夺得金牌！在男子团体（MT6-7）决赛中，由闫硕和廖克力出战的中国队以2-0完胜英国队，夺得金牌！

2021年9月3日，在东京残奥会射击R8-女子50米步枪三姿SH1级决赛中，中国选手张翠平457.9环获得金牌，同时打破残奥会纪录，这是中国代表团本届残奥会获得的第80枚金牌，德国选手获得银牌，印度选手获得铜牌。

2021年9月3日，东京残奥会男子100米仰泳S6级决赛，中国选手贾红光以1分12秒72的成绩夺冠。

2021年9月3日，在东京残奥会女子50米仰泳S4级比赛中，刘玉斩获金牌，且破世界纪录。

2021年9月3日，在东京残奥会盲人门球男子决赛中，中国队以2-7负于上届季军巴西队，遗憾摘银。

2021年9月3日，在东京残奥会射箭男子反曲弓公开级决赛中，美国选手获得金牌，中国选手赵理学获得银牌，印度选手获得铜牌。

2021年9月3日，在东京残奥会游泳女子200米个人混合泳SM5级决赛中，中国选手卢冬、成姣包揽冠、亚军，意大利选手博希奥尼获得季军。

2021年9月3日，2021东京残奥会皮划艇决赛在落下帷幕，青田小伙虞小伟获得第七名。

2021年9月4日，东京残奥会男子100米-T36级决赛中，中国选手邓培程、杨义飞携手出战，最终邓培程以11秒85的成绩打破残奥会纪录夺金！

2021年9月4日，东京残奥会羽毛球女子单打WH2级比赛，中国选手刘禹彤获得金牌，徐婷婷获得银牌。

2021年9月4日，东京残奥会女子200米T11级决赛中，中国选手刘翠青以24秒936的成绩夺得冠军。

2021年9月4日，在东京残奥会男子标枪F41级决赛中，中国选手孙鹏祥在第一投时便以45.82米的成绩稳居第一位，更在第五投时投出47.13米的成绩打破世界纪录，为中国代表团再摘得一枚金牌。

2021年9月4日，东京残奥会羽毛球男子单打WH1级决赛中，中国选手屈子墨战胜韩国选手获得该项目冠军。

2021年9月4日，在东京残奥会女子铁饼F38级决赛中，河北运动员米娜以38.50米破世界纪录的成绩夺金。

2021年9月4日，在东京残奥会羽毛球女子单打WH1级铜牌赛中，中国选手尹梦璐战胜队友张晶，获得铜牌。

2021年9月4日，东京残奥会轮椅篮球决赛，中国女队负荷兰拿到银牌。

2021年9月4日，在东京残奥会羽毛球女子双打 SL4 级别决赛中，贵州运动员程和芳与来自河北的队友马会会合力夺得亚军，为中国队再添一银。

2021年9月4日，在东京残奥会硬地滚球项目最后一场决赛——团体赛BC1/BC2级金牌赛比赛中，由蓝智坚、严治强、张琦组成的中国队以2-8负于泰国队，摘得银牌。

2021年9月4日，在东京残奥会男子100米T36级比赛中，邓培程以11秒85夺冠并刷新残奥记录。男子铅球F34级比赛决赛，约旦选手艾哈迈德·辛迪以12米25夺冠并刷新了自己保持的世界纪录。女子200米T11级决赛场，世界纪录保持者刘翠青以24秒94（.936）夺冠。女子200米T47级决赛，委内瑞拉选手利斯贝利·薇拉以24秒52夺冠。孙鹏祥在男子标枪F41级比赛中以47米13夺冠并刷新了自己保持的世界纪录。米娜在女子铁饼F38级比赛中摘得金牌，以38米50刷新了世界纪录。

2021年9月5日清晨，东京残奥会田径项目的收官战马拉松比赛在东京市内进行了角逐。参加3个级别较量的9名中国选手最终夺得1金1银，为中国残奥田径队的东京之旅划上了句号。

2021年9月5日，在东京残奥会羽毛球女子单打SL4级决赛中，中国选手程和芳战胜印度尼西亚选手奥克蒂拉，获得金牌。

2021年9月5日，在2020东京残奥会排球比赛中，女子坐式排球决赛中国队获得银牌。

2021年9月5日，男子马拉松T54级于在位于东京新宿区的奥林匹克体育场拉开战幕，共有15位选手参赛，在全长四十公里的赛程中，选手们依次经过了浅草寺、东京站、东京铁塔、皇居等东京地标建筑。瑞士选手马塞尔·胡格第一个抵达，在奥林匹克体育场内完成最后一圈赛程后，他以1小时24分02秒率先冲过终点线，刷新了个人赛季最好成绩，中国选手章勇紧随其后，以1小时24分22秒夺得亚军，收获在东京残奥会的首枚奖牌。美国选手丹尼尔·罗曼丘克获得季军。 另外三名中国选手杨少桥、代云强、章莹分别排在第八、第九和第十一位。周召倩、高芳、邹丽红三位女将参加了女子马拉松T54级的比拼，三人最终都无缘领奖台，澳大利亚选手麦迪逊·代·罗萨里奥以1小时38分11秒夺冠并创造了新的残奥记录。在男子马拉松T46级比赛中，里约冠军李朝燕一路遥遥领先，以2小时25分50秒成功卫冕并刷新残奥记录，巴西选手亚历克斯·道格拉斯·皮雷斯·达·席尔瓦和东道主日本队选手永田务分别获得亚军和季军。另外一名中国选手赵国存第五位冲过终点线。

2021年9月5日晚，第16届夏季残疾人奥运会闭幕式在日本东京举行。巴黎市长伊达尔戈从国际残奥委会主席帕森斯手中接过国际残奥委会会旗，东京时间结束，夏季残奥会正式进入巴黎时间。

2016年4月25日，2020年东京奥运会和残奥会的新会徽揭晓，方案A“方格花纹”从4件最终入围作品中胜出。

东京2020年残奥会吉祥物的名字被定为Someity，（发音为soh-may-tee）来自someiyoshino，一种流行的樱花品种，并且还与英语短语“如此强大”相呼应。Someity拥有触觉樱花传感器，具有巨大的精神和动力。它代表残奥运动员克服障碍并重新定义挑战界限。Someity是一个很酷的角色，有樱花触觉传感器和超能力。它可以使用其脸部两侧的樱花天线进行心灵感应发送和接收信息。它也可以使用它的ichimatsu图案斗篷飞行。它通常很安静，但必要时可以展现出强大的力量。它体现了残奥会运动员的超人力量。它有着凝重的内在力量，同时热爱大自然。它可以通过使用超能力与石头和风交谈，并且还能够通过观察它们来移动物体。

2020年2月，2020年东京奥运会及残奥运会官方微博宣布，2020年东京奥运会及残奥会口号为“United by Emotion”。并写道：这个夏天东京将迎来世界各地的观众，志愿者以及200多个国家和地区的运动员和难民奥运代表队选手，人们因东京2020相聚，这里将超越国籍、种族、性别、文化等一切差异，人们互相融合，彼此更加了解。

2021年7月15日，主题口号“United by Emotion”中文翻译确定为“情同与共”。

2020年2月26日，东京奥组委公布了东京奥运会和残奥会项目的动态图标，这是奥运会和残奥会历史上第一次以动画的方式制作运动项目图标。

2021年8月21日，东京奥组委公布了残奥会开、闭幕式的理念，其中开幕式理念为“We Have Wings”，中文意思为“我们拥有翅膀”，闭幕式理念为“Harmonious Cacophony”，中文意思为“和谐之声”。

奥组委在当天发布的声明中说，东京奥运会和残奥会开、闭幕式总的理念仍然一样，那就是“Moving Forward”，中文意为“前进”。

2021年12月22日，日本东京奥运会和残奥会组织委员会宣布，奥运会举办经费总额，预计达到约1.5万亿日元(约合人民币837亿元)。

东京奥运会即将宣布取消、并转而放到2032年举办的消息突然在网络流传。2021年1月12日，国际奥委会新闻发言人在接受采访时说：国际奥委会将与日本一道，继续全力以赴在2021年夏天安全成功地举办东京2020年奥运会和残奥会。

2021年7月21日，据共同社消息，东京残奥会门票购买者和志愿者的ID及密码被盗，并在网络上泄露。

2021年8月16日，东京奥组委首席执行官武藤敏郎透露，阿富汗已经确认不参加计划于8月24日开幕的东京残奥会。

2021年8月21日，东京奥组委宣布，当天新增15名与残奥会相关的新冠病毒感染者。截至目前，残奥会相关感染者已累计超过100人，达到101人。

据日本NHK电视台报道，21日的新增感染者中，有一位是刚从国外来日的选手，尚未进入奥运村。剩下的14人则包括残奥会工作人员等。东京奥组委还透露，在20日的检查中，有9名参赛选手被检测出阳性。有关选手都被采取了隔离措施。东京奥组委将在每天对其进行检测的基础上，再决定是否让这些选手参加训练和比赛。

2021年8月25日，东京奥组委发布消息称，新增16名东京残奥会相关人士新冠病毒检测呈阳性，其中包括2名已经入住残奥村的外籍选手和3名入住残奥村的相关人士。报道称，已累计有176名残奥相关人士感染新冠。

2021年8月28日东京残奥会组委会通报，女子50米自由泳 S11级决赛将重赛，中国队在该项目上获得的金银牌暂被取消。

女子50米自由泳S11级决赛于当地时间8月27日下午6时进行。东京残奥会组委会称，该项比赛结束后，有代表团提出申诉，认为比赛中由于选手间产生接触而影响了比赛成绩。经由裁判团队商议决定该项比赛需重赛，但重赛时间尚未确定。

2021年8月26日下午两点，自动驾驶巴士右转进入人行横道时撞上了北园新光，原计划在28日比赛的他头部和两腿受伤，需要两周时间才能恢复。日本残奥委会副主席高桥秀文介绍，北园新光的伤势并不严重，但事故发生后，他的食欲下降，状态很差，为了保险起见，他接受医生建议，决定退出本届残奥会的比赛。

事故发生后，警方到现场进行了调查。据透露，事故发生时，巴士上有两名操作员和5名乘客，他们都没有受伤。

丰田公司随后为这起事故道歉，称对于自动驾驶有些“过于自信”，并决定停止残奥村内的自动驾驶巴士服务。丰田总裁丰田章男表示：“这起事故引发了人们的担心，我们为此非常抱歉。”

东京奥组委奥运举办统管中村英正也发表了道歉声明，并说警方正在进一步调查事故原因。

当地时间2023年1月28日消息，相关人士透露，日本电通公司在接受东京地方检察厅特搜部询问时，承认在东京奥运会和东京残奥会的测试赛招标过程中存在串标行为。检方将以原东京奥组委官员与电通公司存在违反反垄断法的嫌疑进行调查。

2023年1月30日，据朝日新闻报道，关于东京奥运会和残奥会的测试赛业务招标过程中存在串标的事件，相关人士在接受该媒体采访时透露，组委会多份资料显示，测试赛业务中标企业原则上可不通过竞标承接正式比赛总额约400亿日元的业务订单。东京地方检察厅特搜部考虑对此一并立案调查。