9月26日早晨，津轻海峡秋高气爽。松下元收到了货船小仓丸发来的第二号台风警报，推测自己的舰队将在当天下午与其相遇，于是下令各舰关闭水密门和舷窗，做好防风防浪工作。9月26日下午3时许，第四舰队遇到第二号台风前锋，其风向正南，风速每秒40到50米，浪高25米到35米。松下元下令舰队掉头避风，但是他担心在恶劣海况下掉头会发生碰撞事故，同时认为借此机会对舰员进行克服台风的训练非常有意义，因此命令舰队以半速继续前进。

下午4时半左右，第四舰队进入台风风力最强的地区，巨大的海浪如同山崖一般高高耸立，席卷着成千吨海水，其场面之恐怖难以言状。4时31分，“睦月”号驱逐舰的舰桥被海浪拍扁，航海长当场死亡，当时风浪的威力可见一斑。“睦月”号的舵机也被海浪砸坏，一等水兵上妻隆千代在舰尾的应急操舵器旁坚守了3个小时，始终使舰首保持着迎风的方向，挽救了全舰人员的性命。

“睦月”号舰桥受损的同时，“龙骧”号航母的飞行甲板也被巨浪砸塌，尾部的机库壁被海浪冲破，大量海水翻卷着涌入机库，情况十分危险。幸亏应急处置措施成功，“龙骧”号才免于沉没。同样的遭遇，1954年9月26日，日本青函渡轮“洞爷丸”在函馆湾遭遇台风时也发生了类似的情况，汽车升降口被海浪冲破，大量海水涌入导致倾覆，船上1151人中992人淹死。“龙骧”号由于是军舰，防水区划严密，所以拾回了一条命。

5时20分时，一股巨大的三角波向“初雪”号驱逐舰袭来，其波长与“初雪”号的长度恰好吻合。“初雪”号两头被海浪抬起，中间架空，巨大的剪切力在瞬时间将它的舰首沿着舰桥至2号船舱的位置齐刷刷地掰了下来。“初雪”号舰长一面下令水兵用木料支撑住舰首残余部位的隔壁，一面下令将鱼雷投入海中以调整重心，10分钟后又向海中抛弃了106发炮弹，并用探照灯向友舰发出求救信号。“初雪”号最后被“羽黑”号巡洋舰拖到大凑港，在当地作了应急修理，最后在舞鹤海军工厂安装了新舰首。“初雪”号断裂的舰首在海中又漂浮了几个小时，最后被本战队所属的“那珂”号轻巡洋舰发现，不过完全没有营救对策。随着时间渐渐流逝，担心舰首存放的密码资料外泄，又推测舰首内恐无人幸存，于是“那珂”号以舰炮将其击沉。

在这场台风中，另一艘“吹雪”级驱逐舰“夕雾”号的舰首也被切断。“睦月”号、“菊月”号、“三日月”号、“朝风”号等四艘驱逐舰的舰桥被风浪击垮。航母“凤翔”号和“龙骧”号的飞行甲板受损，“龙骧”号的机库被海水浸泡。重巡洋舰“妙高”号舰体中部铆钉松弛，轻巡洋舰“最上”号的舰首部外板发生龟裂，潜艇母舰“大鲸”号的舰体中央水线部位，以及舰桥前方的船体外板也出现了裂缝。此外还有“春风”、“松风”、“朝风”等9艘驱逐舰的上层建筑在风浪冲击下出现了不同程度的损坏。

特型驱逐舰舰首被台风切断的事故令全海军震骇。“第四舰队事件”发生后，日本海军立即成立了以野村吉三郎海军大将为首的调查委员会开展调查。调查的结果是，新造舰艇中大量使用电气焊接，是造成事故的主要原因。此外，第四舰队遭遇的巨浪是以前没有遇到过的。一般来说，波高与波长之比达到1/20，就被认为是少见的巨浪了，而根据第四舰队各舰的描述，遭遇第二号台风时的波高与波长之比达到了1/10，海况之恶劣远远超过了各舰的设计强度所能应付的水平。

“第四舰队”事件后，日本海军对其全部战舰进行了第二次大改装，主要内容是增加强度，此外在小型舰艇上又撤除了一部分武备，以增大稳性。这次事件之后新造和改造的日本军舰在稳性和结构强度上有很大改善，恶劣海况下的复原性也大大提高，在第二次世界大战中，基本上再也没有发生因气候恶劣而导致舰船损失的事故。作为对比，美国海军在1944年12月遭遇的“哈尔西台风”中有3艘驱逐舰沉没，在后来的冲绳战役中也因海况恶劣而出现了好几起舰船损伤事故。

此外，“第四舰队事件”暴露了日本在太平洋气象和台风研究上的缺陷。此后，日本在西太平洋各岛上设立了许多气象观测站，并派出气象观测船，以了解台风构造，掌握应对知识。可以说，“第四舰队事件”刺激了日本气象学的发达。

“第四舰队事件”带来的负面影响是令日本海军失去了对焊接技术的信赖。思想保守的造船专家平贺让在事件之后返回舰政本部造舰部，下令在新造舰艇上一律取消电焊，代之以铆接。平贺对于新技术似乎有着特殊的不信任，在他领导之下日本的军舰设计日渐趋于保守。

从1932年到1935年，日本海军相继发生了“早蕨”号驱逐舰被大浪掀翻的事件、“友鹤事件”、“深雪”号驱逐舰在演习中被“电”号驱逐舰撞沉的事件和“第四舰队事件”。几年内相继发生的舰船事故给日本海军和国民以相当大的冲击。如同陆上越来越动荡的局势一样，日本海军也即将迎来一个纷乱不安的时代。