1489年，葡萄牙探险家佩德罗抵达索法拉，成为首个留下相关记录的欧洲访客。相比后来的那批航海家，他的任务更为艰巨，行事作风也更加低调。为了给筹划中的远征舰队探路，佩德罗从意大利的那不勒斯出发，经过罗德岛与埃及的亚历山大港，偷偷潜入偌大的环印度洋世界。除了要考察那些早已被欧洲人所知晓的国际口岸，还必须为绕道好望角的船只寻觅补给来源。处于贸易线路南端的索法拉，自然就引起他的注意。黄金集散地，则是佩德罗为这座港口打下的错误标签。

事实上，由于传统金矿的日益枯竭，索法拉的商业地位正在不断下降。面对这样的生死攸关，地主通常会希望引入新进势力，以便在重构的体系中扮演重要位置。然而，佩德罗的情报并没有太多精确坐标，以至于让1498年的达伽马船队直接从海岸线周围掠过。但这并不意味着索法拉能继续隐藏太久。1501年，当第二支去往印度的远征舰队靠近，这座缩在沿海沙洲间的岛屿城市便遭到观测。

1502年，重返东方的达伽马舰队绕过好望角，并派船只正式拜访索法拉。此刻的城市统治阶层，已经因内外交困而陷入意见分裂。由于名义上的宗主基尔瓦苏丹被篡位者暗杀，最高统治者优素福正寻求摆脱北方强邦的间接控制。葡萄牙海船的抵达，让他立刻寻觅到转型发展之路。因此，就非常爽快地与达伽马订立通商协议，希望有资本同北面的几个城市展开竞争。但许多守旧派却对此非常反感，不希望索法拉脱离原本的贸易体系，从而影响自己的既得利益。只是由于对方很快走人，才没有在这个问题上迅速发难。

不过，远在里斯本的宫廷却对索法拉非常重视。国王曼努埃尔一世终究希望，能为不断绕过好望角的船只开辟出优秀补给基地。因此，当首位印度总督弗郎西斯科·德·阿尔梅达的舰船在1505年起航，就安排有专门驻扎当地的分队。出身骑士阶层的阿纳亚，被任命为即将设立的商站与要塞长官。当他的船在临行前被查出漏水，国王又另外调拨6艘给他执行任务。其中有3艘主要用于运载补给品和士兵的卡拉克大帆船，以及另外3艘负责护航、探查和其他杂物的卡拉维尔快速帆船。结果却由于半途中误入异常寒冷的南极圈，造成大批量的人员损伤。最后只有2船人马得以成功看到东非海岸。

当年9月，抵达索法拉的阿纳亚聚拢残兵，开始与当地统治者的深入谈判。后者表示自己会信守通商承诺，但不会改变原有的封建效忠关系。阿那亚则要求划出地皮，给葡萄牙人建立具有防御功能的永久商站。优素福酋长虽然有所顾虑，却已听闻强大的基尔瓦和蒙巴萨遭前一批葡萄牙舰队猛攻，所以选择默认事实。于是，大部分葡萄牙船员开始登陆施工，用2个月时间完成了木质的圣卡泰诺堡。许多当地人也受雇参与，才让人力不足的新来者得以迅速完工。阿纳亚也当仁不让地充当总指挥，并成为近代历史上的首位莫桑比克总督（即葡属东非领地，起初几位总督称索法拉军事总督）。

很快，索法拉这个贸易据点的营生问题就浮出水面。由于葡萄牙人很难从欧洲本土运来太多高净值商品，所以就很难吸引内陆商团将黄金、象牙和食物都运到南部海岸。相反，他们开始执行的海水封锁政策，将原本持有印度货物的穆斯林团体驱逐出去。所以，直到有巡逻舰队在次年送来劫掠品，新的索法拉商站才得以正常运转起来。从海难中幸存的2艘卡拉维尔船，也被用于组成本地巡逻部队并由阿纳亚的儿子弗兰西斯科指挥。但这位贵族子弟缺乏足够牢靠的航海经验，致使宝贵的帆船在行动中搁浅报废。自己和幸存者都只能用缴获的穆斯林小艇，晃晃悠悠地摸索到基尔瓦避难，随即因渎职指控而被关入监狱。

更多的麻烦则来源于索法拉城本身。在传统的阿拉伯俚语中，这个名字就意味着低洼岛屿或海岸沙洲，足以说明岛屿周遭的水深很浅。只是早年的阿拉伯小船却并不需要在意这些，内陆的黑人桨划艇也非常喜欢此类中间地段。这些必不可少的地理要素，就是索法拉崛起的重要诱因。

但当不熟悉当地情况的葡萄牙船只抵达，原本的卖点就立即转变为重大限制。有数艘商船就在索法拉水域搁浅，让担任指挥官的阿纳亚饱受指责。事实上，后者已倾尽全力救援落难船只，自己也对驻扎不久的岛屿缺乏深入了解。但恶劣的沼泽浅滩环境，让热带流行病在军中肆虐。原本就不足百人的队伍，一度只剩下30人还能站稳。至此，索法拉在葡萄牙人心目中的地位开始迅速下滑。城市本地统治阶层的敌对态度，又在这个关键时刻发挥了恶劣效果。

1506年2月，优素福酋长的女婿穆萨夫站出来，代表守旧派要求摧毁葡萄牙商站。为了说服年迈的老丈人下手，甚至提出占据新式要塞来对抗下一波抵达的远航船队。但经验丰富的优素福还是追求稳妥。于是在表面不显山露水的情况下去招揽内陆部落，准备用大批黑人充当自己的打手。

他们在隔月派来数千部族武士，将整个圣卡泰诺堡围的水泄不通。结果，部分移民索法拉的穆斯林居民也受到惊吓，明智地选择躲入商站寻求庇护。阿纳亚的部下也就因此扩充到百人规模。

在持续时间并不算长的战斗中，以穆萨夫为首的城市保守派都站在黑人雇佣军那边。由于葡萄牙人在抵达时就损失了大部分物资装备，所以圣卡泰诺堡也并没有配备像样的重火力，且有限的几门小炮都对准了大海方向。因此，病恹恹的守军只能依靠火绳枪、弩和近战武器抵抗，不断打退要攀爬上来的敌人。后者已经靠着城市带路党的帮忙，用大量树脂填埋了外围壕沟，却始终无法攻破任何一段木墙。气急败坏的黑人酋长，转而责怪索法拉盟友欺骗自己，将部下带入一个类似无底洞的陷阱。随后率领部众扬长而去，并为泄愤而烧毁了几座沿海村庄。

由于数千黑人的离开，索法拉守旧派也失去了全部进攻能力。已身患重病的阿纳亚，在当晚就率领敢死队发起反攻。一行人趁黑摸到优素福酋长的宫殿，并在对方试图抵抗时就实施了斩首惩戒。天亮后，这位年迈统治者的人头就被悬挂在要塞门口，并在索法拉城中引发了进一步恐慌。麾下贵族原本还想聚集起来发动总攻，却因谁来继承大位的问题而当场掐架。最后谁都不能奈何对方，只能求和并让葡萄牙长官来充当调停人。于是，在5月，一位名叫苏莱曼的新君主被火速扶正，以便平息当地的混乱局势。

然而，经此一闹的索法拉已被葡萄牙人彻底判定为价值低下。在短暂的经营期内，先后有75人因热带疾病的侵袭而丧命。包括长官阿纳亚在内的幸存者，也都有着各自的健康问题。加上不适合海船的沙洲地形与部分贵族的敌对态度，都在逼迫初代欧洲殖民者们远离那里。哪怕是长期移民的非洲或阿拉伯商贾，也因混乱而纷纷迁徙出去，留下少量依附个别贵胄的死忠，继续在街道上重复无意义的斗殴。

1506年12月，第二任长官佩雷拉接替了阿纳亚，后者也在离职后的2个月内病逝。圣卡泰诺堡又被努力持了一年时间，终于忍无可忍地惨遭放弃。当年的所谓黄金诱惑，早已因内陆产业链的转移而不复存在，糟糕的港务环境也让许多船长都选择避而远之。

于是，葡萄人将目光转向了更靠外海的莫桑比克岛。他们把要塞、商站和大部分人员都搬迁过去，只在索法拉留下一个微不足道的前哨站。虽然最高长官的头衔依旧是“索法拉船长”，但这片土地日后的名称却会是莫桑比克。

1586年，多米尼克修道会修士来此定居，并从此地将天主教传入内地。