时康熙帝倡导宋代朱熹之学，曾钦定《紫阳全书》，用以“教天下万世，其论遂归于一”。朱熹号紫阳，书院亦取名为“紫阳书院”。该书院以紫阳之学为宗，选派所属诸高材生肄业其中，传授朱子之道。创始之日，康熙帝亲书“学道还淳”额以赐。乾隆十六年(1751)乾隆帝又亲笔题“白鹿遗规”匾。同治十三年(1874)，同治帝又御书“通经致用”以赐。乾隆帝6次南巡到苏州，都到紫阳书院，题字作诗，以示嘉励。该院创于张伯行，盛于鄂尔泰。雍正三年(1725)，江苏布政使鄂尔泰，重修书院，扩建校舍，新建春风亭于中堂之西，并增屋数十间，征集七郡之士诵读其中；公余常与士子共聚春风亭吟诗作赋。清政府十分重视书院掌教人选，在清代办学的190年中，先后掌院者27人，其中状元2人、榜眼1人、会元1人，进士23人，皆是素孚众望的博学鸿儒。学校的规章制度、课程设置也较周详。注重精研古学，强调实事求是。经费来源，主要靠学田供给。初建时，张伯行即拨吴江县水北庵僧人官田以供学生食粮。雍正十一年帝又以帑银1000两令官置田。乾隆三年巡抚杨永斌又奏请拨帑4万两生息，以为诸生膏火之需。光绪二十八年(1902)清政府改该院为校士馆。越三年废科举，办学校，即停办。