当南军以新式大炮轰桑特堡时，戈登仍在管理公司业务。亚伯拉罕·林肯征召大军南下逼使戈登等人自愿组织反抗力量。其妻子芬妮选择紧紧跟随戈登，把孩子交予亲戚照料。

内战之始1861年5月4日，戈登与一些自愿兵组织了一个名为Raccoon Rroughs 的志愿兵连，成员都来自山区。戈登被选为上尉连长。此连加入了阿拉巴马第六步兵团，它是邦联军队中最大的步兵团之一。第六步兵团的另一个特点是其成员都戴上以莞熊皮造成的帽子，而非一般的灰帽。此兵团于1861年6月到达维吉尼亚州。1862年4月，戈登晋升为第六步兵团中校团长，他与众人驻守于约克镇，途中发生火车相撞，但多数人，包括芬妮，都相安无事。

戈登的首场战事是1862年5月31-6月10日的七颗松战役，他指挥的团在战斗时失去近6成人马。他后来称，此战役是其中一次最血腥的战争经历。半岛战役期间，7月1日戈登在莫尔文山之役中第一次受伤，炮弹的碎片令他短暂失明。9月14日率罗德斯旅安提塔姆会战被北军围攻，虽然联邦的军力为南军的两陪，但很多人包括戈登都认为南军一定不会兵败，因为他们选了一个易守难攻的地势，再加上这一两年来，乔治·布林顿·麦克莱伦战斗意志不强，屡次失去胜机。战役前夕，戈登曾向李将军报告说：“这些人都会留在这里，将军，直到太阳沉下或胜利降临。”(These men are going to stay here, General, till the sun goes down or the victory is won.)戈登知道部下不会有机会进行单对单的肉搏战；为了能予北军一次的重大打击，戈登告知部队在敌军接近前切勿开火。北军则一直向南军冲锋，在南军开火后始还击，其中五颗子弹先后击中戈登。起初他没有立刻离开，因为仍能够继续说话和行走，但很快他就因第五颗子弹而差点昏了过去。此后数个月，戈登一直在休养。

虽戈登奇迹复原，并与年底晋升为准将，但他多数的部下都于安提塔姆阵亡，故他指挥的是另一旅团。1863年5月1-4日参与了钱斯勒斯维尔战役，成功占取玛斯高地(Marze's Heights)。同月末，南军部队逐一渡河北上马里兰与宾州，戈登先后到过宾州的不少地方。他行军时为了减低平民对南军脏乱的身体与行为的厌恶和恐惧，他严令部下尊重平民的家园及财产，也许因此而有一位女孩为戈登带来一束花和有关北军去向的资料，使戈登打消了到兰开斯特的念头，向葛底斯堡进军。

1963年6月1日，戈登作为理查德·斯托德特·尤厄尔第二军的一部分到达葛底斯堡的战场上。战事已进行了4至5小时，北军的防线开始动摇。戈登到达时见到北军第十一兵团的佛朗西斯·巴罗之部队突出以占得布罗瑟高地，遂派麾下之乔治亚旅发动正面攻击。后来，杜勒斯的部队支援戈登，使高地上的北军阵脚大乱，巴罗则中枪倒地。此日，戈登麾下的伤亡数不足380；第十一兵团则完全崩溃，共损失3,200人。戈登完成当天的任务后，在刚才的战场上认出倒下的巴罗。他把巴罗安置于树荫下，给他一些水，就打算离去。巴罗连忙叫着戈登，要他拿去并烧掉他妻子的信件；且日后戈登若看到她，请代为转告，她丈夫(巴罗)非常愿意为国捐躯，而他死前一心只想着她(that her husband had died willingly in the service of his country, and that his last thoughts were of her)。戈登夜晚时就去了找住在不远处的巴罗夫人。然后他向具伯·尔利和理查德·斯托德特·尤厄尔两人提出动用10,000人进行夜间突击的建议，但不获接受。

南军兵败葛底斯堡后，戈登心知邦联军的败局已定。他的部队在以后的10个月都没有参战，但格兰特发动的大型战役他都有参与。在1864年5月5-6日的莽原之役中，戈登击败了北军阵线的中央，包围他们，中途并没有遇到什么阻挠，只有60人伤亡。在接下来的斯波齐尔为尼亚之役中，指挥厄尔利的师，后晋升为少将。6-10月在朱巴·厄尔利将军为总指挥的进行的雪伦多亚会战和华盛顿战役中，指挥一个师，战绩平平，无法挽救南军的困局。10月被调回北弗吉尼亚军团，晋升中将，指挥第二军，戈登计划袭取斯特德曼堡，希望可以打破北军包围彼得斯堡的阵线。战役中，南军一举击败敌人，俘获1,000敌军，但北军的大反攻使南军撤退时失去2,000多人。

1865年，罗伯特·李将军投降前，戈登是指挥北维吉尼亚军团最后一批的将领之一，他、詹姆斯·朗斯特里特和李将军之侄子菲茨休·李起初成功击溃了北军的两道战线，攻占了一山坡。但到了山顶，他们就看到联邦最少两个兵团正逼近。李将军的侄子率骑兵离开，留下戈登与朗斯特里特阻挡敌军。戈登最后寡不敌众而去信予李将军说，他们已经走投无路了。

根据约书亚·劳伦斯·张伯伦的自传《逝去的军队》，戈登投降时与部下神色黯然。这时，主持仪式的张伯伦示意北军吹响喇叭，北军立即以肩托枪，向南军致意。戈登亦立即举剑作回应，并要南军都以肩托枪。

“我们这里再没有喇叭声，击鼓声，欢呼声，或是为胜利而发的虚荣耳语声，或是任何在站立的人的动作；有的只是使人敬畏的肃静，以及屏声静气，仿佛这是亡者的passing！”

(On our part not a sound of trumpet more, nor roll of drum; not a cheer, nor word nor whisper of vain-glorying, nor motion of man standing again at the order, but an awed stillness rather, and breath-holding, as if it were the passing of the dead!)

投降后，戈登返回彼得斯堡与妻子和三名孩子相会，然后迁回佐治亚州的亚特兰大重操律师业。他不再如昔日般鼓吹奴隶制，并致力为黑人兴建学校和教堂，鼓励黑人教育黑人。不过他始终不相信种族平等(racial equality)。激烈的反对南方重建政策，1866年作为民主党的候选人竞选佐治亚州的州长失败。1867年，戈登的木材生意不成，失去近12,000美元，但不肯承认破产。1873年竞选进入联邦参议院，1879年再次当选，但与1880年辞职，供职于路易斯安那-纳什维尔铁路系统，领导南方转向工商业主义，1886年重返政界，竞选担任佐治亚州州长。1891-1897年再任一届参议员，然后退出公职生活。自1890年南方联盟老战士联合会成立时，担任领袖直到去世。

战后十五年，戈登在Clarkson Potter的家出席晚餐时重遇巴罗，两人的友谊一直维持到1869年巴罗去世。1904年1月10日，戈登在佛罗里达迈阿密辞世。著有《南北战争回忆》（1903）。