纽虫体为长形、圆柱状或背腹扁平呈带状（见图）。头部不明显，前端常有眼点和其他感觉器官。内部构造有一些分节性，但外表无分节现象。体表具纤毛。口在近前端的腹面。前端有一吻孔。捕食时吻可由此翻出。肛门在体的后方。皮肌囊的构造与扁形动物很相似，由具纤毛的表皮细胞和肌肉层组成，包裹全身；肌肉通常有环肌和纵肌2层或多1层环肌或纵肌。有的在表皮和肌肉之间还有一些结缔组织，称下皮层。肌肉的层数和排列是重要的分类依据。消化管分为前肠和中肠，食物由口经消化管，从后端的肛门把残渣排出。中肠有许多侧盲囊，它和生殖腺前后间隔，在体侧对称地排列，因而有假分节现象。吻在消化管的背方，是管状的盲囊，在吻腔之内。吻腔的压缩可使吻翻出体外。吻的末端有刺和毒腺，用作捕食小动物。循环系统出现初始的闭管式循环,包括一背血管和两侧血管，3条血管前后相连，血液在背血管中由后向前流，经两侧血管由前向后流。除少数种类的血细胞有红色素外，一般纽虫的血是无色的。纽虫的呼吸作用和扁形动物一样，经皮肤进行气体交换。排泄系统由原肾构成。神经系统相当发达，中枢神经系统由在吻端的脑神经节和由此后行的两侧神经索组成。两侧神经索间有横神经相连，成“梯状”。中枢神经发出许多神经，与身体各部分相连络。