光绪八年，中国电报局改为官督商办，集股湘平银8万两。经元善本着振兴民族实业的意愿，再入股1万两成为主要股董之一。

光绪八年三月，接任上海电报局总办，任职至光绪二十六年，苦心经营长达18年。在任期间，善于经营管理，他认为企业中有人才有一切，只有任用称职的管理人员，企业才能兴旺发达。经元善就任总办后改进服务，节省开支，不到一年就使上海电报局扭亏为盈。

光绪二十年起，中国电报总局开始分红，总局督办盛宣怀提出按营收多寡分配红利的方案。据此全国共派发花红5722.78原，上海电报局得益最多，可得1408.32元，而烟台济宁局等有一定数量的转报和来报，营收甚少，分红只得4.32元和1.35元。经元善知道后，认为“临时戒苟得，取之当有道”，在两天之内三次致电盛宣怀，提出他的主张是：少分花红，多留积累；不仅按营收多寡分红，还需照顾边远局所、中转电报多的局所和线路工人的劳务支出；要按年提大修公积一成。企业红利“应以一半归股东余利，按股照派，以一半归在局花红，均年酌给”，使企业、股东、职工三方得益。

由于经元善的主张，虽使上海局在光绪二十一年至光绪二十五年少得花红16.5万余元，（当时中国电报局的全部资金为80万元），却体现了他的长期观点和全局观点。经元善还主张电报局应“自办电报材料厂”、“不信仰求他邦”，使电报局成为当时成功的洋务企业，受到洋务派官僚及中外绅商瞩目。

光绪二十年甲午战起，北洋水师败于大东沟，卧病在床的经元善响应李鸿章“募义饷兴义兵”的号召，驰书各路旧友，疾呼“毁家纾难，合众志以成城，抵抗日本侵略”。马关条约签订，众多爱国之士痛心疾首，经元善的忧国之心倍炽。经友人赵凤昌的介绍，他认识了时旅居上海的康有为、梁启超等人，并常与康、梁交流时局，探讨强国之策。经元善虽赞同康、梁先从上层政治着手，实行立宪，开制度局，分办新政的主张，但更强调多办学堂以开通民智，尤其要先办女学堂。在他看来“有淑女而后有贤子，有贤子而后有人才，有人才而后可致国富强”，因此康、梁北上以后，经元善即与赵凤昌、何眉孙等联名呈请总理事务衙门，准在上海开办学堂。除了力佐何眉孙筹建上海南洋公学外，他自己还在上海高昌庙创办了经正书院。

光绪二十四年经正书院改为经正女学，因此经元善不仅是近代沪上兴学的重要功臣，更成为开中国女学先河的鼻祖。

戊戌变法开始，向张之洞递交变法请愿书，主张“扶圣教（孔教）而正人心”。

光绪二十六年，当获悉慈禧欲逼光绪帝让位而立溥隽为储，于次日以候补知府衔联合蔡元培、黄炎培等1231名维新人士和绅商联名发出反对“己亥交储”通电要求收回成命，在全国引起巨大反响。由此得罪慈禧太后，遭清政府通缉，家财被抄，被迫去澳门避难，由此离开上海电报局总办岗位。清廷行文澳门葡督，遭当局拘禁。幸得国内外舆论声援未被引渡，后获释。

1903年秋，在上海病故，享年63岁。

生前热心桑梓公益，创办上虞赈公所，与知县唐煦春创办积善堂，用作育婴及其他善举。

著作有《趋庭记述》、《居易初集》等（于光绪二十七年编辑出版）。

侄子：经亨颐

孙女：经普椿

孙女婿：廖承志（廖仲恺、何香凝之子）

光绪二十五年十二月二十五日，慈禧在荣禄等人的策划下，跨出了废帝计划的第一步——立九岁的溥隽为皇储，正式立溥隽为皇储之前，关于慈禧欲废帝的消息早已纷纷扬扬，及至立储诏书一出，各省拥护维新立宪的人士由戊戌政变光绪遭幽禁而积发的不满，更如火上加油。消息传到上海，经元善悲愤难抑。事实上，十二月二十四日，经元善在得知慈禧欲立溥隽为皇储的消息后，曾密电洋务派骨干、时任电报局督办大臣的盛宣怀，请其上言挽回。岂料经元善旋得盛氏的复电仅一句话：“大厦将倾，非一木能支。”经元善在得盛氏复电时已十分惶然，及闻立储之诏，慈禧第二步废帝的用心已昭然若揭，他的最大担心也终于亳不留情地得到了证实。大厦将倾非一木能支，虽然经元善甚至连一木都算不上，但他已顾不了这么多。于是在联合了马裕藻、叶瀚、章炳麟、蔡元培、吴眺、唐才常、丁惠康、黄炎培等1231名旅沪维新人士和绅商后，十二月二十八日，经元善以上海电报局总办的职名领衔向总理各国事务衙门发出了电文：

“昨日卑局奉到二十四日电旨，沪上人心沸腾，探闻各国有调兵干预之说，务求王爷、中堂大人公总体国，奏请皇上力疾临御，忽存退位之思，上以慰皇太后之忧勤，下以弭中外之反侧。宗社幸甚，天下幸甚。”

作为一位以洋务实业立身，以赈灾兴学闻名的富绅，经元善尽管还挂了一个江苏候补知府的虚职，但充其量只是一个在野人士，照理在戊戌政变维新人士杀的杀、囚的囚、免的免、逃的逃腥风血雨下，他大可以像无数其他富绅一样，虽心有戚戚但仍不妨做一个识时务顺潮流的聪明人。尤其在得知慈禧老佛爷蓄谋已久的为废光绪而立大阿哥的残酷事实后，他更可不必做出以卵击石的捋虎须行为，何况盛宣怀已明确告知过他“大厦将倾，非一木能支”。然而如果是这样，经元善就不是经元善了，在他看来赈灾救难、兴学开智固然为人生之善，然而当朝廷和权柄逆时代而动使国家和民族欲失曙光而返黑暗的危难时刻，敢于挺身而出仗义谏言，虽一木粉碎而不惜，则更是人生的首善，大善。谁叫父亲给他取名叫经元善呢？！因此，经元善领衔发出这份电报，虽不乏尊王、保皇思想的作用，其更主要的动因和精神支撑，实是希望光绪有朝一日重掌皇权、再行新政，以实现国家的富强。

且说电文到达北京总理各国事务衙门后，值班的章京唐文治一见大惊失色，即将电文呈给军机大臣王文韶阅看，王文韶一看黯然不语。正在此间，“己亥建储”的主要参与者、时任直隶总督兼充办理通商事务北洋大臣的荣禄也到了，荣禄一看，怒声道：“这经元善是何等人，胆敢妄言干政，一定要把为首的杀几个，看他们怕不怕。”出生于浙江余杭的王文韶是经元善的旧识，见荣禄要兴大狱，他便假装糊涂道：“那经元善不是在办电报局吗？许是别人冒他的名，想免付电报费吧！”荣禄自然不甘罢休，第二天面奏慈禧时，荣禄依然坚持“经元善案一定要杀几个，以昭炯戒”。王文韶听罢双眉一皱，随即奏道“立大阿哥是天大的喜事啊！杀人忌讳，老佛爷原喜欢吉祥的，怕是不便吧！”慈禧见王文韶说得也有道理，便下旨“饬地方官拘捕监禁，以为儆戒。”

朝廷缉拿经元善的消息传到上海，赵凤昌等友人力劝经元善到澳门避避风头。之所以选择澳门，一是澳门时属葡萄牙，二是澳门支持光绪的保皇势力较大。于是经元善当晚即乘船赴澳门避难。得知经元善到了澳门，清政府即向澳葡总督交涉，说经元善是政治犯，要求引渡。澳葡当局遂将经元善囚禁于大炮台，但拒绝引渡政治犯。清政府旋又指控经元善是“拐款逃走”的刑事犯，并派“证人”到澳门对质，要求作刑事犯罪引渡。澳门保皇会会长何廷光等花重金全力救援，众多港、沪人士和海外华侨也纷纷声援。鉴于中外舆论压力，不久澳葡当局正式照会清政府，经元善拐款逃走之刑事指控不实，乃政治犯，给予政治避难。

光绪二十六年（1900年）义和团兴起，慈禧仓皇逃出紫禁城，溥隽被逐，荣禄等人获罪，经元善亦于第二年由杨缵泰等保出，被澳葡当局释放回到上海。此时的经元善虽刚届花甲，但已神老体衰，两耳失聪，一目失明。光绪二十九年（1903年）秋，63岁的经元善病死上海家中。

在风起云涌的晚清历史舞台上，“己亥建储”一案端的只是一片污浊的黑云。然而，当黑云笼城之际，敢于振脊而起，为争得一份光明而抗争而奋斗，无疑是人生的大善。