《素问·五运行大论》云：“北方生寒，寒生水，水生咸，咸生肾，肾生骨髓，髓生肝”，揭示了肝肾两脏之间相互联系、相互影响的密切关系，体现了祖国医学的整体观念。“肝肾同源”的哲学思想渊源于《易经》，医学基础根源于《内经》，临床实践丰富于汉唐金元，理论体系形成于明代，实验研究发展于现代。《素问·阴阳应象大论》曰：“肾生骨髓，髓生肝。”吴昆注曰：“髓生肝，即肾生肝，水生木也。”可见《内经》认为，“肾”是通过“髓”生养“肝”而体现“母子”联系的。“脑为髓海”，“肾生肝”的生理功能，必然受到“脑髓”的调控。不但“肝肾”生理联系如此，而且病理影响亦然。《灵枢·本神》曰：“肝藏血，血舍魂，肝气虚则恐”，“恐惧不解则伤精，精伤则骨酸痿厥”，“肾藏精，精舍志，肾气虚则厥”，故有“恐伤肾”之说。唐·孙思邈在《千金要方》指出下焦病的治疗应“热则泻于肝，寒则补于肾”。此说原指肝肾寒热，以后逐步发展到指肝肾相火与真阴。北宋钱仲阳在其《小儿药证直诀》中指出：“肝有相火，有泻而无补；肾有真水，有补而无泻。”（题记：肾火泻肝，肝阴补肾，肾不可泻，肝不可补）。至明李中梓运用《易经》哲学思想，根据《内经》医学理论，参考历代医家的认识,并结合自己的临床经验，在其《医宗必读》中提出著名的“乙癸同源，肾肝同治”的理论观点。“肾应北方壬癸”，“肝应东方甲乙”，肾藏精，肝藏血，精聚为髓，精髓化生为血（精血同源），由于肝肾同源于精血，故曰：“乙癸同源”，“东方之木，无虚不可补，补肾即所以补肝；北方之水，无实不可泻，泻肝即所以泻肾……故曰：肾肝同治……然木既无虚，又言补肝者，肝气不可犯，肝血当自养也。血不足者濡之，水之属也。壮水之源，木赖以荣。水既无实，又言泻肾者，肾阴不可亏，而肾气不可亢也。气有余者伐之，木之属也。代木之干，水赖以安。夫一补一泻，气血攸分；即泻即补，水木同府。”程文囿在《医述》引《医参》论述了脑与肾的关系，“脑为髓海……髓本精生，下通督脉，命火温养，则髓益充……精不足者，补之以味，皆上行至脑，以为生化之源，安可不为之珍惜！”钱镜湖在《辨证奇闻》中则论述了“脑气不足治在肝”的观点，“盖目之系，下通于肝，而上实属于脑。脑气不足，则肝之气应之，肝气太虚，不能应脑……治之法，必须大补其肝气，使肝足以应脑，则肝气足而脑气亦足也。”由此可见，肝肾又同源于脑。