恩里克四世于1474年去世，将他的女儿留给了葡萄牙国王照顾：从这一刻起，卡斯蒂利亚的内战中出现了两派，在很大程度上被葡萄牙的外国军事干预所占据：一派支持伊莎贝尔，因此支持莱昂和卡斯蒂利亚与阿拉贡及其地中海帝国的王朝联盟；另一派特别强调加利西亚王国的贵族，当时已经归属于卡斯蒂利亚，捍卫胡安娜和阿丰索五世的权利，以及后来莱昂和卡斯蒂利亚的王室与葡萄牙的王室通过这一婚姻的个人结合。

以强大的托莱多大主教丰塞卡为首的大多数卡斯蒂利亚贵族宁愿做天主教徒伊莎贝尔的附庸：因此，1475年，葡萄牙国王阿丰索五世按照他的妹夫恩里克四世的计划，娶了外甥女胡安娜，武装了军队，并于1476年入侵莱昂和卡斯蒂利亚以捍卫自己的权利。

战争的高潮是萨莫拉附近的托罗之战。这场战役的军事结果并不确定，虽然阿丰索五世取得了胜利，这主要归功于红衣主教门多萨的努力，但若昂王子指挥的那一翼军队仍然保持不败，照例占据了三天的战场，这是其胜利的标志。

因此，双方都正式宣称取得了多年的胜利。然而，政治结果对葡萄牙君主并不有利，因为阿丰索五世看到他继续战争所需的支持被夺走了，他的大量卡斯蒂利亚诸侯抛弃了他，离开后成为他的堂亲，即未来的天主教徒的附庸。

阿丰索五世从1476年起就把胡安娜安全地安置在阿布兰特什，然后回到葡萄牙，在那里与她团聚。

然而，葡萄牙国王并没有放弃他的事业，也没有放弃他妻子的权利，所以他决定亲自去法国，寻求路易十一的联盟，以便再次入侵邻近的王国。国王在波尔图登船，把摄政权留给了他的儿子，他在生前曾封他为国王，以便完全投入到重新夺取卡斯蒂利亚王位的事业中去，走遍了法国和勃艮第公国，还把他的表弟大胆的查理作为盟友。

然而，为了获得法国和勃艮第的联盟，他们有必要签署他们长期以来发动的战争的和约，以便有力量派往东方对付阿拉贡和卡斯蒂利亚。阿丰索在法国君主和表亲勃艮第公爵大胆的查理之间进行了调解。然而，法国国王路易十一（被称为万能的蜘蛛，以善于制造和管理政治阴谋而闻名）一直在拖延他的客人。在大胆的查理在南锡战役中死亡，以及勃艮第公国回归法国王室后，除了尼德兰和弗朗什孔泰之外，阿丰索五世的努力毫无结果。

他感到被背叛了，回到了葡萄牙，在那里他的儿子若昂二世国王从他的头上摘下了王冠，并把它还给了他的父亲。他的妻子胡安娜（据说他甚至没有和她结婚）现在住在阿威罗，和他的表姐兼继女若阿纳公主一起。

1479年与天主教国王签订的《阿尔卡索瓦斯条约》标志着卡斯蒂利亚王位继承战争的结束。它还为葡萄牙、卡斯蒂利亚和阿拉贡王室分别在大西洋和马格里布的海上和陆地扩张设定了限制。

葡萄牙人的入侵和随后对卡斯蒂利亚王位继承战争持续了五年，最后以1479年的和平告终，像往常一样，两国王室之间以结婚来庆祝，这是他们之间结盟的标志。为了举行这些婚礼，胡安娜必须放弃她的权利，这被列入了《阿尔卡索瓦斯条约》的正文中：她只承诺嫁给阿拉贡王子胡安，天主教国王的继承人，如果她不接受他，解除与他的婚约，她将作为一名受戒的修女。她被阿丰索五世的弟弟费尔南多的遗孀比阿特丽斯扣为人质。她的姑母伊莎贝尔一世也给了她10万卡斯蒂利亚金币的补偿。

教皇西斯图斯四世以血缘关系为借口解除了胡安娜的婚姻，但胡安娜拒绝按照规定嫁给她的表弟阿拉贡的胡安，也许是因为她认为，为了将来重新夺回王位而不得不嫁给她的自然继承人，这对她的地位是很不公平的，她宁愿退居到圣塔伦的圣克拉拉修道院。她在那里住了下来，然而直到她生命的最后一刻都拒绝宣誓，这将使她对她事实上被掠夺的王国的无可置疑的权利转移到她的姑妈伊莎贝尔身上。后来，胡安娜于1480年10月16日从圣塔雷姆的修女院搬到了科英布拉的圣克拉拉-维拉修道院。

虽然与她的宫廷一起居住在圣克拉拉的修道院里，并使用的官方名称，即优秀的女士（Excelente Senhora），但这位被废黜的女王完全没有财产，也没有在王国内的活动，她经常长期前往里斯本的宫廷。

1482年，她在里斯本度过了她的一个时期，她仍然自称女王。这让她的天主教表亲们感到不安和恐惧，他们向罗马施加了影响。于是在1483年3月，胡安娜收到了教皇西克斯图斯四世的公文，试图让她按照修会的规定，一直留在修道院里。

葡萄牙和法国的国王正在协商胡安娜与纳瓦拉的继承人弗朗西斯科·德·富瓦的婚事，在那里他们将再次在军事上包围莱昂和卡斯蒂利亚的王室；但纳瓦拉王子的死亡使这个计划在1483年受挫。1493年，尽管天主教国王的存在一直受到威胁，但他们仍然牢牢地占据着王位，胡安娜再次在里斯本的宫廷里获得了自由。

伊莎贝尔去世后不久（1504年11月），她的鳏夫、阿拉贡国王费尔南多二世在失去卡斯蒂利亚的摄政权后，向胡安娜求婚，他决心阻止奥地利家族夺取莱昂和卡斯蒂利亚的王冠。事实上，未来的疯女胡安娜，阿拉贡国王和卡斯蒂利亚女王的女儿和继承人，嫁给了奥地利大公菲利普（腓力一世，皇帝马克西米利安一世的继承人）。

费尔南多二世提议恢复胡安娜因战争而被剥夺的头衔和王室荣誉，以便将他的女婿哈布斯堡的菲利普从卡斯蒂利亚的摄政地位上赶走，当时很明显，刚刚继承了她的天主教母亲的王位的疯女胡安娜，已经开始发疯了。然而，胡安娜拒绝接受这个在其他时候敢于把她当作葡萄牙公主若阿纳和贝尔特兰·德·拉库埃瓦的所谓通奸女儿的人作为她的丈夫。

无论是否奇怪，在继承冲突开始后，伊莎贝尔和费尔南多的婚姻所产生的一个女儿就叫胡安娜。如我们所见，正是这个胡安娜以胡安娜Beltraneja

就在1523年，法国国王密谋将胡安娜从葡萄牙赶走，这证明了她的自由和受保护的存在，是如何对卡斯蒂利亚王国和天主教国王对其邻国的所谓权利施加压力的可怕武器。

胡安娜觉得自己年事已高，不希望自己的权利传给非法保留卡斯蒂利亚王位的表兄弟，于是在1530年7月20日，通过在宫廷上的公开契约，决定放弃自己的权利，在她还活着的时候将莱昂和卡斯蒂利亚的王位让给她的表亲葡萄牙国王若昂三世。

胡安娜一直生活在葡萄牙，直到1530年去世；但在她活着的时候，她是莱昂和卡斯蒂利亚王室的永久障碍，也是一个重要的外交论据，被天主教徒伊莎贝尔和费尔南多的邻居、法国国王、纳瓦拉国王，尤其是葡萄牙国王若昂二世、曼努埃尔一世和若昂三世在其欧洲政策中巧妙地围住。

这就是王子授予她的称号：优秀的女士（Excelente Senhora）。在接下来的一个世纪里，这个头衔只被非常少地授予具有皇室血统的葡萄牙公爵，然后在18世纪扩散到葡萄牙所有的大头衔（公爵、侯爵和伯爵），甚至是部长等人，他们的荣誉相当于这些。

胡安娜由于她的身份，最初被条约禁止享受待遇，根据国王若昂二世的命令，她将接受优秀的女士（Excelente SenhoraInfanta）会有损她的人格，而且不能使用女王的头衔，因为这可能被认为是对与莱昂和卡斯蒂利亚的和平的一种威胁。

这种待遇是完全合理的，因为胡安娜拒绝参与任何进一步的政治演习，并将她的余生献给了上帝、慈善和对弱势群体的支持。此外，卡斯蒂利亚大使出席了她的宣誓仪式（当然是第一次宣誓，而不是庄严的、确定的宣誓），这不仅是因为这种行为构成了对胡安娜可能仍有的任何收复王位的企图的放弃。胡安娜仍然有任何恢复王位的企图，而这个王位在法律上永远属于她（也使她的婚姻无法实现，随之而来的是被卡斯蒂利亚篡夺的王位继承人的诞生，即她的合法后代），同时也是为了证明对她所采取的待遇形式，确保阿尔卡索瓦斯-托莱多协议中规定的内容得到履行。

然而，胡安娜在修道院内外，在里斯本的宗教生活和宫廷生活中，一直署名为“Yo la reina（我，女王）”，直到她1530年去世。她死在圣若热城堡，并被埋葬在里斯本的圣克拉拉修道院，埋在章节大厅旁边的坟墓里，尽管她在遗嘱中要求被埋葬在圣安东尼奥-德瓦拉托霍修道院，以圣弗朗西斯科的习惯。葡萄牙国王对她表示哀悼，1545年，卡塔琳娜

由于里斯本大地震，她的遗体下落不明，这使得无法通过DNA来确定她是否真的是卡斯蒂利亚国王恩里克四世的女儿或贝尔特兰·德·拉库埃瓦的女儿。然而，目前的历史学并不认可他有可能是生父，所以这位无能的国王有可能并非一直如此，他激烈地捍卫女儿的权利，反对他的弟弟妹妹，就证明了这一点。