突然被封印在遗迹中的魔兽跑了出来，大地与艾克斯一体化与之战斗，但这只巨兽实在太强，轻松将艾克斯击败，而艾克斯终端也因为高温被破坏。

众人与玉城母子回到XIO基地，玉城透露，这只巨兽是阎魔兽·赛格古，太古时代，是地面一片火海，没有海洋的地狱，这就是赛格古的天地，这时光之巨人降临，将赛格古封印在地底，但因为没能阻止黑崎，导致封印被解开，要再次封印赛格古，需要将那个青石回归原位。

另一边，大地正在想办法修复多功能终端，最终使用点击法让艾克斯恢复了意识，但无法进行一体化。

高田琉依带着悠斗参观实验室，格尔曼博士向悠斗展示了五名奥特曼的电子虚拟卡片，而悠斗受母亲研究的影响，也喜欢收集一些奇怪的东西，于是悠斗也向几位展示了自己的一些收藏，而其中一个引起了格尔曼博士的兴趣（其实就是神光棒）。

而此时，黑崎正在做一档节目介绍自己得到的这块青石，但人气还不如别人的宠物专辑。但他并不知道，阎魔兽赛格古正在向着巴萝慈青石袭来。神木队长派明日奈队员与玉城教授去取回青石，其余队员使用了XIO所有的强力技术前往阻止赛格古。

XIO使用了电子哥莫拉引诱出赛格古，新日月守操控艾雷王能量盾封锁赛格古行动，贵岛隼人与风间渡方便驾驶空战玛斯凯迪与陆上玛斯凯迪使用雷德王卡片与金古桥卡片牵制赛格古，但是赛格古召唤格古哥尔赞与格古安东拉，破坏了能量盾与电子哥莫拉。

另一边，明日奈，玉城与黑崎因为争夺青石斗得不可开交，而他们所在的大楼也被赛格古破坏，一行人陷入危机之中。在XIO实验室中，悠斗与格尔曼等人看见了黑崎的直播，悠斗坚决要去就妈妈，这时实验室内的神光棒与青石同步发光，紧接着艾克斯终端也开始发光，大家恍然大悟，原来这就是传说中的连接之光，于是高田琉依带着艾克斯前往大地的身边，而XIO与赛格古军团的战斗还在持续。

大地与悠斗进入了大楼，此时玉城已经被落下的钢架压住，黑崎捡起了青石准备逃走，但突然良心发现，开始帮助玉城教授，但腰却闪了，这时悠斗和大地也到达，并与明日奈一起帮助玉城教授，玉城再三让悠斗逃跑，但悠斗不愿放弃，喊道“我绝对要保护好妈妈”，于是奇迹出现了，悠斗举起了钢架救出了妈妈，石头的神光棒复苏了，艾克斯终端也复原了，而随着赛格古对大楼的破坏，墙体倒塌，悠斗大喊并启动了神光棒，变身成为远古的巨人迪迦奥特曼，大地也与艾克斯一体化，明日奈等人也无事逃离，突然青石飞向天空，变成了红色的光球，光球落下，随之出现的是初代奥特曼，于是，三大奥特曼与赛格古军团的战斗开始了。

迪迦与初代先继消灭了格古安东拉与格古哥尔赞，艾克斯也对赛格古使用扎纳蒂姆光线，引发了大爆炸，突然赛格古伸出两条鞭子，缠住了迪迦与奥特曼，吸取他们的能量，并在中国上海，瑞士洛桑，埃及开罗，阿根廷布宜诺斯艾利斯，美国达拉斯召唤了五头暗剑德玛迦，同时三大奥特曼的彩色计时器也开始鸣响，这时，人们的希望产生了迪迦与奥特曼的电子卡片，艾克斯使用这两份力量，形成了贝塔火花装甲，斩断了赛格古的鞭子，救出了两位奥特曼，并且赛罗奥特曼,麦克斯奥特曼,银河奥特曼,维克特利奥特曼,奈克赛斯奥特曼五大奥特曼出现在世界各地与暗剑德玛迦战斗，迪迦与奥特曼将自己的力量融入贝塔火花装甲，向五位奥特曼输送能量，于是五位奥特曼各自释放必杀技，消灭了暗剑德玛迦，艾克斯也释放究极技：贝塔火花之箭彻底打败赛格古。

战斗结束后，艾克斯与迪迦将大地与悠斗分离出去，初代奥特曼飞向了宇宙，艾克斯借由人们的希望之光获得了原来的身体，与XIO的大家告别之后离开了地球。

几天后，队员们又在作战会议室中吃起了蛋糕，橘副队长这次没有发火，而是一起吃了起来，这时，大地队员的多功能终端中传来艾克斯的声音：“这个蛋糕的糖分占全部质量的54%，从营养平衡的角度来讲........”大家大喜：“艾克斯，你不是去宇宙了吗？”艾克斯说：有一只怪兽逃进了虫洞，朝着地球袭来。此时警报响起，大家再次投入战斗之中。

赛罗奥特曼，麦克斯奥特曼，银河奥特曼，维克特利·奥特曼，奈克赛斯奥特曼：都为艾克斯奥特曼中客串的角色，不过这次快斗和翔没有出现，而礼堂光也只是声音演出，赛罗奥特曼依然宫野真守。也就是没有人间体登场。

赛罗奥特曼：小林雄次是其《宇宙英雄之超银河传说》、《超决战！贝利亚银河帝国》、《超级赛罗格斗1》的脚本,中野贵雄是其在艾克斯奥特曼中客串回的脚本。

麦克斯奥特曼：小林雄次本身就是麦克斯奥特曼TV的脚本之一。

银河奥特曼，维克特利·奥特曼：中野贵雄，小林雄次，小林弘利是其脚本之一，田口清隆也是导演之一。其中著名的【眼Q之泪】就是田口和中野贵雄的合作产品。

奈克赛斯奥特曼：小林弘利为此次艾克斯奥特曼的奈克赛斯奥特曼回脚本，相信感动了不少人吧。而【奈克赛斯奥特曼】播出时，小林雄次也曾代表【宇宙船】做过【奈克赛斯奥特曼】的报道(第二年其就加入了麦克斯奥特曼脚本行列)。

同时奥特十勇士的脚本家正是小林雄次和中野贵雄。

（由TV版第二集的剧情可以知道，艾克斯奥特曼在15年前把格利扎扔进太阳后产生的耀斑的能量过大，超过了艾克斯奥特曼的承受能力，使得艾克斯奥特曼本体只能以数据的形式存在并在15年后融入了大地的多功能装置中），离开了地球。

导演：田口清隆

脚本家：中野贵雄、小林雄次、小林弘利

中野贵雄参与脚本的作品：

艾克斯奥特曼第3话、第5话、第9话、第16话，银河奥特曼S、决战！奥特十勇士等。

小林雄次参与脚本的作品：

艾克斯奥特曼第1话、第7话、第11话、第22话，麦克斯奥特曼，超银河传说，银河帝国，超级赛罗格斗第一季,银河奥特曼S，奥特十勇士等。

小林弘利参与脚本的作品：

艾克斯奥特曼第1话、第6话、第21话，银河奥特曼s等。

田口清隆导演的作品：

艾克斯奥特曼的第1话、第2话、第3话、第15话、第16话、第21话、第22话，银河奥特曼S等。

(注意：脚本导演介绍中重点标出的艾克斯奥特曼的几集和除艾克斯奥特曼外的作品将在下文中用到。)

配音导演：林强

演员统筹：唐石钰

录音师：糖小糖、诗晓

混音师：shybluecat

配音演员：

艾克斯奥特曼 杨天翔

大空大地 曹云图

礼堂光 王晨光

赛罗奥特曼 郭盛

卡洛斯黑崎 林强

玉城司 TK

玉城悠斗 沈念如

神木正太郎 宝木中阳

橘小百合 四刀辉影

山濑明日奈 山新

风间渡 王敏纳

贵岛隼人 星河

高田琉依 幽舞越山

三日月守 笑谈

格尔曼 图特哈蒙

松户千明 张予佟

山岸健 藤新

桐原冴子 小连杀

语音系统：瞳音

「Uniteユナイト～君とつながるために～」/ ボイジャー feat. Project DMM

Unite ～君とつながるために～（Unite ～为了与你相连～）

歌：Voyager

作词：TAKERU、濑下千晶

作曲：小西贵雄

编曲：小西贵雄

何のための力なの

平和を乱す

敌追い払うため

でもなぜ袭っくるの

理解しないまま ねえ 倒していいの

自分だけの世界から

牙をむくことは

だれにだってできるんだ

恐れる心乗り越えて（もっと知りたい）

いっしょうに明日を歩きたい（切り开け）

绊でひとつになる世界

心重ねればきっと远くない

君といるから叶えられる

奇迹と勇気くれた

ウルトラマンエックス

何のために戦うの

挂け替えのない

星守りるくため

でも何故闻こえ来るの

倒したものたちの悲痛叫び

抑えつけることだけば

すべてだって言うのは

だれにだってできるんだ

罪を犯す痛みから（震える背中）

目をそらさないそれが强さ（抱きしめて）

悲しみひとつのない未来

手と手取り合えばきっと掴めるさ

とんな険しい道のりでも

立ち向かう力くれた

ウルトラマンエックス

歌词大意：

力量的价值

扰乱着和平

为了驱赶敌人

可为何会袭来

让人无法理解

那么

可以打倒他吗

为了自己的世界而露出獠牙

谁都能做到

跨越胆怯的心

一起迈向明日

团结一致的世界

只要心心相印

那么就不再遥远

和你一起就一定能实现

赐予我奇迹和勇气的

艾克斯奥特曼

为何而战斗

是为了守护这颗无可代替的星球吗

但是为什么

被击倒在地的人们痛苦呼唤声声人耳

唯有被压抑的一切

全都说出来的话

谁都可以做到

在犯下罪恶的痛苦中

不要移开视线

那便是真正的强大

没有任何悲伤的未来

与你双手紧握便一定能抓住吧

请赐予我面向

无论怎样艰险的道路的力量

艾克斯奥特曼

羁绊合而为一的世界

心意重合之日一定不会遥远

与你在一起便于可得以实现

请赐予我奇迹和勇气

没有任何悲伤的未来

与你双手紧握便一定能抓住吧

请赐予我面向

无论怎样艰险的道路的力量

艾克斯奥特曼