伊氏锥虫属于锥虫科锥虫亚属。虫体细长，呈卷曲的柳叶状，长度一般为15～34微米，宽1.5～2.5微米，平均25微米×2微米。前端尖，后端钝，中央有一较大的椭圆形核，后端有一点状的动基体。动基体也叫运动核，由位于前的生毛体和后方的副基体组成，鞭毛由生毛体长出。鞭毛与虫体之间有薄膜相连，虫体运动时鞭毛旋转，此膜也随着波动，故称波动膜。一般以姬姆萨染色效果较好，核和动基体呈深红色，鞭毛呈红色，波动膜呈粉红色，原生质呈淡天蓝色。伊氏锥虫的繁殖在宿主体内进行，一般沿体轴做纵分裂，由1个分裂为2个。伊氏锥虫在外界环境中抵抗力很弱。在干燥、日光直射时很快死亡，消毒药液或常水能使虫体立即崩解，50℃5分钟死亡。

急性病例多为不典型的稽留热(多在40℃以上)或弛张热。发热期间，呼吸急促，脉搏增数，血像、尿液、精神、食欲、体质等均有明显新变化。一般在发热初期血中可检出锥虫，急性病例血中锥虫检出率与体温升高比较一致，而且有虫期长，慢性病例不规律，常见体躯下部浮肿。后期病马高度消瘦，心机能衰竭，常出现神经症状，主要表现为步态不稳，后躯麻痹等。骡对本病的抵抗力比马稍强，驴则具有一定的抵抗力，多为慢性，即使体内带虫也不表现任何临床症状，且常可自愈。