正德八年（1513），考中举人，卒业太学。

正德十六年（1521），丁外艰。

嘉靖五年（1526），考中进士，授吴县知县。丁母忧，补任束鹿知县。苏祐到任第一天，罢释数十人，有人宠溺小妾，将妻子投入井中杀害而逃逸，官吏没有过问，苏祐将他绳之以法。次日，罢除徭车三十辆。第三日，有诏召回京城。束鹿人称赞道：“三日官府，百年父母”。升任广东道监察御史。

嘉靖十二年（1533），与众御史论救王中丞，受杖刑。出按宣大，讨平大同兵变。

嘉靖十四年（1535），出按江北。

嘉靖十六年（1537），出按山西。改任河南道监察御史。历任江西提学副使。

嘉靖二十一年（1542），擢山西参政，分理雁门关三关。升任大理寺少卿。