这时，宦官康履的侍从得到密报，有一张疑似欲兵变造反的文书，上头有“统制官田押，统制官金押”的签名字眼，“田”就是“苗”，“金”就是“刘”的代号，康履密报赵构，赵构要他找来宰相朱胜非，并使他通知王渊，康履表示，苗傅等人近来聚集在天竺寺附近，现在终于知道了他们的企图，并告知王渊苗、刘所谓“郊外有贼”是要借口让士兵出外，于是当晚王渊埋伏了五百精兵在天竺寺外，城中惊慌，居民皆闭门不敢出入。

3月26日，是宋神宗忌日，百官行香祭祀。事后，百官入朝听朝廷任命刘光世为检校太尉、殿前都指挥例的宣制。苗傅和刘正彦命令王世修在城北桥下埋伏兵士，等王渊退朝，将其拖下马，宣称他交结宦官谋反，刘正彦将其亲手杀死，随后包围了康履的住处，大肆捕杀宦官，并挂著王渊的首级，率军进围皇宫，兵临城下，这时赵构也渐渐得到叛乱的消息，守宫门的中军统制吴湛和叛军私通，引导苗傅的手下进城，高喊“苗傅不负国，只为天下除害。”

杭州知州康允之带着百官，请宋赵构到城楼上安定军民，否则无法制止叛乱。赵构登上城楼，凭栏问苗傅带兵造反的原因，苗傅见了赵构，仍然山呼下拜，随即厉声指责赵构说道：“陛下信任宦官，结交宦官就可获得高位，汪伯彦、黄潜善昏庸误国却尚未流放，王渊遇敌时不能有效抵抗，却因结交康履而得到枢密的高位，自己立功不少，却只在偏远的郡担任团练，并表示已经杀了王渊，并捕杀了在外的宦官，胁迫赵构杀了康履、蓝圭、曾择三个最亲近的宦官以谢三军。”赵构回答：“若宦官有过错可将他们流放海岛，请将军们赶快回营。”

希望政变就此平息。但是叛军并未退去，苗傅说道：“今天的事情都是臣一人所为，于其他人没有关系，希望陛下以天下苍生为重，杀掉那些危害的宦官，如果不杀掉他们，我们绝不会去。“赵构说道：“我知道将军们忠义，我现在就任命苗傅为承宣使及御营都统制，刘正彦为观察使及御营副都统制。其他军士一律无罪。“苗傅还高喊：“如果他只想升官，只要连络宦官就好了，何必来此？”赵构询问身边近臣的意见，浙西安抚司主管时希孟说灾祸是由宦官造成的，若不把宦官全杀了就无法平息，赵构下不了手，军器监叶宗谔说：“陛下何必珍惜康履？” 赵构只好用竹篮将康履垂吊下城交给叛军，马上遭到叛军腰斩。

苗、刘等又在城下喊道：“陛下的帝位来路不正，以后如果二帝归来，将何以自处？”

赵构派宰相朱胜非下城和叛军谈判，苗傅等请求隆祐太后（昭慈圣献皇后）来垂帘听政以及与金国议和，赵构只好答应，下诏请隆祐太后垂帘听政，苗、刘二人听诏竟拒绝下拜，进一步要求赵构退位，策立年仅三岁的皇太子赵旉为帝，张逵说道：“民为贵，社稷次之，君为轻，望陛下今日之事应以社稷百姓为重，况且已有宋徽宗的先例。”群臣议论纷纷，有的支持赵构接受退位的条件，有的大力斥责叛军，当时天气寒冷，赵构坐在城楼的没有被褥竹椅上，派人去请太后时，就楹立一侧而不就坐，百官请他上坐，他则表示“我已经不配坐这个座位了”。

不久，隆祐太后前来，不愿登楼，希望直接出城安抚叛军，百官皆认为此举危险，担心叛军挟持太后，朱胜非独力排众议，说明叛军必不敢如此，反而可借此看出他们的企图。于是太后乘轿出城，苗、刘下拜说：“百姓无辜，生灵涂炭，希望太后出来稳定局面。”太后缓颊：“徽宗皇帝任用奸臣，随意更改祖宗法度，又妄图与金联合灭辽国，才造成了今日的局面，当今皇帝神圣孝明，只是被奸臣汪伯彦、黄潜善所贻误，现在两人也都被放逐了，你们难道不知道吗？”苗傅说：“我们已经讨论好了，不可犹豫。”太后说：“既然如此，那我和当今皇上一同执政。”苗傅却坚持要废掉赵构，策立赵旉，太后表示就算是承平之时，以一妇人和幼子也难以执政，更何况当时正值与金国的战争，苗傅等则软硬兼施，先是说如果太后不从，他们要当场解衣就戮，后来又威胁三军可能生变，并要求在场的宰相朱胜非表达意见，朱胜非无法回答，正好赵构派颜岐前来，奏太后说：“皇上已经同意了叛军的条件，请太后下诏。”太后仍不愿意，苗傅等则更加仓狂，胁迫太后赶紧决定，且言语更加不客气。

赵构知道事已无法挽回，只好同意禅让君位，朱胜非在一旁哭泣，说自己身为宰相应下楼大骂叛军，以死谢罪，赵构退却左右说：“且看事情如何发展，如果失败再死也不迟”。于是命令朱胜非向苗傅宣布让位的条件，一是要像对禅位的宋徽宗一样对待让位的赵构，供奉需丰厚；二是让位之后事情要听太后及即位的幼君处置；三是下诏完毕后就和部队回到营区；四是约束军士，不可抢掠纵火、骚扰百姓。

苗傅答应，赵构随即下诏逊位，令兵部侍郎李邴起草诏书，表示：“自即位以来，强敌欺凌都是因为自己而来，不忍生灵涂炭，宣布退位，希望敌国能休兵和好。”赵构派朱胜非下城宣读诏书，苗傅手下王钧甫对朱胜非说：“苗刘二人忠心有余而学问不足”。宣诏完毕，叛军即退去，喧闹于市集并大叫“天下太平了！”杭州知州恐怕叛军乘势屠杀百姓，出城慰抚。

当天赵构就前往显忠寺。隔天太后垂帘听政，大赦，尊逊位的赵构为“睿圣仁孝皇帝”，并将显忠寺改名为睿圣宫，只保留宦官十五人，其余都编遣解散，苗傅等还派人前往探查，担心赵构多留内侍。

苗傅和刘正彦当政后，想要改元及迁都金陵，太后和朱胜非担心若两件事都不答应会惹恼苗傅，只好答应改年号为明受，并以金陵靠近江北难以防御金兵为由婉拒迁都。朱胜非知道苗、刘见识短浅、不难对付，便周旋于叛军和太后之间，迷惑苗傅，使自己取得了单独面见太后的权利，又企图策反苗傅的手下王世修、王钧甫等。苗傅掌权后不久，贬宦官曾择、蓝圭到岭南，并派杀手在半路上追而斩杀曾择。又企图以所部士兵代替禁军守卫睿圣宫，甚至想邀赵构游览南方，都被朱胜非技巧性的阻止。

几天后，驻防平江的张浚接到大赦的命令，知道情势有变并通知驻守吴江的张俊起兵会合。驻防江宁的吕颐浩也得到消息，和部属讨论后确定为兵变，当即决定讨伐，一方面派遣使者回杭州安抚叛军，一方面写信通知张浚和刘光世政变消息。

张浚当即在平江起兵，约刘光世和吕颐浩率兵到此会合，同时派冯轓到杭州劝苗、刘让赵构复位，迷惑叛军，也派遣从杭州逃出来的保义郎甄援到刘光世、韩世忠军中宣传起兵的消息。韩世忠和刘光世也先后率兵至平江，听候张浚调遣。张浚得到部属要断吴江桥反叛的密报，派韩世忠率部进至秀州阻止。苗傅得到消息后，打算扣押韩世忠的妻子梁氏（小说中的梁红玉）及儿子为人质，朱胜非表示只要派这两人到平江安抚韩世忠，事情就可解决，苗傅答应了他的建议。

冯轓回到平江后，张浚再度派他到杭州和苗、刘等声明大义，苗傅曾听说张浚已经集结重兵，但不相信，这时才惊觉已经遭到讨伐，诏贬张浚为黄州团练副使、郴州安置，御史中丞郑瑴上书为张浚开脱，又遣人密报张浚放慢行军速度，使叛军自行垮台。

叛军派苗瑀和马柔吉率赤心军及王渊旧部驻扎临平抵挡勤王军，冯轓也入城内和苗傅商议，苗傅要拘留他，张浚得知后便伪造了一封书信给冯轓，内容是表述苗、刘忠于朝廷的，且故意被苗傅拦结下来，苗傅看了张浚给冯轓的信后，信以为真，便放了冯轓。

隔天，张浚得到了被贬的消息，随即和刘光世、张俊、韩世忠联名传檄天下勤王，从平江大举出发声讨苗刘。

苗刘闻讯大为惊恐，被迫接受朱胜非和冯轓的提议，率百官奏请赵构复辟。1129年4月20日，“太后下诏还政，皇帝复大位。”赵构还宫后，诏尊太后为隆祐皇太后，恢复苗傅策立的幼君赵旉为太子，且故意任命苗傅为淮西制置使，刘正彦为淮西制置副使，将他们引出朝廷，隔天下诏恢复年号建炎。

苗、刘二人要求赵构赐予免死的铁券，准予免于追究他们政变的责任，赵构知道两人学识不丰，在铁券上写着“除大逆外，余皆不论”，苗刘不察，以为安全了。当天，勤王军到达叛军驻扎的临平，陈思恭（这时的陈思恭军应是受张俊节制。被说成是韩世忠部的先锋。可能是因为韩世忠部以勇猛著称，以韩部之名率先发兵召告天下更有利。）率军力战，大破叛军苗翊与马柔吉，挺进北关。苗、刘二人率精锐两千人，拿着赵构所敕赐铁券逃出杭州，同时命令手下纵火，但天降大雨，火不能起。

勤王军刘光世、张浚、韩世忠、张俊、吕颐浩等入城，赵构握住韩世忠的手痛哭，并请求他除掉私通叛军，看守宫门的吴湛，韩世忠随即上前，装作要和吴湛谈话，折其中指将他逮捕，诏斩于市。赵构也下诏表示只追究苗傅、刘正彦、王钧甫、马柔吉、张逵等的责任，其他军官士兵皆不追究，于是赤心军背叛苗傅，王钧甫想率军投降，但其部下张翼等人斩了王钧甫、马柔吉投降。王世修则是接受审判后斩于市。

苗傅、刘正彦两人率军逃亡，侵犯许多郡县。刘正彦在浦城乘胜追击官军时被韩世忠擒获，苗翊为部下所擒来献，张逵率残兵败降遁入崇安，也被韩世忠派军追而杀之。

苗傅则变更姓名，在逃亡建阳时被发现，押送至韩世忠处。于是韩世忠宣布班师，俘苗傅、刘正彦、苗翊三人以献，两人在建康被磔弃市。刘正彦在行刑时还大骂苗傅不用自己的计策，因而失败。

赵构封赏平乱功臣。升吕颐浩为尚书右仆射；升李邴为尚书右丞；封韩世忠为少保、武胜、昭庆两镇节度使，御书“忠勇”赞扬其忠心，另外封其夫人梁氏为护国夫人。一人兼两镇节度使及功臣之妻受封赏皆始于此。张浚则自请前往川陕一带防守，被封为宣抚处置使。

另外，赵构追赠王渊开府仪同三司，追康履“荣节”谥号。韩世忠因在卑微时曾受王渊赏识，此时知恩图报安葬了王渊。

这次兵变，是南宋抗金斗争的一个转折点。兵变打击了主张和支持皇帝南逃的投降派势力。它表明妥协逃跑不得人心，标志着人民抗金力量的兴起。

兵变促使南宋政权进行政治整顿。赵构后来就着手整顿、制订一些必要的制度和措施。首先，纠正北宋遗留下来的问题，重定赏罚标准，以解决统治阶级内部矛盾。并废除宋徽宗时打击反对王安石变法的朝廷重臣的政策。其次，减轻人民的经济负担，缓和阶级矛盾。第三，限制宦官的权力。第四，调整部分官制，合并了一些机构，以适应抗金战争的需要。

苗、刘之变是构成赵构最终收缴兵权、向金人妥协求和的一个因素。

赵构本来就惧怕地方武力和将领拥兵坐大，这次的政变更成了赵构心中挥之不去的阴影，也加强了他这番心理，使赵构终其一生都不再信任武将，且频繁调度将领，达到“兵不识将，将不识兵”的目的，从而使南宋重文轻武的情形加剧。甚至因为苗傅拿徽钦二帝仍在北方来质疑赵构皇位的正统性，并以此为主要理由要求赵构退位，更加深了赵构对此事的耿耿于怀，对于他往后排斥北伐、倾向与女真和议也有一定程度的影响。另一方面，被苗刘扶上皇位的太子赵旉在兵变中受尽颠连，不久后就一病不起，不幸夭折，赵构本人也因故失去了生育能力，自此绝嗣。宋太宗一脉的近支宗室都在靖康之变中被金国俘虏，因此，赵构身边已经没有了立储的人选，一旦宋钦宗回朝，赵构的皇位更加难保，皇位继承人问题成了他的心腹之患。