独立后的葡萄牙人民仍未团结一致，下层民众坚决支持新王，很多贵族由于与西班牙有家庭关系（连若昂四世的母亲和妻子都是西班牙贵族）而犹豫不决，只有一部分贵族坚定得站在若昂四世一边。大部门官僚拥护若昂四世，而资产阶级多保持中立。耶稣会支持若昂四世，宗教裁判所则站在西班牙一边。

1640年若奥由公爵变成国王之后，立即于第二年召开宫廷会议，决定为了将独立战争进行到底，向全国增收赋税；得来的税款用于组建一支常备边防军、在边境修筑要塞、重建海军、建设一批兵工厂和造船厂等等。同样是增收赋税，这次为了祖国的独立和尊严，老百姓们都没有表示反对。不仅如此，葡萄牙人民还在战争中表现出了无比的爱国热忱。

1641年东北地区山后省的一个边境小村遭到西班牙人的进攻，村民们躲进教堂进行战斗，但最终失败。70多名村民被侵略者砍掉了头颅。在西班牙方面的军方报告中这样写道：“这些叛逆者是如此顽固，除一名老年妇女之外，没有一个人要求怜悯或者同意呼喊‘菲利普国王万岁’的口号。”在第二年的另外一次军事冲突中，西班牙人在报告中说：“葡萄牙士兵力量虚弱，也不机警，但是反抗精神十分顽强。”

幸亏当时处在三十年战争的最后阶段，西班牙忙于在比利牛斯、比利时、阿尔萨斯、意大利等地与法国作战，无暇顾及葡萄牙，所以在若昂四世时期所谓的“光复战争”除了1644年有一次较大规模的战役之外，基本上都维持在边境冲突的水平上；双方互有胜负。在海外也逐渐开始了收复失地的行动。丹吉尔、安哥拉、圣多美和普林西比以及巴西的伯南布哥等地相继被葡萄牙从荷兰人手中夺了回来。但是印度洋的锡兰岛（斯里兰卡）、马六甲等地依然鞭长莫及。

若昂四世意识到葡萄牙本身的力量是十分弱小的。为了寻求外国的支持，共同对抗西班牙，并收复海外的失地，国王向英国、法国、荷兰、瑞士、丹麦和罗马派出了外交使节，表示葡萄牙愿意加入以法国为首的波旁家族集团，与西班牙为首的哈布斯堡家族集团作战。但是结果又如何呢？对于葡萄牙人来说，西班牙的敌人理所当然的应该接受葡萄牙作为同盟者；但是对于这些大国来说，把葡萄牙作为敌国比把它作为盟国更有利可图，因为这样就可以光明正大的把那些葡萄牙人手里的商业港口和战略要塞攻打下来。于是所谓“光复外交”得到的是一个可悲的结果：葡萄牙从哈布斯堡家族集团脱离了出来（从西班牙独立），但是却没有被另一个集团所接纳。我们下面来看一下这一系列外交活动的具体结果如何：

罗马方面的使节一无所获。因为当时三十年战争中哈布斯堡家族是打着天主教的名号和新教徒作战，教皇当然不会站到他们的对立面去。因此教皇拒绝在西班牙承认葡萄牙独立之前承认后者的独立地位。直到1669年教皇才同意接见了葡萄牙的特使。

英国方面，为了得到实质上的支持，葡萄牙付出了巨大的代价。其实自古以来英葡两国之间就有着历史悠久的联盟关系，比如1385年葡萄牙一卡斯蒂利亚战争葡萄牙的改朝换代就得到了英国的大力支持。但是这次情况有所不同的是偏偏赶上了英国革命，查理一世被处决，克伦威尔上台。若奥四世见状想保持中立看看再说，但是英国的一群保王党人却以两国由来已久的联盟关系为借口率领一支忠于国王的舰队停泊在了里斯本港口，并以此为基地袭击克伦威尔的舰队。恼羞成怒的克伦威尔派舰队封锁了里斯本港，切断了通往巴西的海上通道。为了换取和平和英国人的支持，1654年葡萄牙被迫与克伦威尔签订了协议，将巴西、非洲及东方的贸易领地向英国开放，并许以优惠的关税税率，甚至还规定葡萄牙需要租赁外国船只的时候只能租赁英国船只。英国还要求允许在葡萄牙的英国商人从事自己的宗教活动。这对于传统的天主教国家葡萄牙来说是难以接受的。于是克伦威尔又用海军开到里斯本逼迫葡萄牙同意了这项条款。

1660年，三十年战争结束之后，西班牙集中全力来对付葡萄牙，于是葡萄牙不得不再次向英国寻求援助。北非的丹吉尔被送给了英国；而且如果英国人能将印度洋上那些被荷兰人占据的地区夺回来的话，那些地区就让给英国人；对于锡兰岛，如果英国人能够夺回，那么葡萄牙就和英国平分该岛的肉桂贸易。作为交换，英国向葡萄牙派遣两个骑兵团和两个步兵团；需要时英国将派舰队对葡萄牙进行援助。从此直到葡萄牙第一共和国时期，英国人一直在葡萄牙拥有外交特权，并进行着无孔不入的经济渗透。

法国方面，葡萄牙人同样失望而归。1641年葡萄牙向法国提出正式建立一个对付西班牙的多国联盟；但法国人对此不予理睬。后来葡萄牙降低了标准，只是一个形式上的联盟就可以了（即，如果西班牙不同葡萄牙和解，那么法国也不同西班牙和解）；但法国还是对此避而不提。到了三十年战争的最后阶段，作为西班牙的敌对国，葡萄牙要求在最后的和谈中占有一个席位，以便使西班牙承认其独立地位，免得以后还要继续打仗；然而法国没有接纳葡萄牙。最后的威斯特伐利亚条约（1648年10月）根本没有葡萄牙什么事儿。甚至在法国和西班牙单独签订的比利牛斯条约（1659）中明确规定了法国不支持葡萄牙与西班牙进行和谈。葡萄牙成为了大国之间利益博弈的筹码。

对于荷兰，葡萄牙善意的提出了和解的请求。但是两国的和平仅限于欧洲范围内，海外领地的争夺却从未停止过。最后到了1661年，葡萄牙在无奈之下做出了让步，放弃当时荷兰占领下的海外属地，并且给予荷兰商人类似于英国商人在葡萄牙属地上的贸易特权。 在其他欧洲国家，葡萄牙人取得的外交成绩大同小异。期望的国际援助或没有兑现，或让葡萄牙付出了惨痛的代价。葡萄牙海上霸主的地位正式让与了英、荷两国。帝国曾经的辉煌被葡萄牙人亲手埋葬了。

葡萄牙的衰落除了西班牙的占领和“光复外交”的失败之外还有文化上的原因。虽然葡萄牙站在反对哈布斯堡家族的立场上，但是这丝毫没有改变其天主教国家的本质。宗教裁判所依然在里斯本市中心竖立着火刑柱。十七世纪本来是欧洲现代思想和科学发展的一个决定性时期；但是这个世纪恰恰是葡萄牙的低沉时期。这个时期伟大的画家、作家、思想家、科学家等等没有一个是葡萄牙人。斯宾诺莎是葡萄牙犹太人的儿子；其实委拉斯凯兹的父亲也是个地道的波尔图人；而这些伟大人物之没有在葡萄牙，恰恰说明了葡萄牙的衰亡和消沉。

在若昂四世统治时期，葡萄牙殖民帝国灾难不断，外交上也屡遭挫折。国内经济很不景气，还发生了几起暴乱。但是葡萄牙抵御了西班牙对她的入侵，1644年在蒙提霍、1659年在埃尔瓦斯（边境城镇埃尔瓦斯及其防御工事）两次战胜了西班牙军队，保持了葡萄牙的独立。

1654年，在西班牙统治时期被尼德兰占领的殖民地巴西重新回到葡萄牙手中。

1646年3月25日，若奥四世正式将圣母玛丽亚尊为“葡萄牙的庇护者和女王”（Padroeira e Rainha de Portugal）。从这时开始，葡萄牙的国王不再佩戴王冠，因为王冠是属于圣母的。这一点从他们的画像上也可以看出来。若昂四世于1656年11月6日去世，其子阿丰索六世继承了他的王位。

若昂四世还是个著名的作曲家和音乐理论家。他从小就对音乐产生了日益增长的兴趣，并与葡萄牙最伟大的作曲家若昂·洛伦索·雷别罗（1610年-1661年）建立了深厚的友谊。继承布拉干萨公爵爵位之后，他开始大量收集音乐作品。凡是欧洲乐谱市场上出版的新作，他统统向出版商和发行商收购。登基后国家的外交机构都参与了进来，使得当时葡萄牙的音乐藏书成为欧洲乃至世界之最，有两千册印刷的书册和近四千册手抄乐谱。许多手抄本上都有若昂四世的评价和打分。这些藏书全部毁于1755年的地震。至于若昂四世的音乐作品，也只有两部流传至今，而且是不完整的。若昂四世还留下了两篇音乐理论作品，一篇是《维护现代音乐，反对西里洛·弗朗科主教的错误主张》，另一篇是《帕莱斯特里纳弥撒曲第五册上印的圣饼弥撒曲所引起的疑问之解答》。两篇文章虽理论价值不高，但表现了若昂四世对新兴复调音乐的维护。另外若昂四世赞助、支持和保护葡萄牙音乐家，若昂·洛伦索·雷别罗正是由于若昂四世的鼓励和宣扬才能成名。