1585年荷兰军队在西班牙弗兰德斯军团的打击下节节败退之时，伊丽莎白一世同荷兰人签署了农萨奇条约，并承诺为后者提供军事和财政支援。这标志着英西双方进入了“官方”的敌对状态。由于前苏格兰女王玛丽反对伊丽莎白的密谋“证据确凿”，伊丽莎白在1587年2月下诏将其斩首。这个事件使腓力二世获得了一个极好的借口。当西班牙外交使团在伦敦大放和平烟雾的同时，由西班牙老将圣克鲁兹侯爵担任司令的无敌舰队筹备工作也正在里斯本紧张进行中，一场大战不可避免。

1588年2月9日圣克鲁斯在里斯本猝然死去，终年62岁。圣克鲁斯是勒班陀海战的英雄，从葡萄牙人手中夺回大西洋要冲亚速尔群岛的特塞拉海战的胜利者，赫赫有名的无敌舰队总司令。西班牙国民惊悉他的噩耗，无不表示深深地悼念和悲叹。圣克鲁斯一死，腓力二世立即任命安达卢西亚地方总督，比圣克鲁斯年轻24岁、年仅38岁的西多尼亚接任无敌舰队总司令的要职。西多尼亚出身于名门贵族，是一个德高望重的优秀行政长官，曾屡次出色地完成了为无敌舰队补充物资和征兵的任务。

西多尼亚长途跋涉来到里斯本。他所面临的现实是令人难以置信的、一片惊人的混乱。圣克鲁斯暴卒以来，里斯本港内舰队的管理完全陷入了无政府状态，缺乏具备权威和自信、能解决这种混乱状态的领导者。因此，扭转这种混乱，使准备工作步入正轨，乃是西多尼亚必须解决的紧急课题。然后他启用了几位私人幕僚。其中一位是为东印度航路护航的卡斯蒂利亚加里昂舰队司令迪戈·弗洛雷斯·德·瓦尔德斯，他还是潮汐和海流方面的专家，曾参与加里昂船设计工作，是很有才干的人物。另外还任命船员出身、经验丰富而且德高望重的迪戈·德·马尔多纳多和马罗林·德胡安两人为参谋。又从重炮兵指挥官中借用意大利炮术专家任炮术参谋。西多尼亚同三位可靠面得力的助手一起，踏踏实实地克服了重重困难，使舰队的起航准备工作顺利地进行着。

过去以地中海为舞台的西班牙舰队的战舰，均以加里船之间接舷肉搏战为主，所以，西班牙舰队舰载大炮的配备要比英格兰舰队落后的多。为此，圣克鲁斯曾写信给国王，强调准备大型火炮的必要性，加之军事会议也要求国王提供筹措大炮的资金，终于这个要求得到腓力二世的批准。

铸造大炮在当时是一门十分困难复杂的技术，而大多数优秀的铸炮工匠都在英格兰国内。同时，大炮的价格非常高昂，特别是作为炮身材料比铸铁优异地多的青铜，更为贵重，能制造长炮身的卡巴林炮的设备甚少。因此，虽说由西多尼亚的努力，无敌舰队舰载大炮的质和量两方面都得到大大加强和提高，但是远射程大炮不足仍然是无敌舰队的最大弱点。为了加强主力舰加里昂船的备用炮，只得采取权宜之计，忍痛牺牲其他舰船上的备用炮。

另一方面，加入舰队的各种舰船也都有了显著增加。到1588年4月底为止，编入无敌舰队的各种大小舰船已达130艘。

陆续到达里斯本集结的船只都在忙于维修和保养。无敌舰队差不多所有的乘员都用盔甲、长矛和火枪装备起来了。炮弹的补充也比较顺利，每门大炮配备50枚炮弹，当然这个数目并不很多，但已大大超过圣克鲁斯当初所要求的30枚之数。同时根据意大利炮术专家的建议，又比原来增加了一倍半。

西多尼亚成功地说服了腓力二世推迟出发日期，为舰队的加强和保养 时间，因此得到舰队内部日益加深的信赖。但是，无论他如何努力，仍然解决不了食粮和船员不足十分严重的问题。这个问题得不到改善，而且越来越恶化了。尽管存在着种种缺陷和重重困难，但再也不能无视腓力二世再三下达的起航令了。

1588年4月25日西多尼亚陪同腓力二世的代理总督来到里斯本大教堂。大主教宣读了祈祷文，祈祷无敌舰队这次远征大业一举成功。

1588年5月9日早晨，停泊在里斯本港内的无敌舰队的所有船只，纷纷拔锚起航，一艘艘通过贝伦塔，沿特茹河而下。但是越来越强的西风正从海上向河口方向刮来，舰队不得不再次在河口附近的城堡跟前抛锚待机。强烈的西风不停地刮着，无敌舰队就那样停泊在特茹河口20余日，寸步未移。

腓力二世把一份最新情报和指令送给正在特茹河口等待天气好转的西多尼亚，其中写到：

“据推测，目前德雷克舰队非常软弱。他正在普利茅斯港闭门不出，可能是想避免同无敌舰队全面交战。当无敌舰队通过普利茅斯海域时，在敦刻尔克海域巡逻的其他英格兰舰队，将从背后发起攻击。大概德雷克要等到西班牙军队全部在英格兰本土登陆之后，再对无敌舰队发起攻击。

因此，在击败德雷克舰队之前，西多尼亚必须竭力保持无敌舰队的战斗力，使之不受损失。同帕尔马会师之后，可相机行事，或在海上，或在港湾里攻击舰队。在此之前，不能说回避战斗，但我方不要首先向敌方挑战。纵然德雷克舰队会前来骚扰和威胁我国沿岸港口，但西多尼亚务必竭尽全力同帕尔马会师。”

腓力二世的这个指令，是根据西班牙情报网头目驻巴黎大使门德萨提供的情报而发出的。在他的情报中，夸大了英格兰海军将领之间就约翰·霍金斯革新的造船方针所产生的意见分歧。于是腓力二世做出了“英格兰舰队战斗力很弱”的判断。

数量达130艘之多的无敌舰队是一支国别、语言、生活习惯都迥然不同的特别混合舰队。所以，西多尼亚把信号和联络等方式整顿和统一起来，同时制作了大编制舰队所必须的航海要领、阵型程序、战斗指令的方面文件，散发给所有船只。而由熟悉海峡和北海情况的西班牙人、荷兰人、布列塔尼人，以及英格兰天主教徒组成的领航员小组，也都分配给各舰队的司令官。

1588年5月28日天气总算恢复正常。西多尼亚立即下达起航命令，于是无敌舰队开始静静地沿着特茹河而下。无敌舰从 海域沿葡萄牙海岸逆风北上的航行历尽了千辛万苦。风向变化无常，一会儿刮风，一会又转为西风，来回捉弄着舰队，有时又丝风全无，舰队在大西洋的汹涌波涛中颠簸漂流。时而又袭来猛烈的逆风，把舰队吹向南方。由于这样恶劣的天气和混合舰队本身的缺陷，从里斯本海域到伊比利亚半岛西北端的菲尼斯特雷角，仅156海里的路程，足足航行了13天。人们很快就体会到远征的前途是艰难困苦的。

从里斯本港起航之后20天，即6月19日，那天夜里，微风习习，但仍然非常闷热。到了深夜，突然刮起强烈的西南风。甚至连在拉科鲁尼亚湾内避风的一艘帆船也从停泊地被刮跑，另一艘拖着锚同一艘加里昂船相撞，受到严重破坏。留在洋面上的其他船只，漂泊到离下风头陆地很远的地方，才避免了被刮走和触角的危险。为了保险起见，船只斗各行其是，随风漂泊，七零八落，不成队形。

直到24日，仍有30艘船去向不明。这些船运载着大约6000名水手和士兵。在许多能经得起暴风雨的船上，由于有的船员吃了腐败食物而患上痢疾和伤寒，苦不堪言。而且大多数船只都受到了不同程度的损伤，桅杆和帆桁被吹断，失锚、漏水等等屡见不鲜。

无敌舰队在拉科鲁尼亚停泊了一个多月，专心致志于修理船体、补充食物和医治病人等事宜。这样，到了7月21日，无敌舰队才恢复到原来的战斗力。7月22日凌晨，无敌舰队所有船只乘着强劲的南风，鼓满风帆驶出拉科鲁尼亚湾，向英格兰进发。

7月29日下午，当英格兰西南部的海岸线已经出现西班牙人的视野中时，公爵命令各旗舰升起圣玛利亚和耶稣受难的旗帜和十字旗，并集中舰队所有人员在各舰甲板上望弥撒。随后，公爵召集高级将领举行了战前的最后一次作战会议。在会上，里卡尔德和雷瓦等人提出应立即攻击普利茅斯港，因为据说德雷克就在港中。既然英国海军在炮术方面占有优势，那么西班牙人要实施自己擅长的接舷战和白刃突击，就只有迫使英国军舰在不利于发挥炮火威力的狭窄海域进行战斗。退一步说，即使无法歼灭英方主力，至少也可以将它们堵在狭窄的港区，这样无敌舰队的其余舰只就可护送陆战部队不受阻碍地驶往预定地点了。但是公爵否定了这个计划，他强调国王的命令是尽快用舰队运送和护航陆军部队抵达佛兰德斯沿海的集合点，同时避免与英国舰队的正面交锋。

他的这个决定为后世历史学家所诟病，但他这么做也不无道理：首先，英舰队主力是否确在港中仍存在疑问；其次，西班牙船只和舰长缺乏在敌对港口作战的经验，他们的船只比较笨重，而且普利茅斯港口又以曲折复杂的峡湾和遍布的浅滩及暗礁而闻名；再次，如果执行这个计划，舰队就要不可避免地分散兵力，这对要保护舰队中运输补给品和陆战部队的23艘补给船，并维持着一个紧密的防御阵型是非常不利的。

从8月6日下午起，无敌舰队就开始在加莱泊地下锚。按照计划，西多尼亚公爵的舰队将与运载帕尔马公爵的入侵部队的驳船队会合,但是后者却没有出现。西多尼亚公爵曾在前一天派他的秘书去催促帕尔马公爵采取行动,先前派出的小型三桅船却在当日返回,带回了一个令人沮丧的消息，说帕尔马目前还呆在布鲁日的司令部中,而且到目前为止并无一兵一卒上船。但是,实际原因可能是一支荷兰舰队己经封锁了敦刻尔克和格拉沃利呐附近海面，使得帕尔马公爵的佛兰德斯军团无法登船。

但不管怎么说，英国人抓住了这个机会，霍华德和德雷克等人决定第二天夜间对西班牙舰队实施火船攻击。8月7日的傍晚，加来附近海域的风向由西南转为西，这也与沿海潮汐的方向一致，由于当天晚上是满月，所以又赶上了天文大潮。天时地利都在英国人一边。入夜,艘一吨不等、由武装帆船改装而成的纵火船开始冲向东面几千米外的西班牙船只聚集区，凌晨刚过，西班牙方面的了望哨就报告“有两艘燃烧的船正从千米外驶来”。很明显，由于经验不足,纵火船上的英国水手过早引燃了船只，给了西班牙人15至20分钟的预警时间。这并非一次突然袭一击，因为公爵也预见至了英国与荷兰方面可育旨对锚地发动袭击，他在前一天就命令各个分队的小型舰只在锚地的东面和西面分别组成警戒编队。这个部署起到了一定作用，有两艘火船被前者钩住并被拖离预定路线。

但是，另6艘英国船燃着熊熊大火，马上就要冲入锚地了。按照英国方面的,说法,西班牙舰队接下来发生了严重的一恐慌，各舰舰长纷纷下令砍断锚缆,乱作一团。然而现代历史学家的研究表明，有关“砍断锚缆并升帆起航”的命令是西多尼亚公爵本人下达的，在当时情况下,这也是他能够做出的唯一正确的选择。小型三桅快船在锚地中穿梭，公爵的命令很快得到了执行。大多数舰一只的操作显示了西班牙海员的航海能力仍然是值得称道的,只有两艘船在黑暗中发生了碰撞,导致桨帆战舰“圣洛伦佐”号的尾舵损坏,只得使用船桨缓慢划行（缺乏尾舵的协助无法实现抢风航行）。

接下来的作战本应是一边倒的，一因为西班牙军舰只能各自为战，但是两个表面上偶然的事件却暂时拯救了西班牙舰队覆灭的命运。从8月8日黎明开始,战斗首先在两个孤立的战场展开。围绕着搁浅在加莱海岸的雨果座舰“圣洛伦佐”号，霍华德的分舰队（然 后是英方舰队的1/2）都被吸引了过来。在这艘桨帆战舰编队的旗舰上，双方展开了激烈的白刃战,混战中，雨果本人被枪弹打死，这艘船一渡被英军占领。英国舰队的其余舰只则在德雷克的率领之下，开始围攻返回加来锚地的“圣马丁”号及其它四艘大帆船（“葡萄牙的圣胡安”号、“圣马尔科”号、“ 圣胡安巴蒂斯塔”号和“圣马特奥”号）。

1588年8月9日（星期二）黎明，两支舰队再度接近到1.5千米的地方。很快,海面上的风又停了，双方就这样对峙着。经历了10天惊心动魄的海上战斗，无敌舰队的士气开始崩溃，有的舰只开始有了脱离队列向英国人投降或者擅自逃离的意图。西多尼亚公爵不得不逮捕了好几名舰长以做效尤，其中一位在几小时后被吊在桅杆的绪端绞死。当海面上再次刮起西南风的时候，公爵召开了最后一次作战会议。会议中，舰长们一致同意,如果风向转变就返回海峡继续作战,否则舰队只能深入北海，绕道不列颠岛北端，穿过设德兰群岛进入大西洋，然后沿着英格兰海岸返回西班牙的拉科鲁尼亚。一整天,西班牙舰队都在为返航的漫长旅途而准备,各舰的面包、淡水和其它补给品进行了重新分配。公爵低估了大西洋高纬度地 区的威力，他乐观地认为无敌舰队将会顺利地回到西班牙，然后来年再重返英吉利海峡。但是,双方指挥官都不知道的是，狂暴的大自然将完成英国舰队没有完成的使命。

为了防备西班牙人在英格兰北部地区登陆，霍华德一直尾随着无敌舰队，直到8月12日无敌舰队驶过了苏格兰的“前河口湾”为止。但是，西班牙水手很少有在高纬度海域航行的经验，骤降的气温、海边的浓雾以及风暴使西班牙舰队开始分散,到8月14日他们已无法保持一个紧密的队形,强风将有的船只吹向了挪威海岸。持续的暴风雨使西班牙舰只在未知的海面上漂移，船员们无法测定纬度，只能根据磁罗盘的指示继续南行。到9月3日，聚集在旗舰“圣马丁”号周围的船只只剩下了60艘。公爵在当天的日记中写道“我祈祷仁慈的上帝赐予我们一个好天气让我们靠港，因为舰队的补给是如此之少，如果上帝仍然不肯宽恕我们的罪孽而让我们继续在海上耽搁的话，我们所有人都将无法摆托死亡的命运。”

据估计，西多尼亚的舰队主力可能混战中的英西两国舰队在9月份的第二个星期抵达了英格兰西部海域。风向几乎每天都在变,因此舰西班牙人则更加倒霉，他们中的很多人后来还被当地的首领“赠送”或者卖给了英国人。

由于在英格兰沿岸搁浅和沉没的西班牙船大多没有幸存者能够返回西班牙,所以在最后时刻他们的船上发生了什么人们得 而知,但是桨帆战舰“基洛纳”号的经历却是一个例外。当1588年9月21日德·雷瓦的“La Rata Santa Maria Encoronada”号在英格兰牛津郡的布莱克索德湾沉没时,船上的大多数人员都转移到了随行的“杜科斯纳圣安纳”号上,但后者却被一阵强烈的西南风吹到多内戈尔海岸搁浅了。

无奈，德雷瓦只得率领幸存者徒步向北行进。当他们沿着海岸到达多内戈尔湾北部的基里博格斯时，幸运地发现了桨帆战舰“基洛纳”号。该舰舰长法布利西奥。斯宾诺拉率领水手和士兵们己经忙碌三周了，他们的船损坏得实在是太严重了。德雷瓦部队的加入使维修速度加快了，但是船员们面临着补给品严重不足的问题。军官们在讨论之后决定继续向北航行，绕过英格兰的奥尔斯特海岸，然后在苏格兰西海岸找到一个中立港口。但此时该船己严重超编，根据幸存者的说法,“基洛纳”号上塞了1300人（根据编制表,即使是前面两艘船的全部人员总数也不到1100人，所以说这很可能还包括其它沉船的海员。）糟糕的是，在10月28日的风暴中,“基洛纳”号再次损坏了尾舵。在奥尔斯特的邓鲁斯城堡附近海面,面对着强烈的北风和波涛汹涌的大海,这艘船只能随波逐流。当天晚上,“基洛纳”号撞上了附近的拉卡达礁，随即沉没，包括德雷瓦在内的大多数人都被淹死了。

精疲力竭的西多尼亚公爵直接返回了他的庄园：李卡尔德的旗舰抵达了毕尔巴鄂港，但他却在几周后死去。很快，无敌舰队失败的消息传到了腓力二世的王宫。据说他在听到这个消息后说了这样一番话“我应该感谢上帝,使我具有这样大的权力,假使我愿意的话,我可以很容易地再建立一支舰队。只要源头不断,那么一道流水虽然有时会被阻止, 但对源头并无太大的作用。”

另一方面为伸张新教神圣大义而战的英格兰人，同样也相信无敌舰队是毁于神风。在伊丽莎白女王授予霍华德的勋章上，就刻着“万能的主一呼吸，敌人就抱头鼠窜”的字样。而且荷兰诗人用拉丁语为新教徒信仰得胜而祝福时，所颂扬的也只是上帝的特别恩宠，而只字不提英格兰将士们的勇敢和无畏精神。

既然英格兰和荷兰都不约而同的把胜利归功于上帝对新教徒的施恩和庇护，腓力二世干脆顺水推舟，把无敌舰队归咎于神风不作美之故。因此，曾屡次呈送错误情报而威风扫地的西班牙驻巴黎大使门德萨，给腓力二世送了一封信，极力摆脱其窘境。

腓力二世在信中划上了着重线，在空白处写道：“谦虚地学习通往胜利之道”。

确认上帝大义正确性和合理性的腓力二世，迈上了重建无敌舰队的轨道。但是第二次无敌舰队远征，却是在8年之久的1596年10月。

第二年，英国也组织了类似的大规模远征行动，即科伦纳·里斯本远征，但确是不成功的，给英国经济造成严重的损失和人员及舰船的惨重损失。