为达成宣扬新教的人生宗旨，伊丽莎白提供法国宗教战争与荷兰革命的新教势力援助、对抗西班牙政权。与此同时，腓力二世大力压制新教的传播，资助法国战争的天主教联盟、支持爱尔兰的第二次德斯蒙德战争（1579年－1583年），拥护爱尔兰天主教徒反抗伊丽莎白。

1585年，伊丽莎白与荷兰签订楠萨奇条约，同意供予人力、马匹与津贴。腓力二世将此视为伊丽莎白对西班牙政府宣战。

战争于1585年爆发。西班牙拥有庞大的舰队，英国起初不敢正面交锋，遂采取海盗手段掠夺财富，打击西班牙力量。

德雷克驶往西印度群岛，在圣多明哥、卡塔赫纳、佛罗里达州的圣奥古斯丁进行劫掠。英国投入八十年战争，站在早先宣布脱离西班牙统治而独立的荷兰新教联邦（即尼德兰联邦）一方。腓力二世决议入侵英国，但1587年4月德雷克炸毁37艘在加的斯港口的西班牙船舰后计划受阻。同年，2月8日处决苏格兰女王玛丽一世触怒了欧洲的天主教徒，她的英国王权则（出于玛丽个人意愿）传交予腓力二世。7月29日，腓力二世获得教皇认同推翻伊丽莎白。

这期间英国招募和支持的大量海盗在大洋上对西班牙商船甚至军舰大肆劫掠，作战得力还被封官进爵，英国以高官厚禄招募大批富有实战经验的海盗为皇家海军所用。英国的海盗活动使西班牙遭受了巨大损失。西班牙试图报复，组织暗杀英国女王伊丽莎白，扶植前苏格兰女王玛利亚上台，但阴谋被伊丽莎白破获，1587年处死了玛利亚，同年英国海盗公然袭击了西班牙本土港口，抢劫了西班牙国王的私人财宝船，西班牙决心征服英国。信奉天主教的玛利亚被处死后，罗马教皇颁布诏书，号召对英国进行圣战。西班牙借机扩编了舰队，命名为“最幸运的无敌舰队”。

西班牙无敌舰队：格拉沃利讷海战

西班牙无敌舰队（Spanish Armada），字面意思是“最幸运的舰队或不可击败的舰队”，为了报复伊丽莎白对玛丽的处决，腓力二世誓言要入侵英国，并将一名天主教君主取而代之。他组建了大约130艘舰船组成的舰队，包括8,000名士兵和18,000名水手。为了筹资这项计划。教皇西克斯图斯五世允许腓力二世征缴远征税。教皇承诺，如果他们能到达英国本土，将对西班牙军队进一步补贴。他们于1588年5月28日无敌舰队驶往尼德兰。在那里为入侵英国而增派军队。然而英国海军使无敌舰队在格拉沃利讷海战失利，并迫使无敌舰队向北航行，在苏格兰附近海域，遭到了使舰队和人员受到严重损害的暴风雨天气。无敌舰队的失败，为英国水手提供了宝贵的航海经验。而英国人能够坚持私掠船行为反抗西班牙，并继续派遣部队援助腓力二世的敌人荷兰和法国。这些努力带来了一些切实的回报。该事件最重要的影响之一是，无敌舰队的失败被视为上帝支持英国新教改革的一个标志。

英国的无敌舰队：科伦纳·里斯本远征

这是在德雷克和诺里斯指挥下的英国舰队（English Armada）1588年8月,伊丽莎白一世得到消息:无敌舰队残余的大约50艘船只回到了西班牙比斯开湾的桑坦德和圣塞瓦斯蒂安。这是一个绝妙的机会,倘若把这些船只摧毁,西班牙的海上力量将很难有恢复的希望,因为那时,英国船队将轻而易举地阻截西班牙的美洲运银船和来自波罗的海的造船物资,腓力二世即使制定了造船计划,也会由于缺乏供应而中止。

1589年2月23日给诺里斯和德雷克的指示中,伊丽莎白明确强调这次远征只有两个根本性目的:“其一是摧毁西班牙国王的船只,其二是占领亚速尔群岛中的一些岛屿,以便阻截途经这里每年去往或来自西、东印度的运送财宝船队。”

但是,一来到海上,指挥官们便自行其是了。远征队于1589年4月出海,但没有按女王的命令首先去比斯开湾摧毁西班牙船只,而是直接去了靠近里斯本的克鲁那,在克鲁那大肆掠夺,浪费了两个星期的时间,削弱了自己的力量,给在里斯本的西班牙人提供了准备迎敌的机会。结果,围攻里斯本失败,部分船只受损,疾病和逃亡使水兵和步兵大为减少,船队被迫回国。这远征花费超过160,000镑,大大超过预计,女王负担了其中的60,000镑。远征的失败耗尽了英国财政资源。

在这段喘息时间，西班牙人能够整修和改装他们的海军。1589年7月,腓力二世把60艘战船(包括大帆船)从桑坦德转移到克鲁纳整修。更让英国人吃惊的是腓力二世通过大力发展造船业复兴西班牙海上力量的计划。他从1589年开始建造一支用于作战的海军,其先锋是20多艘大帆船,其中12艘1000吨以上。这支海军1591年建成。1589—1598年间,西班牙共建造70艘战舰,其中大多数是在王家官员的指导和监督下完成的。这还不能让腓力二世满足,他理想中的海军应当完全由王家战船组成。为了弥补不足,他有计划地租用武装商船。这样,西班牙海军进入相对辉煌的时期。

西印度舰队和美洲防御也得到改善。无敌舰队失败后不到两年,腓力二世重新组建了美洲运银船队,并调用一支新的战船队伍护航。1586年,他派军事专家胡安·德·泰克斯达和著名的意大利工程师巴蒂斯塔·安托恩利前往加勒比考察。结果,前者留在西印度成为哈瓦那的总督。后者于1587年回到西班牙,起草了防御加勒比的综合性计划。该计划得到腓力二世肯定。此后几年,一些重要港口——如,哈瓦那、德·乌鲁阿、波多黎各、新建立起来的波托贝洛——的防御工事建设进展迅速。同时,正规的卫戍军得到建立或加强,海岸防卫舰队得以改善。

大约在1589年年底，弗罗比舍和坎伯兰伯爵率领的英格兰舰队，曾在西印度航路上捕获了载满金银财宝的西班牙运银船。随着西班牙海上防卫体系的进一步加强，英格兰人要想获得辉煌的战果，将越来越困难了。最好的证明弗罗比舍、霍金斯、坎伯兰伯爵等人在16世纪最后十年的失败远征。1591年的弗洛雷斯海战，英国的舰队被派往亚速尔群岛捕获一年一度的西班牙珍宝船队。当在弗洛雷斯岛发现一支更强大的西班牙舰队时，托马斯·霍华德命令他的船只逃向北方，以保存实力。除了格伦维尔和他乘坐的“复仇”号。深孚众望的骁将格伦维尔战死和身经百战的“复仇”号沉没，在英格兰引起轩然大波，种种谣言和传说不胫而走，后来，沃尔特·罗利根据参战的指挥官和部分船员的意见，发表了正式报告书之后，舆论和谣传才渐渐平息下去。这次战斗标志着西班牙海上力量的复兴。并证明英国捕获和击败西班牙珍宝船队的机会已经遥遥无期的。在整个1590年代，规模庞大的西班牙珍宝船队在护航舰只的保护下装运了比过去十年还要多三倍的白银。

在1590年。西班牙向布列塔尼派出一支规模相当大的力量来协助法国天主教联盟，将这里的英格兰和胡格诺教徒的军队赶走。然而，留住在布雷斯特的信奉新教英格兰军队和法国联军占领了克罗宗堡。

德雷克和霍金斯进行灾难性的1595-1596年西印度群岛远征，先后进攻了波多黎各和巴拿马均告失败。霍金斯和德雷克在远征期间也先后死于疾病，英国军队在这次严重的挫折中也损失惨重。而1595年康沃尔之战，在西班牙指挥官卡洛斯·德·阿梅斯基特率领的小船队袭击了英国的彭赞斯和周边几个村庄。

1596年6月初,又一支规模空前的远征船队出航（1596年加的斯远征）,仍采用股份制形式。这支远征队要实现什么目的呢?伊丽莎白女王的官方指示很明确。首先,女王估计西班牙远征队可能会在1597年5月前往爱尔兰援助那里的叛乱,因此,英国远征队的首要任务是尽最大努力在西班牙港口摧毁其船只和供应。此后,如果发现一个西班牙城镇防御不严,并且其财富还没有完全转移走,可以进行攻占,但不能以官兵的生命为代价。最后,如果方便,可以追捕西班牙武装商船。可以看出,女王首先考虑的仍是削弱西班牙的海军力量,保证国家安全。这一战略从根本上说是防御性的。但是,像以前一样,刚来到海上,指挥官们又开始自做主张。他们的首要目标是进攻加的斯港城。占领加的斯后,几乎所有官兵都忙于抢劫,女王的战略目的被抛在脑后。

1596年10月下旬,腓力二世乘英国海防空虚之机派出第二支无敌舰队进攻英国。但是,这支船队在比斯开湾遭到秋季飓风的袭击损失惨重。剩余船只被迫回到费罗尔港。英国又一次面临着1588年无敌舰队残余回到西班牙后的那种形势。像那时一样,伊丽莎白和财政大臣威廉·塞西尔把消灭其残余视为头等大事。塞西尔写到:“我认为没有任何事情比组织远征,消灭在费罗尔的西班牙军队更为必要。”到1597年夏,又一支英国远征队组成。关于这次远征的目的,女王6月15日的指示十分明确。首先是摧毁在费罗尔的西班牙舰队,这一目的一旦实现,“在一个相当长的时间内,我们就不必担心来自他的威胁”,如果费罗尔的舰队已经出航,埃塞克斯必须尾随其后,并最终消灭之。完成这一任务后,埃塞克斯可以去亚速尔群岛拦截来自美洲的运银船,但必须在冬季前回到英国。然而远征指挥官们仍把获取利润作为首要目的,直接驶向亚速尔。这次远征（埃塞克斯-罗利远征）失败后,伊丽莎白结束了官方参与的海上冒险活动。

与西班牙的战争给英格兰的经济重新带来了巨大的负担。尽管伊丽莎白使英国摆脱了玛丽一世留下的巨债，但从1590年代开始英格兰再次负债。尤其爱尔兰的游击战给英格兰的经济带来了巨大损失，它被称为“英格兰国库的漏斗”。伊丽莎白不得不出售国有地面以及官职。1603年英格兰的债务再次达到三百万英镑，与伊丽莎白统治开始时相差不多。不过詹姆斯一世后来在和平时期欠债的速度远超过伊丽莎白，而伊丽莎白留下的债务并不是无法控制的。

1594年爱尔兰爆发九年战争，在休·奥尼尔等人的领导下反抗英格兰人的统治，并有西班牙人支持，反衬了英国支持尼德兰叛乱。英国在爱尔兰以极大的人员和财政消耗遏制这些叛乱分子。仅爱尔兰战争就使英国耗费了200万英镑，英国财政已濒临崩溃在1603年与叛乱分子互相妥协签订条约结束战事。

1601年西班牙派遣第五支无敌舰队登陆爱尔兰，这次远征的目的是有限的，主要是协助当地爱尔兰叛军，随着时间的推移最终在金塞尔之围被英军击败。1602年英国与荷兰通过多佛海峡海战一度获取对英吉利海峡乃至欧洲西部海域的主导权并持续到战争结束。1601-1604年西班牙进行了人类史上较为残酷、血腥的奥斯坦德之围，经过三年的围攻，英荷联军最终投降，西班牙军队拿下了这座城堡，使英荷西三方都想结束战争，回到和平。1603年英格兰新君詹姆斯一世继位，他做的第一件事就是与西班牙国王腓力三世谈判结束战争。1604年8月7日在加的斯湾之战中，安东尼奥·奥肯指挥的西班牙舰船击败了英国的舰船。虽然战斗规模不大。但该战斗直接导致21天后英国与西葡帝国签订停战条约。

英西双方于1604年8月28日签署伦敦条约正式结束19年的英西战争。由于谈判地点发生在伦敦的萨默塞特府，所以有时也被称为萨默塞特府会议。

根据内容：

●西班牙放弃在英国恢复天主教

●英国停止在战时禁制西班牙跨越大西洋的船只来往和西班牙扩张殖民地的政策(条文6)

●英国运河开放给西班牙船只

●英国停止干涉荷兰的起义(条文4,5,7); 英国撤走给荷兰起义一方的军事上和财政上的支援

●两国的船只、商家或战船也可以使用对方的海港作整修、避风和整备(条文10)。少于8只船的船队更无需请求批淮。这大大扩展了西班牙和英国的海上网络，这为西班牙人提供了广泛的海军基地，以帮助他对付荷兰人

当时西班牙帝国的敌人并不止英国，面对着与英、法、荷的战争，而对方都有英勇善战的将领，处于破产的西班牙发现自身实力不及三者。西班牙为了脱离连串冲突的困局，在1598年与法国签订《韦尔万条约》，承认亨利四世（1593年开始成为天主教徒）为法国国王，并恢复卡托-康布雷齐和约中很多条款。英国在海上多次战败，而西班牙又支持天主教徒在爱尔兰不断进行游击战，遂于1604年签订《伦敦条约》，当时英国君主是较易相处的新君，斯图亚特王室的詹姆斯一世。

西班牙与英法修好，使西班牙可以集中精力，巩固其尼德兰行省的统治。当时荷兰领袖奥兰耶的威廉之子、拿骚的毛里茨。他也许是当代最有才略的军事家，在1590年以后夺取数个边境城市，包括布雷达要塞。西班牙与英国缔结和约后，其新任将领安布罗西奥·斯皮诺拉能力可与毛里茨相比，加紧进攻荷兰，却因为西班牙在1607年发生最后一次破产而未能成功。西班牙和联合省在1609年签署《十二年停战协定》，西班牙终于再次回到和平，史称西班牙和平（拉丁语：Pax Hispanica）。

停战期间，西班牙国力恢复良好，并稳定其财政。她成为下一场大型战争的主要角色前，积极恢复其威信。

战争中英国使用皇家海盗同西班牙争霸成了以后一百年的国策。必须指出的是，这个国策其实迟缓了英国建立海上帝国的脚步。当时以伊丽莎白王朝的重臣伯利男爵为代表的商人势力主张通过贸易实现海外扩张，而不是去劫掠别人的财富，可惜这些有识之士的声音淹没在英国上下急功近利的喧嚣之中。这一耽误就是一百年

这一百年里西班牙、葡萄牙继续他们的海外扩张，而独立不久的荷兰后来居上，超过西、葡、英国成为世界贸易大国，并在十七世纪中后期同英国发生三次争霸战争。荷兰虽然是小国，但却依靠强大的财力和英国打了一个平手，并几乎将英国拖垮，这才迫使英国深刻反思自己的战略失误。1688年英国爆发“光荣革命” ，来自荷兰的奥兰治亲王威廉三世登上英国王位，英、荷合流，英国才重新回到帝国事业的正轨上来，而此时距离英国击败无敌舰队已经整整一百年。