1861年，何文庆率领莲蓬党人加入了太平天国革命军，并成为太平军挺进浙东的先锋。在攻克宁波后，又奉命驻守镇海。在此期间，何文庆与外国侵略者进行了多次针锋相对的斗争。

1862年，在外有英法侵略者和国内反动势力的联合进攻，内有叛徒发难的情况下，何文庆只能率部弃城西撤。此后，何文庆带领着莲蓬党人一直转战在慈溪、绍兴一带，与外国侵略者激战70余仗，并击毙了侵略军头目华尔，重创了英法侵略者自夸的“常胜军”。到1863年，何文庆的两个儿子都已在“反清抗洋”的斗争中英勇牺牲，他本人也因年老体衰而病逝于军中。