北魏景明四年（503年），萧宝夤到达洛阳，跪伏在宫门之外，请求北魏出兵，讨伐梁朝（萧衍废掉南齐皇帝，建立梁朝），当夜恸哭至次日早晨，即使暴风大雨也不肯离去。这时，梁朝江州刺史陈伯之投降北魏，请求北魏出兵。于是，北魏宣武帝便召集八坐、门下等大臣商议此事。

四月，北魏任命萧宝夤为都督东扬等三州诸军事、镇东将军、扬州刺史、丹阳公、假齐王，驻守东城，又任命陈伯之为都督淮南诸军事、平南将军、江州刺史，驻守阳石（今安徽霍丘），并决定在秋冬时大举讨伐梁朝。萧宝夤接受北魏任命后，又获赐五百虎贲，并招募壮勇数千人，任命颜文智、华文荣等人为军主。萧宝夤性情雅正持重，受命南伐后，面对贵臣显要的托付，接对应答不失其理。

正始元年（504年），萧宝夤行至汝阴，因东城陷落，便屯驻在寿春的栖贤寺。这时，梁将姜庆真入侵北魏，围逼寿春，占据外城。萧宝夤身披甲胄，率部下出击，从四更一直战斗到申时，因兵少无援，只得退入金城。不久，萧宝夤又兵出相国东门，率军力战，才把梁军击退。七月，萧宝夤返回京师，被改封为梁郡公。

正始三年（506年），中山王元英率军南征，萧宝夤又请求随军出征，被任命为使持节、镇东将军，与元英屡破梁军，趁胜攻打钟离（今安徽省凤阳市）。

正始四年（507年），因为淮河泛滥，萧宝夤与元英狼狈退军，士卒死伤惨重。有司认为萧宝夤据守东桥不力，这才导致军败，请求处以极刑。宣武帝以萧宝夤“因难投诚”为由，免其一死，只将他罢官削爵。

永平四年（511年），卢昶攻克梁朝朐山戍，并留琅笽戍主傅文骥驻守。不久，梁武帝萧衍派军攻打傅文骥，卢昶督军救援。宣武帝元恪任命萧宝夤为使持节、假安南将军、别将，前去驰援朐山戍，并让他听从卢昶调遣。后来，卢昶大败，只有萧宝夤全师而回。

延昌元年（512年），萧宝夤担任安东将军、瀛州刺史，并恢复齐王爵位。延昌四年（515年），萧宝夤又改任抚军将军、冀州刺史。后来，沙门法庆作乱，自号大乘。萧宝夤率军讨伐，却屡次失败，在朝廷军队的帮助下，方才平定叛乱。不久，胡太后临朝听制，将萧宝夤征回京师。

后来，萧衍派将领康绚在浮山筑造堤堰，蓄积淮河水，准备灌淹扬州、徐州。萧宝夤出任使持节、都督东讨诸军事、镇东将军，率军讨伐康绚，不久又被封为梁郡公。熙平元年（516年），梁军浮山堰筑成，淮河泛滥，将要危及扬州、徐州。萧宝夤便在堤堰上游开凿新渠，将水引入淮泽，使得水势稍减。

不久，萧宝夤命轻车将军刘智文、虎威将军刘延宗夜渡淮河，烧毁梁军营寨，攻破三座堡垒，又斩杀梁朝直阁将军王升明。这时，梁军垣孟孙部、张僧副部率军渡河攻打统军吕叵。萧宝夤便命府司马元达、统军魏续年将其击退，进授左光禄大夫、殿中尚书。

后来，萧宝夤又派军主周恭叔攻入淮南，焚毁徐州刺史张豹子等十一座营寨，然后率军返回京师，被任命为使持节、散骑常侍、都督荆囗东洛三州诸军事、卫将军、荆州刺史。萧宝夤没有赴任，又被拜为殿中尚书。

萧宝夤在浮山堰时，梁武帝曾致信诱其归降，但他不为所动，一心只想报仇雪耻，恢复齐国，因此在回朝后屡次请求出镇边疆。神龟二年（519年），萧宝夤被任命为都督徐南兖二州诸军事、车骑将军、徐州刺史。他建起学馆，经常引见士族子弟，与他们讲论经义，又勤于政事，深受吏民爱戴。

正光二年（521年），萧宝夤被征拜为车骑大将军、尚书左仆射。

正光五年（524年），梁朝将领裴邃、虞鸿率军攻打扬州。萧宝夤又被任命为都督徐州东道诸军事，率众将征讨梁军。不久，扬州刺史长孙稚将梁军击退，并斩杀虞鸿。

这时，秦州莫折大提作乱，生擒太守李彦，自称秦王。不久，莫折大提去世，第四子莫折念生自称天子，设立百官，又派弟弟莫折天生出兵陇东。莫折天生攻陷岐州（今陕西凤翔），又进犯雍州，并屯兵于黑水。北魏对此非常忧虑，便任命萧宝夤为开府、西道行台、大都督，让他率部西征。

孝昌元年（525年），萧宝夤与大都督崔延伯大破莫折天生，一直追击到小陇，后因部下掠夺民财，坐失战机，使得陇中道路再次堵塞。不久，萧宝夤又征讨高平贼帅万俟丑奴。两军在安定交战，互有胜负。

孝昌二年（526年），天水人吕伯度背叛莫折念生，投降胡琛。胡琛任命吕伯度为大都督、假秦王，并给他提供兵马，让他攻打秦州。吕伯度屡次击破莫折念生，占据显亲县（今甘肃省秦安县），又勾结魏军，背叛胡琛。莫折念生迫于形势，只得投降萧宝夤。这时，朝廷封吕伯度为抚军将军、泾州刺史、平秦郡公，而大都督元修义则驻军陇口，不再西进。不久，莫折念生再次反叛，吕伯度也被万俟丑奴杀害，贼军势力更加强大，萧宝夤难以遏制。后来，萧宝夤被任命为侍中、骠骑大将军、仪同三司、尚书令，并代理大将军之职。

孝昌三年（527年），萧宝夤进封司空。这时，萧宝夤因出兵日久，军将疲惫，大败而回。他回到雍州后，停留在长安，收聚离散的兵马，不久被削职为民。四月，朝廷又起复萧宝夤为征西将军、雍州刺史、假车骑大将军、开府、西讨大都督，让他节度关西地区。后来，杜粲杀害莫折念生，投降萧宝夤，萧宝夤因功进封散骑常侍、车骑将军、尚书令。

当时，山东、关西等地叛乱不断，官军屡次败北，以致人心惶惶。萧宝夤因连年出军，耗费很大，害怕一旦兵败，会遭到猜忌降罪，心中不安。后来，朝廷任命御史中尉郦道元为关中大使。萧宝夤认为这是朝廷要算计自己，向柳楷询问对策。柳楷道：“大王是齐明帝的儿子，如今起兵，符合天意。歌谣也曾道：‘鸾生十子九子毈，一子不毈关中乱。’周武王有乱臣十人，乱就是理，大王应该管理关中，还有什么好疑虑的？”萧宝夤便暗中派部将郭子恢在阴盘驿杀死郦道元，谎称他是被叛军杀害。

不久，萧宝夤杀死南平王元仲冏，举兵反叛，自称大齐皇帝，改元隆绪，派郭子恢攻打潼关，又派张始荣围困华州（今陕西省华县）。后来，都督长史毛遐起兵讨伐萧宝夤，并将奉命征讨的大将军卢祖迁击杀。当时，萧宝夤正在南郊祭天，闻听卢祖迁被杀，来不及整顿队伍，便狼狈回城。

孝昌四年（528年），萧宝夤命侯终德讨伐毛遐。这时，郭子恢、张始荣先后被官军击败。侯终德军势大挫，便回军偷袭萧宝夤。侯终德行至白门时，萧宝夤方才察觉，出兵交战，兵败而回。萧宝夤无奈，只得与妻子南阳公主率百余人从后门逃走，渡过渭桥，投奔万俟丑奴，被任命为太傅。

永安三年（530年），都督尔朱天光派贺拔岳击败万俟丑奴，又追擒万俟丑奴与萧宝夤，将他们送到京师。孝庄帝将他们安置在阊阖门外的都街上，京师百姓都来观看，一共经历三日。吏部尚书李神俊、黄门侍郎高道穆都与萧宝夤有交情，便向孝庄帝求情，认为萧宝夤叛乱是前朝（孝明帝朝）之事，希望将他赦免。

这时，应诏王道习从外面进来，孝庄帝便问他听说了什么。王道习道：“只听说陛下不想杀死萧宝夤。”孝庄帝询问原因。王道习道：“人们都说：李尚书、高黄门与萧宝夤交情很好，而且都是近臣，必定能够保全萧宝夤的性命。”又道：“如果说萧宝夤叛乱是在前朝，可以宽恕。那么，他兵败之后成为万俟丑奴的太傅，难道不是在陛下当政之时吗？若不剪除贼臣，王法还能施加于谁呢！”孝庄帝便命人在太仆寺的驼牛署赐死萧宝夤。

萧宝夤临死时，李神俊提酒前来与他叙旧，看着他不觉流泪。萧宝夤则泰然自若，只是道：“我只是听从天意的安排而已，遗憾的是，没有尽到人臣的节操。”南阳公主带着家眷来与萧宝夤诀别，痛哭不止，极尽哀伤。萧宝夤到死，仍面不改色。

《南齐书·卷五十·列传第三十一》

《魏书·卷五十九·列传第四十七》

《南史·卷四十四·列传第三十四》

《北史·卷二十九·列传第十七》

宣武帝元恪：萧宝夤深识机运，归诚有道，冒险履屯，投命绛阙，微子、陈韩亦曷以过也。

魏收：萧宝夤虽少羁流，而志性雅重，过期犹绝酒肉，惨形悴色，蔬食粗衣，未尝嬉笑。② 宝夤初自黑水，终至平凉，与贼相对，数年攻击，贼亦惮之。关中保全，宝夤之力矣。刘昶猜疑惧祸，萧夤亡破之余，并潜骸窜影，委命上国。俱称晓了，咸当任遇，虽有枕戈之志，终无鞭墓之诚。昶诸子尫疏，丧其家业。宝夤背恩忘义，枭獍其心。此亦戎夷彯狡轻薄之常事也。天重其罪，鬼覆其门。至于母子兄弟还相歼灭，抑是积恶之义云。

王夫之：①借敌兵以讨贼者之亡人家国也，快一朝之忿而流祸无穷，诞实作俑，司马楚之、刘昶、萧宝寅相继以逞，而可许之为忠乎？国之将亡，惧内逼而逃之夷，自司马国璠兄弟始。楚之、休之相继以走归姚兴，刘昶、萧宝寅因以受王封于拓拔氏，日导之以南侵，于家为败类，于国为匪人，于物类为禽虫，偷视息于人闲，恣其忿戾以侥幸，分豺虎之余食，而犹自号曰忠孝，鬼神其赦之乎？

蔡东藩：萧宝夤避难奔魏，乞师魏阙，效申包胥秦庭之哭，似乎忠臣孝子之所为；然观后来之叛魏称帝，则无非借忠孝之名，觊一时之富贵耳。史称其伏阙终日，风雨不移，拜命前夕，恸哭达旦，过期尚悴色麄衣，未尝嬉笑者，皆伪态也。萧宝夤事魏已久，封王爵，拜尚书令，魏之待宝夤也，不为不优。即一再免官，亦由宝夤之丧师致罪，非魏之过事苛求也。况旋黜旋用，宠眷不衰，彼乃妄思称尊，构兵叛魏，其视杜洛周、葛荣、万俟丑奴辈，固不可同日语矣。杜葛等未受魏恩，揭竿为乱，史笔不得谓之非贼，况宝夤乎！

北魏朝廷将南阳长公主赐给萧宝夤为妻，并赏给夫妻二人一千匹丝绸。南阳长公主很有妇德，尽心尽力地伺候萧宝夤，以至于萧宝夤每次进屋的时候，南阳长公主都要站起身来迎接他。自从嫁给萧宝夤后，除非公主的母亲生了重病，否则公主从不回宫探望母亲。

《全后魏文》收录有其文四篇：《考功表》、《论萧正德来降表》、《奏不许陈仲儒再造乐器》、《陈兵事启》

萧鸾，齐明帝。

刘惠瑞，南齐明敬皇后。

兄长

萧宝义，巴陵郡王。

萧宝卷，南齐皇帝，废为东昏侯。

萧宝玄，江夏郡王

萧宝源，庐陵郡王。

弟弟

（早夭）

萧宝融，南齐和帝。

萧宝攸，邵陵郡王。

萧宝嵩，晋熙郡王。

萧宝贞，桂阳郡王。

山阴公主，嫁枝江县公徐孝嗣三子徐况。

南阳公主，北魏孝文帝之女，屡次责骂幼子萧凯之妻长孙氏，被萧凯弑杀。

萧烈，娶建德公主，拜驸马都尉，与萧宝夤一同被赐死。

萧权，被弟弟萧凯失手射死。

萧凯，在妻子长孙氏的唆使下弑杀母亲，被车裂。