1937年8月13日，淞沪会战爆发。3个月后，上海失守。日军随后分兵三路，直逼南京。国民政府为求长期抗战，一方面迁都重庆，另一方面调集兵力保卫南京。11月20日，南京卫戍司令长官部成立，唐生智出任南京卫戍司令长官，命萧山令代理首都警察厅厅长、南京市市长、警备司令、防空司令，指挥宪兵第2团、第5团、第10团等部。

1937年12月，在南京保卫战中殉国。

1937年7月，抗日战争全面爆发。同年11月，位于上海的中国军队全线西撤，而日军上海派遣军和第10军尾随追击，并有续攻当时的中国首都——南京之势。在此危急时刻，军事委员会命唐生智组建首都卫戍总司令部，统辖南京各部部署防御。由于时任宪兵司令的谷正伦在武汉就医，副司令张镇主管部队无管理机构的经验，于是，由谷氏举荐，提拔萧山令升任副司令仍兼参谋长，负责位于南京的宪兵司令部日常事宜。当日军五个师团逼近南京之际，谷正伦又将自己兼任的首都防空司令、首都警察厅长等职也都交由萧山令代理，甚至连南京市市长一职都由他暂时署理。这么一来，萧山令身兼多项军政要职，俨然一人之下、万人之上的感觉。但对于萧山令来说，他对这些临时增加的殊荣并无一丝喜悦，因为他正在考虑如何有效组织起位于南京的宪兵部队和警察来阻挡日军的侵略。

12月7日，经过再三考虑的萧山令，终于确定在南京参与防守的宪兵部队。他命宪兵第2团、宪兵教导团、宪兵特务营以及宪兵第5团一个营担负清凉山的守备任务，由宪兵第2团团长罗友胜为守备队长；宪兵第10团担负明故宫的守备任务，由宪兵第10团团长陈烈林为守备队长。以上是对于宪兵的安排，而对于警察，萧山令的部署是命保安警察第1大队第3中队协防太平门，第2中队和第4中队协防中山门、紫金山，保安警察第2大队第6中队协防金川门，第7中队协防中央门，保安警察第3大队第8中队协防飞机场、光华门，第9中队协防通济门，其余各部分守水西门、汉中门、三汉河和燕子矶；至于各警察局所属的警察大队，除第7局守下关、第8局守浦口，其余各局分布在清凉山及各城关内线，水上警察则在长江游戈。

从12月9日开始，日军各师团分别进抵南京城东和城南，并陆续对城防部队发起猛烈进攻，萧山令于此时坐镇宪兵司令部调配所属宪兵和警察配合陆军作战。如当天光华门告急，萧山令即抽调位于清凉山的宪兵一个营前往增援。10日，又抽调明故宫的一个营前往中山门增援。为鼓舞所部士气，萧山令不顾日军炮火的猛烈轰炸，多次登上城头视察，并不断要求各守备地区的部队长坚守岗位、与城共存亡。

宪警各部苦战至12日，伤亡十分巨大，而就在萧山令再次鼓励各部要坚持到最后一刻并开始在城内构筑防御工事准备巷战的时候，首都卫戍总司令部在当天下午4时向宪兵司令部下达了“向花旗营集结待命”的命令。萧山令判断，唐生智此举可能是准备命令守城部队开始突围，考虑到宪兵组织严密，且有一定军事素养，而警察在撤退时不一定能够像军队一样稳定，于是他决定将宪兵部队统一交由宪兵第2团团长罗友胜指挥，执行卫戍总司令部的命令，自己则与警察厅副厅长方超等人将位于南京各处的警察收拢起来向下关前进，准备在那里坐船渡江。

由于当时的陆军部队也在不断向下关集中，使得各路部队的撤退十分混乱。而原计划定于12日晚上10时抵达下关的萧山令在此情况下，直到13日凌晨才抵达。此时江边情况已经无法控制，各路溃兵争先恐后地抢夺船只和可漂浮于水面的木板渡江。有的船因超载而沉没，更多的士兵则由于不习水性而溺亡于江中。萧山令见此情况痛心疾首，又心急万分，他一方面稳定警察的军心，一方面寻找一切可利用渡江的船只和木材，但警察的渡江十分缓慢，最后仅副厅长方超率领的300余人成功抵达对岸。

13日下午1时30分，日军第十六师团（师团长中岛今朝吾）、第30旅团（旅团长佐佐木到一）、第33联队（联队长野田谦吾）已经通过南京城攻至下关，这些日军见到中国军队正在抢渡过江，并没有组织起有效的反击，随即展开进攻，并不断射击位于江中的中国士兵。

此时，仍然没有渡江的萧山令急忙组织身边可以听命的官兵开始反击，以争取更多的中国官兵能够渡过长江。在萧山令的指挥下，一些原本盲目寻找渡江工具的士兵也逐渐加入到反击的队伍中。但这些官兵的反击十分有限，而日军第33联队的主力正源源不断地抵达，并将反击的中国军队逐渐压制。与此同时，下关对岸的浦口也遭到了日军国崎支队（由第9旅团主力组成）的进攻，使位于下关的中国军队更加难以抵达对岸。眼见下关军队求生无望，当面的日军又无法击退，已经多处负伤的萧山令自知无法幸免，为了不被日军俘虏后受到凌辱，他在愤恨之余举起手枪自杀殉国。

1984年7月6日，湖南省人民政府追认萧山令为革命烈士。

2014年，萧山令入选第一批著名抗日英烈和英雄群体名录。