萧灼基长期研究宏观经济问题，主要研究方向是经济体制改革的理论问题和《资本论》。1981年，萧灼基在《北京大学学报》上发表的《关于改革经济管理体制的若干设想》一文中，首次提出并系统论证了国有企业所有权和使用权（经营权）“两权分离”的改革设想，为推动国企改革提供了理论指导。他的“价格运行弹性论”“公有制与市场经济兼容论”“证券市场与社会主义适应论”等理论在学术界和经济实践中产生了重大影响。他提出“重新认识社会主义”，指出“生产资料所有制是经济体制改革的关键”、“在商品经济下要率先强化市场经济作用”等观点。

截至2017年11月，萧灼基已出版专著15部，在《北京大学学报》《经济研究》《经济科学》《人民日报》《联合早报》等中国国内外报刊发表论文数百篇。其主要著作有《萧灼基选集》《萧灼基文集》《中国经济热点问题研究》《中国宏观经济纵论》《社会主义再生产理论研究》《提高经济效益，实现宏伟战略目标》《中国经济建设与体制改革》《马克思传》《恩格斯传》《马克思青年时代》《我国经济体制改革与经济建设》《马克思恩格斯著作中的历史人物》，还主编《中国证券全书》(500万字)《中国经济概论》《哲学社会科学名人名著辞典》《中国证券市场1991、1992》、1994年—2007年的《中国经济分析与预测》等。

萧灼基坚持“真理无国界，科学无禁区，探索无止境，争鸣无尊卑”，认为创新是研究的灵魂，鼓励学生独立思考并勇于提出新的理论和观点。

萧灼基身体力行“经济学家必须贴近实践”的诺言，常年带领学生深入农村、工厂、科研单位等生产劳动一线考察，与当地工人、群众、领导干部交流意见。

截至2017年11月，萧灼基指导了博士后10多人，博士30多人，硕士50多人。萧灼基所培养和指导的许多学生在政、产、学、研各界都有突出表现，成为改革开放和经济建设各条战线的栋梁之才。如北京大学经济学院院长孙祁祥等。

2003年政协第十届一次会议上，萧灼基发表了题为《加大财政支农力度提高农民收入水平》的发言，提出大幅减免农业税，免费供应农村初中和小学生教科书、练习本和其他文化体育用品。三年之后，在中国延续了千年的农业税被废除，得到了亿万人民群众的高度赞誉。

萧灼基先生对马克思主义的研究既是矢志不渝的，也是与时俱进的。萧灼基先生为北京大学争得了荣光，为中国经济学界赢得了自豪。萧灼基先生始终坚持用马克思主义的立场、观点和方法研究发展变革中的经济社会问题，为马克思主义经济学的发展做出了特殊贡献。萧灼基为改革开放做出了前瞻性的理论贡献，他拥护改革开放，积极投身时代洪流、贡献才智和力量，是中国最早研究和主张商品经济、市场经济的专家之一，堪称市场经济理论的主要旗手。萧灼基为市场经济与资本市场的发展做出了重要理论贡献，他对中国证券市场的研究鞭辟入里，对股市的真知灼见令众多海内外学者叹服，被誉为“萧股市”。他对经济发展形势见解独到，被称为“燕园里的中国经济预测家”。萧灼基为中国经济领域人才培养和学术繁荣做出了不可磨灭的贡献，他始终热爱党和国家的教育事业，在经济金融领域辛勤耕耘，教书育人，桃李遍布天下。他思想开明，一身正气，他对学生的成长与发展倾注了无限的热情与心血，春风化雨，金针度人，提携后进，深受广大学生爱戴。他心系家国天下，是中国优秀知识分子的代表。他秉承“经世济民”的北大经院百年传统，抱有对党、国家和人民的赤子情怀，“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”，心系家国，鞠躬尽瘁。无论面对人生中的挫折还是辉煌，他都豁达淡然，胸怀坦荡。他是学术大师，改革的理论先锋，杰出的马克思主义理论大家和教育家；他是妻子眼里的好丈夫，儿女心中的好父亲，学生们永远的好师长。（网易财经评）

“心倾马恩高节懋德垂遗范，思忧天下雄文典论仰先驱”。（北京大学经济学院全体师生敬献的挽联评）

1992年10月，萧灼基作为大陆首位访问台湾的经济学教授，迈出了两岸经济学术交流破冰之旅的第一步，在社会上引起巨大反响。

萧灼基先生逝世后，习近平、李克强、张德江、俞正声、张高丽、栗战书、汪洋、王晨、刘延东、李源潮、陈希、胡锦涛、朱镕基、温家宝、李岚清、李长春、吴官正、尤权、杜青林、陈昌智、马培华、王刚、王光英、张榕明等通过各种形式对萧灼基先生逝世表示哀悼并向其亲属表示深切慰问。萧灼基先生病重期间，李克强、赵乐际、李源潮、温家宝、贾庆林等对他的病情十分关心。