葛洪继承并改造了早期道教的神仙理论，在《抱朴子内篇》中，他不仅全面总结了晋以前的神仙理论，并系统地总结了晋以前的神仙方术，包括守一、行气、导引和房中术等；同时又将神仙方术与儒家的纲常名教相结合，强调“欲求仙者，要当以忠孝和顺仁信为本。若德行不修，而但务方术，皆不得长生也”。并把这种纲常名教与道教的戒律融为一体，要求信徒严格遵守。他说：“览诸道戒，无不云欲求长生者，必欲积善立功，慈心于物，恕己及人，仁逮昆虫，乐人之吉，愍人之苦，赒人之急，救人之穷，手不伤生，口不劝祸，见人之得如己之得，见人之失如己之失，不自贵，不自誉，不嫉妬胜己，不佞谄阴贼，如此乃为有德，受福于天，所作必成，求仙可冀也。”葛洪主张神仙养生为内，儒术应世为外。

葛洪在《抱朴子外篇》中专论人间得失，世事臧否。他主张治乱世应用重刑，提倡严刑峻法，匡时佐世；对儒、墨、名、法诸家兼收并蓄，尊君为天；不满于魏、晋清谈，主张文章、德行并重，立言当有助于教化。

葛洪精晓医学和药物学，主张道士兼修医术。“古之初为道者，莫不兼修医术，以救近祸焉”，他认为修道者如不兼习医术，一旦“病痛及己”，便“无以攻疗”，不仅不能长生成仙，甚至连自己的性命也难保住。

葛洪在《抱朴子内篇·仙药》中对许多药用植物的形态特征、生长习性、主要产地、入药部分及治病作用等，均作了详细的记载和说明，对我国后世医药学的发展产生了很大的影响。

葛洪的医学著作《肘后备急方》，书名的意思是可以常常备在肘后（带在身边）的应急书，是应当随身常备的实用书籍。书中收集了大量救急用的方子，都是他在行医、游历的过程中收集和筛选出来的。葛洪特地挑选了一些比较容易弄到的药物，即使必须花钱买也便宜，改变了之前的救急药方不易懂、药物难找、价钱昂贵的弊病。我国药学家屠呦呦获得2015年诺贝尔医学奖的青蒿素发明，就受到《肘后备急方》的启发。

葛洪尤其强调灸法的使用，他用浅显易懂的语言，清晰明确的注明了各种灸的使用方法，只要弄清灸的分寸，不懂得针灸的人也能使用。

葛洪在坚信炼制和服食金丹可得长生成仙的思想指导下，长期从事炼丹实验，在其炼丹实践中，积累了丰富的经验，认识了物质的某些特征及其化学反应。这也是现代化学的先声。

他在《抱朴子内篇》中的《金丹》和《黄白》篇中，系统地总结了晋以前的炼丹成就，具体地介绍了一些炼丹方法，记载了大量的古代丹经和丹法，勾画了中国古代炼丹的历史梗概，也为我们提供了原始实验化学的珍贵资料，对隋唐炼丹术的发展具有重大影响，为炼丹史上一位承前启后的著名炼丹家。

葛洪在炼制水银的过程中，发现了化学反应的可逆性。他指出，对丹砂（硫化汞）加热，可以炼出水银，而水银和硫磺化合，又能变成丹砂。他还指出，用四氧化三铅可以炼得铅，铅也能炼成四氧化三铅。在葛洪的著作中，还记载了雌黄 （三硫化二砷）和雄黄（五硫化二砷）加热后升华，直接成为结晶的现象。