更新时间：2023-12-28 20:35
大治3年7月13日（1128年8月14日）藤原清衡去世。次年大治4年（1129年），史料记载了藤原基衡与其异母兄惟常等兄弟之间的纷争。基衡进攻惟常的“国馆”（府邸），难以忍受异母弟压迫的惟常乘着小船带着包括孩子在内的20多人逃出，想要逃往越后国同与基衡对立的其他弟弟进行反击，基衡派兵由陆路追赶，最终赶上了惟常。据说当时风向反转使惟常的船只被吹回出发地。基衡随后将惟常父子斩首。
当时，惟常被称为“小馆”（少主），拥有自己的府邸，与之相对，基衡被称为“御曹司”（公子哥），和清衡住在一起。而今，“御曹司”一词的表示继承者的意义很强，但当时是“住在那里的人”或“寄居”的意思。后来源义经也被称为“御曹司”，意思是“住在那里的人”或“居候”。从这个观点来说，正当的家督继承人是惟常，基衡是篡夺者。另外，由于当时的日本并未明确嫡长子继承制，所以这样的事态很自然地发生了。
关于内乱的背景，首先考虑的是，以清原氏的女儿为母亲的惟常的家臣团，和以安倍氏女儿为母亲的基衡的家臣团之间发生了小冲突。另外，由于各个家臣团的独立性非常强，因此基衡成为奥州藤原氏家主后确立了对家主的权力强化，并由此开始对家臣团进行统制。在这个过程中，支持基衡的是以佐藤基治和他的儿子继信、忠信为代表的信夫佐藤氏。
康治元年（1142年），藤原师纲作为陆奥守赴任，当时的陆奥国处于“基衡霸占一国，国司威严扫地。”（引自《古事谈》）的状态，藤原师纲准备遵朝廷旨意对信夫郡实施公田检调，基衡命令信夫佐藤氏一族、地头大庄司季春（佐藤季春或季治）来妨碍公务，事态之大以至于引起战斗。震怒的师纲一面重整军容排兵布阵，一面以违背宣旨为罪名弹劾基衡。季春（季治）经过审议后被处刑。基衡向师纲献上一万两砂金，想要免除季春（季治）的处罚，但是师纲拒绝了。
藤原基衡受到了惩罚，次年康治2年（1143年），基衡与新任陆奥守、上皇近臣藤原基成联姻，基成把女儿嫁给基衡的嫡子藤原秀衡。通过与基成的结合，基衡对国府也产生了影响，与上皇也有了联系。
另外，左大臣藤原赖长要求在摄关家庄园12庄中，增加自己管辖的出羽游佐庄、屋代庄、大曾根庄、陆奥本吉庄、高鞍庄的年贡额。这个年贡增微问题需要争执5年以上，基衡顽强地与之交涉，在仁平3年（1153年）以大幅度低于要求量的年贡增征达成协议。此事让赖长后悔不已。据此可知，奥羽的摄关家庄园是奥州藤原氏作为庄官管理的。
从久安6年（1150年）到久寿3年（1156年），藤原基衡在毛越寺建立了大规模的伽蓝。以金堂圆隆寺和广大的净土庭园为中心，伽蓝一个接一个地被建立起来。基衡的妻子建立了观自在王院。建立毛越寺时的奢华礼品耸动了都市人的耳目，其样子在《吾妻镜》中被称为“灵场的庄严真是我朝无双。”。
关于毛越寺本尊的建造，流传着当时奥州藤原氏的财力可见一斑的逸闻。当时的毛越寺的本尊是根据基衡的委托由都内的佛师云庆制作的，作为谢礼，基衡发送了一百两金子以及丝绸、奥州马、虾夷岛（北海道）海豹皮等大量物品。同时又另将一些生绢装在三艘船上送过去，云庆非常高兴，开玩笑说“如果是练绢的话就更好了”，听了这话的基衡非常后悔，于是又将新的练绢装在了三只船上送过去。
保元2年（1157年）3月19日，藤原基衡去世，《吾妻镜》中记载了关于死亡的“夭亡”一词。家督由嫡子秀衡继承，但《吾妻镜》没有记录基衡继承家督时的内乱。
在藤原清衡的正室名单里可以清楚地看到“北方平氏”的名字。但是，这个女性在被迎为的正室的时候，被认为是20多岁的人，基衡的生母也被认为是安倍氏女，或者信夫佐藤氏女。清衡的前妻在清衡死后上洛，与都城的检非违使源义成再婚，追随各处，献上珍宝，上奏清衡二子内斗，引起都人不快。据推测，这位女性当时被认为是30多岁的北方平氏，与基衡反目，与继承人之争相关联而在平泉被追杀。
基衡的遗骸成为“木乃伊”，与父亲清衡、儿子秀衡一起被收纳在中尊寺金色堂内。据说是新扩建佛龛后缴纳的。1950年（昭和25年）进行了一次遗体学术调查，根据1994年7月中尊寺出版的《中尊寺遗体学术调查最终报告》，基衡是血型A型，身高是三代中最高，有167cm。长着又粗又短的脖子，福气的脸。身体发达，胸部宽，肩膀宽，腰下比较小。肥胖体质导致牙齿上有钾、牙槽脓漏。右侧上下肢出现轻度骨萎缩，右半身瘫痪，确认脑压力上升，报告称因脑出血、脑血栓、脑肿瘤等原因猝死。他是三代中最得天独厚的身材。遗体被镀金，在锦内粘贴的木棺中与念珠、刀等殉葬品一起收纳，除了双脚尖以外几乎完全木乃伊化。死亡年龄为50多岁、50多岁-60岁，或54岁-55岁、55岁-60岁、60岁多种说法。
祖父：藤原经清
父亲：藤原清衡
母亲：北方平氏（不确定）
兄弟：藤原惟常（家清）
藤原正衡
藤原清纲
姊妹：佐竹昌义之妻
妻子：安倍宗任之女
儿子：藤原秀衡
十三秀荣
樋爪俊衡
德姬（岩城则道之妻）