更新时间：2023-12-30 08:22
藤原清衡出生于陆奥国（后来的磐城国）亘理郡，父亲是当地豪族藤原经清，母亲是统治陆奥国奥六郡的囚徒长安倍赖时的女儿有加一乃末陪，幼名不详（《炎立》称为清丸）。另外，藤原经清是藤原北家鱼名流的藤原秀乡（表藤太）的子孙，在1047年（永承2年）记录了藤原氏交名的《造兴福寺记》中，记载了“经清六奥”（六奥是陆奥之意）的名字，似乎也承认了这一点。
藤原经清在前九年之役中反叛源赖义，支持安倍氏。在厨川之战战败后，与安倍氏一族一同被处死。这时清衡七岁。因为是敌将的嫡子，本来注定也要被处死，但是其母有加一乃末陪却改嫁于灭亡安倍氏的敌将清原武则的长子清原武贞，清衡也成为清原武贞的养子，侥幸逃过一劫。
清原家除清衡外，还有武贞的嫡子清原真衡、武贞和有加一乃末陪的儿子、清衡的同母异父弟清原家衡，还有清原武则的表兄弟兼女婿吉彦秀武等人，清原家血脉复杂，以至于稍稍有点血腥之处，一族之间就容易发生内部纠纷。
永保3年（1083年），秀武反叛真衡，清衡、家衡与秀武一道起兵。清衡、家衡趁着真衡前往出羽国攻打秀武之际攻击了真衡的据点。但是源氏栋梁、陆奥守源义家支援真衡，攻打了清衡、家衡，清衡、家衡大败而逃，投降了义家。然而，因为前往出羽的真衡在不久后突然死亡（传为源义家派人刺杀），清衡和家衡在义家的裁定下分割继承清原氏的领地。家衡对这个裁定不满，于应德3年（1086年）袭击了清衡的住宅，将其妻儿眷属全部杀光。清衡逃难后向源义家寻求帮助，与逃难的同母弟刈田经元联合源义家一起讨伐了家衡，此战史称“后三年之役”。
后三年之役被视为清原氏的家族内斗，因此没有任何恩赏，清衡也没有被授予官位，但作为家族最后的幸存者，他成为了领有奥六郡的大豪族，时值宽治元年（1087年），清衡时年32岁。之后不久，他又恢复父姓藤原，成为奥州藤原氏的祖先。
清衡在江刺郡丰田馆建立了大本营，以谋求扩大势力。宽治5年（1091年）他又向关白藤原师实进贡马匹，与京都的藤原氏本家加深了友谊。另外他还代缴了柴田郡的大高山神社、刈田郡刈田岭神社的年贡金，确立了其奥羽统治者的地位。
另一方面，宽治6年（1092年）6月，在陆奥守藤原基家的解文中，清衡被怀疑有开战的企图。第二年宽治7年（1093年），在清衡势力圈的出羽国发生了平师妙和平师季父子袭击出羽国府秋田城的叛乱。叛乱在宽治8年（1094年）被陆奥守源义纲镇压，但与清衡的关系却并不清楚。另外，清衡在这前后被推定为陆奥的领使（也有人认为任押领使是宽治3年）。
嘉保年间（1094年-1095年），清衡移居磐井郡平泉，开始建设政治文化中心城市。1108年开始建造中尊寺，形成了壮大的中世纪都市平泉的原型，奠定了奥州藤原氏四代百年荣华的基础。另外，清衡还同宋朝联系，开始了北方贸易。
被金银螺钿镶嵌的中尊寺金色堂落成的第二年（大治3年），藤原清衡去世，享年73岁。在作为中尊寺供养申请文而广为人知的文书中，清衡将自己表现为“东夷的远酋”“俘虏的上头”。
考古学家调查了金色堂里收藏的奥州藤原氏四代家主的遗体（其中藤原泰衡的是头颅）后发现，清衡血型为AB型，到曾孙的泰衡为止，四代直系没有矛盾。清衡的脸颧骨比较短，鼻梁通畅。身高159cm，手形纤细。四肢肌肉发达。体型很瘦。X光检查显示，清衡左半身出现明显的骨萎缩，是脑出血、脑血栓、脑肿瘤等引起的半身不遂。据推测，发病时期应该是清衡病情好转时妻子进行笔录纳经的1117年-1119年左右。死亡年龄从牙齿的状态来看是70岁以上，与史料的年龄没有矛盾。
据《瑞宝山慈恩寺伽蓝记》记载，天仁元年（1108年），根据鸟羽天皇（当时已经退位为上皇）的院宣，藤原基衡重建了出羽国最上郡（现山形县寒河江市）的慈恩寺。新修建了阿弥陀堂（常行堂）、释迦堂（一切经堂）、丈六堂，将鸟羽院赐予的阿弥陀佛三尊安置在阿弥陀堂，将释迦三尊赐予的佛经五千余卷安置在释迦堂，将基衡供奉的丈六尺的释迦像安放在丈六堂。但是，藤原基衡出生于1100年左右，所以实际上是清衡复建的，或是复建年份有错误。
《炎立》（NHK大河剧，1993年-1994年，出演：村上弘明）
清衡的妻子在史料上称作“北方平氏”。“北方平氏”被认为是正妻。但是其出身却不甚明了，有清衡父亲经清的母系平国妙的亲戚、越后城氏、海道平氏岩城氏、常陆大稜氏、都平氏等各种各样的说法，但都缺乏决定性的因素。
从《藏青纸金银字交书一切经大品经卷二十二》的奥书来看，元永2年（1119年）时，清衡有6男3女。
另外，有一种说法认为，在《中右记》中看到的“兵卫尉清衡”、“平清衡”是藤原清衡的别名，在宽治、康和年间，他以妻子的姓“平”在京任职。
父亲：藤原经清
养父：清原武贞
母亲：有加一乃末陪（安倍赖时的女儿）
义兄：清原真衡
同母异父弟：清原家衡
正室：清原氏（清原武贞的女儿，存疑）
继室：清原氏
长子：藤原惟常（藤原基衡的异母哥哥。别名小馆惟常。）
继室：信夫佐藤的女儿
继室：北方平氏
次子：藤原基衡（在与异母哥哥惟常的继承之争中胜出，继承了藤原氏。）
三子：藤原正衡（别名小馆三郎正衡）
四子：藤原清纲（别名亘理权十郎，或樋爪俊衡。）
女儿：佐竹昌义之妻