在仁寿三年（853年），藤原明子为女御，赐从三位。天安二年(858年)叙从一位。其子清和天皇即位后，尊为皇太夫人，贞观六年（864年）晋皇太后。贞观八年（866年），迁居甫落成之常宁殿。贞观十年（868年）冬，皇太后藤原明子四十岁，遣敕使前往京城、平城等地区各四十间寺院布施功德，又在常宁殿赐宴皇族公卿、于朱雀门外布施贫民。贞观十四年（872年），迁居染殿宫，从此世称染殿后（そめどのの きさき）。贞观十六年（874年）春，迁居职院。元庆二年（878年）冬，藤原明子五十岁，清和上皇遣五十名僧侣于清和院开讲法华经。元庆六年（882年）正月，阳成天皇尊藤原明子为太皇太后。仁和元年（885年）二月，太皇太后藤原明子向光孝天皇请减女官，但不为光孝天皇所从。昌泰三年（900年）五月，太皇太后藤原明子逝世，享年七十二岁，葬于爱宕郡白河山陵。藤原明子一生历经文德天皇、清和天皇、阳成天皇、光孝天皇、宇多天皇、醍醐天皇等六代天皇治世，最后以72岁的年龄逝世，在当时算是相当长寿。