1895年东京大学文科汉语专业毕业后，在早稻田大学、东洋大学执教。1896年与人合办东亚学院，同时创刊《江湖文学》。1897年《江湖文学》停刊，遂发行《支那文学史》《先秦文学》。后著有《支那文学大纲》。同年应清朝人罗振玉所办上海农学报馆之聘，赴上海于《回报》杂志执笔。

1898年与罗振玉共谋，于上海创办东文学社，向中国学生教授日文，同时翻译日本出版的有关中国新书。1900年藤田丰八与王季烈合译日本的《物理学》一书，是中国第一本系统介绍物理学的专书。1904年受中国两广总督岑春煊聘请，任教育顾问。1905年应江苏巡抚端方聘请赴苏州创设寻常师范学堂，从日本国内招聘教师任教。因在中国教育界的活动，清政府授与三等双龙宝星。1908年任北京大学农学院教习。他通过教授课程、编辑杂志、翻译书籍及参与教育改革，为我国引入和传播西方农学、物理学及教育管理模式做出了一定的贡献，对推动中国教育近代化和农业近代化发挥了一定的作用，此间整理出版敦煌石窟发掘的《慧超往五天竺国传节略本残简笺》和《汪大渊‘岛夷志略’校注》二著,确立了在日本东洋史学界的地位。