蜥鸟亚纲的提出目的旨在包含始祖鸟并将其与其它已知鸟类区分。Ernst Haeckel将其它鸟类分入姊妹群扇尾亚纲（Ornithurae，意为“鸟的尾部”）。Haeckel在命名中参照的区别是始祖鸟拥有一条长的爬行动物式尾巴，而他所知的所有其他鸟类都是短尾，尾椎数目很少，末端融合成尾综骨。这个分类单元再无其它参照，并且当汉斯·弗里德里希·加德（Hans Friedrich Gadow）于1893年依据基本相同的化石建立古鸟亚纲（Archaeornithes）时，古鸟亚纲成为了早期类似爬行动的鸟类的通用名称。

季强和拉里·马丁（Larry Martin）继续将蜥鸟亚纲视为有效的自然类群。然而，Jacques Gauthier（2001）和Julia Clarke（2002）等研究者发现，海克尔时代之后发现的化石已经弥合了长尾与短尾鸟类之间的差距。这使得任何针对长尾鸟类建立的类群都必须排除它们的部分后代，使蜥鸟亚纲成为了一个并系群。因此，在现时的系统发育命名体系下，蜥鸟亚纲是一个无效的类群。