时经济特科分两次考试，先考策论时事，袁嘉谷将自己平生所学、平日思考的结论，铺陈为文，写了一篇《防民犹防川论》，全文5千余字，见解精辟，文理流畅，又是一手王欧合流的好字，深得考官赏识。榜发下来，袁嘉谷名列一等一名俗谓中了状元，这是光绪二十九年（公元1904年(甲辰年)）的事。

光绪东华录卷四载：“阅邸钞，有旨开经济特科，十年一举。或二十年一举，目分六条，一曰内政、二曰外交、三曰理财、四曰经济武、五曰致格、六曰考工。”

辛亥革命成功，清廷灭亡，不少自视为清朝遗老的人自尽以效忠，而身为清廷大员的云南状元袁嘉谷却顺应潮流，不行愚忠之举，有人曾诘难他：“张公（袁的岳父张竹轩以自尽效忠清廷）以广文小官而殉清，公身为显宦大员，既未殉清，又表彰殉清者，岂不自污？” 袁嘉谷回答说：“人各行其心之所安”。此后，袁嘉谷自甘寂寞，隐居乡里，埋头著述。

1903年，清政府进行了历史上惟一一次废除科举后的经济特科考试。据了解，经济特科的考试与一般科举考试不同，它不以八股见长，而是以经世济民、治理国家的方策为主，更注重学以致用。特科考试，整个清朝只有过三次（另两次为博学鸿词科），此次应考的还有已经获得状元身份的人，所以经济特元的地位，应高于普通的状元。

出人意料的是，在全国应试的306人中，云南石屏人袁嘉谷得经济特科一等第一名，大魁天下，是为“经济特元”，弥补了“云南不点状元”的空白。清代先后开博学鸿词二次、经济特科一次，因此袁嘉谷被赞为“国朝第三人”、民间称袁嘉谷为“独一无二的状元”。

消息传到云南，昆明人将拓东路上的聚魁楼改名为状元楼，滇督魏午庄书“大魁天下”致贺。1999年，袁嘉谷的故乡石屏县按昆明状元楼的样子重修状元楼，以资纪念。

在云南，袁嘉谷便是历史上的状元了，消息传来，四方轰动，在昆明建了一座“聚奎楼”、由总督魏午庄手书“大魁天下”一匾高悬楼上，老百姓则只叫它“状元楼”。袁嘉谷回云南登状元楼时，值电影兴起，还拍了一个纪录片为存念。 袁嘉谷中状元之后，先任京官，入翰林院任编修、协修等 。

袁嘉谷是中小教育史上负责编写中小学教科书的第一人，通用的“星期”、“乐歌”等名词，还是当时由袁嘉谷新订的。

1917年，他居家卖字自给。袁中状元后，书名倍增，求书者远至北京、浙江、日本。袁虽名为“卖字”，但为人豁达，只要有人来索，无论长幼贵贱，均认真挥毫，以礼相赠。 昆明的翠湖、大观楼、西山、黑龙潭等名胜风景区，都留有袁嘉谷的书法墨迹。

1921年，袁嘉谷任云南省立图书馆馆长。晚年，他结庐翠湖，自辟一园，名“树园”，堆土为山，名“金钟山”，盖一小亭，名“课经亭”，又种些花草菜蔬以赏心悦目。并以“园愈狭，心愈惬；园愈隘，身愈泰”自慰自勉。他用晚年光阴，搜集、整理云南地方文献。当时大滇池南岸的昆阳月山，发现了一块《马哈只碑》，经他鉴定是明代航海家郑和为其父在故乡树立的墓碑。《明史》记载郑和是云南人，但不知道生在云南何地，经他此番考证，作了碑跋并倡议地方政府建亭保护，世人才知道郑和的故乡，知道云南产生过这样一个伟大的航海家。

1922年，云南第一所大学_私立东陆大学（即今云南大学前身）成立，次年袁嘉谷应聘担任国文教授。袁嘉谷本属重金聘请对象，但他得知大学经费颇紧，坚辞不受聘金，反捐款千元作为办学资金。直到8年之后（1931年），东陆大学由私立改为省立，他才开始领薪。 袁嘉谷博学，且平易近人，在东陆大学声誉甚高。他每周讲两节国文课，教室设在至公堂，每节课总是座无虚席，除该校学生和一些教师外，还有不少校外人士慕名而至。袁嘉谷任教十余年，培养了数百人，其中不少人成就甚高，如李士厚、李乔、浦光宗、张希鲁等。

宣统元年(1909年)，任京城图书编译局局长。当年，法国人伯希和将已运至河内的敦煌遗书中的一部分，带到北京装裱，并在六国饭店举办展览，与罗振玉、王国维、王仁俊等前去探看，见有《沙洲志》和老子《化胡经》等，与诸同事商议，认为“真稀世之宝也”，立即向学部侍郎严范孙报告，并提出了处理意见，由学部急电甘肃敦煌总督：“凡洞中片缣只字均检送来京，不得再失。”并将被盗运至西安等待出售的大批敦煌文物古籍拓片，禁止交易。使数千卷古籍得以及时追回，由学部收管，现存北京国家图书馆。

入民国后，任北京政府国务院顾问、国会议员、云南盐运使。1919年任云南图书馆副馆长。自称其有“书淫”，曾遍搜云南地方文献，与李根源共同辑刻有《云南丛书》，初编收书152种，二编收书53种；主编《滇文丛录》等，均是以传播云南文献为主。曾在文澜阁中辑录《四库全书》中关于滇人文献，如抄录谢肇淛《滇略》、沐昂《沧海遗珠》等。深感国民教育之重要，称：“大地盘盘，众生芸芸，非智不存，非学不智，非图书无以为学，古与今一矣，中与外一矣。”曾创办“石屏图书馆”，重在倡导提高国民素质。任职云南图书馆时，主持编撰《云南图书馆图书目录》2编。

袁嘉谷的爱国是有名的。

1900年，义和团运动兴起，法帝国主义忽然占领圆通山，引起群众的义愤。袁嘉谷有《圆通山观赵文敏书法华经残本》诗句云：“金书残经岂足惜，山寺且阻游人登。似歌似哭山头鸟，欲明欲灭佛前灯”。此时，云南筹修滇川铁路他急函川督，不主张用外国工程师，建议请詹天佑工程师来滇行事。

袁嘉谷在学部任职时，当时翻译和文书都是日本人。他们说翻译印刷日文教科书妨碍了他们的版权，因而提出异议。袁当场驳斥道：“中华文献在你国传诵千余年，从未听说华人向你们索取版权，你们区区教科书岂能与我国典籍可比？”日本人当即被驳得无言可对。

1937年，“七七”事变后，北京、南京相继失守。袁嘉谷忧愤成疾，卧床不起，随即召集子女，说：“人知爱国爱家必以学问经验立其根本，处心积虑者久矣。我则人民知识犹浅，不暇自顾，以大国自豪。人侵我，我不备，战事起，人民涂炭，吾不忍见之矣。”病中起草《责倭寇》一文，未脱稿，竟于1937年12月23日与世长辞，终年66岁。