1946年（民国三十五年），受聘为德国都尔茨市立医院外科主任。

1947年初（民国三十六年），回国，任上海同济大学医学院教授、外科主任。

1954-1981年，任武汉同济医科大学教授及附属同济医院外科主任。

1948年，基于“医学归于大众”的理念，创办国内第一本医学科普刊物《大众医学》，并任主编10年，为该杂志撰文。

1960年，在首创胃底环扎术和胃底横断的基础上，于1972年又创造了独具风格的贲门周围血管离断术，成为治疗晚期血吸虫病肝硬化致门静脉高压症、食管静脉曲张大出血的一种崭新的断流型手术，在国内广为应用。新术式改进不下20余种。

1979年，裘法祖率卫生部中国器官移植代表团再次回到德国，并和已在德国等候的妻子专程去探望86岁的岳母。

1980年，创办中国第一本器官移植杂志《中华器官移植杂志》，任主编。

1984年，他发起组织了中德医学协会，任中方理事长。

1985年，获得联邦德国政府授予的大十字勋章的殊荣。同年日本金泽医科大学授予名誉顾问。

1978年，裘法祖被评为全国科技先进工作者，参加了全国首届科技大会。

2008年5月26日，裘法祖院士在同华中科技大学附属同济医院的42名专家们一起，为汶川地震灾区来汉的42名伤员会诊。

2008年6月14日8时46分，裘法祖逝世，享年94岁。

裘法祖学擅长腹部及基本外科，对外科其他分支：脑外科、泌尿外科、矫形外科等同样造诣精深，对我院外科系各专业的创建和发展付出了诸多的心力；是推动中国腹部及基本外科的专家。他主持创建了中国最早的器官移植机构——同济医科大学器官移植研究所，是中国器官移植事业的开拓者和奠基人之一。同时他又是中国晚期血吸虫病外科治疗的开创者。

裘法祖一惯重视科学研究，由他提出并亲自主持或指导的大型外科科研专题：胆总管十二指肠吻合术、肝门解剖与肝切除术、肝移植等在国内部开展较早。他主持创建了中国第一个器官移植机构，率先开展器官移植研究。他开创了很多被称作“裘派”新的手术方法，改进的普通外科手术20多种。他被认为外科全才，他开创了很多被称作“裘派”新的手术方法，裘法祖改进的手术操作不亚20多种。突出的有：局部麻醉下甲状腺大部切除术、胃大部切除术、门静脉高压症的外科治疗等。致力于胆道流体力学与胆结石成因的研究。在他的具体领导下，自体外牛胆汁中研制培育出“体外培育牛黄”，已被批准为国家一类新药并开始生产。

20世纪世纪50年代，他开创了中国晚期血吸虫病外科治疗，为上百万患者开辟生命之路；70年代，他主持门静脉高压外科治疗，手术时间缩短3小时，治愈率提高到80%以上，这一成果获首届全国科学大会奖；80年代，他主持创建了中国第一个器官移植机构，率先开展器官移植研究。他主持的肝移植至今保持“手术例数最多”和“存活时间最长”两项全国纪录。他改进的胃大部切除手术，胃肠吻合前先缝扎胃黏膜下层血管，使手术后吻合口出血大为减少；改变国外切除胃体积75%以上的老规则，切除部分仅稍稍超过50%，术后病人不会发生小胃症状，溃疡又不会复发，远期效果令人满意。

发表医学论文200余篇，主持编写医学教材40余本。

他撰写论文200余篇，主编了《一般外科手术学》、《医学百科全书》(外科基础分册)、并主编《黄家驷外科学》第四~六版(国边重点出版物)以及全国高等医药院学教材《外科学》。

教材编著

裘法祖主编．《一般外科手术学》．北京：人民卫生出版社，1973

裘法祖主编．《外科学》．第1版，北京：人民卫生出版社，1979；第3版， 1989；第4版，1995

吴阶平，裘法祖，主编．黄家驷外科学．第4版，北京：人民卫生出版社，1986；第5版，1991

裘法祖，张涤生，主编．中国医学百科全书·外科学基础．上海：上海科技出版社，1987

曾宪九，裘法祖，主编．中国医学百科全书·普通外科学．上海：上海科技出版社，1989

学术期刊

裘法祖，夏穗生．总胆管十二指肠吻合手术的讨论．中华外科杂志，1955,3:351.

Tjiu FD, Chen CS. Schistosomiais japonica cerebri, Berichtubereinenoperative behandelten Fall. z Chir, 1953, 78: 1985

裘法祖，夏穗生，戴植本．脾肾静脉吻合术的操作体会．中华外科杂志，1961，9：827．

裘法祖．进一步探讨门静脉高压症食管胃底曲张静脉破裂大出血的外科治疗措施．中华外科杂志，1981，19: 193．

裘法祖．再论断流术治疗门脉高压症并发上消化道大出血．实用外科杂志，1990，4：195．

首倡同济医科大学与德意志联邦共和国施普林格出版社（Springer）合办《德国医学》中文版，并任主编。该杂志由德方提供原版杂志，中方选译编辑，为中国大专院校与国外合办的第一份杂志。

曾担任《中华外科杂志》副总编、《腹部外科杂志》总编辑、《同济医科大学学报》（英、德文版）主编、《德国医学》（中文版）主编。

裘法祖是临床医学家，可他大半精力花在了医学教育上。在担任全国高等医学院校医学专业教材编审委员会主任委员的22年中，他主持编写了以五年制医学教材为主体的50多种医学教材。中国现在的外科医学主流教材，都是他一手策划和组织编写。

裘法祖还是一位卓越的医学教育家。他总结出了一套因材施教、量才委任的独特严谨的教学方法，他还善于识别和培养人才。受教于他的学子中，有一大批已成为中国医学外科界的骨干，其中有国内外知名的肝外科专家吴孟超院士、首创断肢再植术之一的钱允庆教授和后起之秀外科专家韦加宁等。学生有：肖传国、秦国才、吴孟超、吴在德、邹声泉、龚建平、戴宗晴、陈孝平、钱允庆。

第三届全国政协委员，第四、五、六、七民全国人大代表。

1947年-1954年，任同济大学医学院附属中美医院外科副主任、主任、教授。

1955年-1984年，任武汉医学院第二附属医院（现同济医学院附属同济医院）外科主任、教授。

自1957年起他就国际外科学会会员，历任全国外科学会副主任委员、中华医学会湖北外科学会主任委员、《中华外科杂志》副总编、《中华器官移植杂志》总编，他还是全国知名的科普杂志《大众医学》的创刊者之一。

1978年后，担任武汉医学院副院长兼器官移植研究所所长，1981年任武汉市医学院院长，1984年任同济医科大学名誉校长。

1978年-1984年，任武汉医学院副院长、院长。

1985年-2000年，同济医科大学名誉校长。

1984年他发起组织了中德医学协会，任中方理事长。

2000年-2008年，华中科技大学同济医学院名誉院长。

2004年，创立“裘法祖外科医学青年基金”。

裘法祖普通外科医学青年基金是由医学泰斗裘法祖院士将他个人多年来获得的各种奖金全部捐赠出来设立的，主要用于奖励在普通外科领域作出突出成绩的45岁以下（含45岁）青年外科医师。该基金于2005年设立后，每年评选、奖励1名至2名中国杰出的外科年轻人才。

我们纪念裘法祖院士，就要学习他忠诚于党，报国爱民的坚定信念；学习他追求卓越、勇攀高峰的创新精神；学习他医德双馨，为民尽责的大家风范；学习他甘为人梯，无私奉献的崇高品德。（丁烈云 评）

尊敬的裘法祖院士，跟你相识是我的荣幸，你虽然离去，但是我们将永远地怀念你。（刘允怡院士 评）

裘法祖院士在近一个世纪的传奇人生中，悬壶济世，学著等身，桃李满天，给我们留下了一条医界的大河，一座医界的大山和一条培养好医生成为好医生路。（华中科技大学校长李培根院士 评）

裘老的手术操作和手术风格，对国内普通外科产生巨大影响，被公认为中国外科界的一把宝刀。他操作稳、准、快、细，在不少疑难复杂及再次手术中独具‘绝招’。他被称为外科全才，在腹部外科、神经外科、泌尿外科、骨科等领域均有很深造诣。其手术之精准，被誉为‘要划破两张纸，下面的第三张一定完好’。（同济医学院老院长、外科专家吴在德 评）

大医、大师、大爱！他不骄不矜，平淡自然，用一生诠释了爱的含义。他的科学态度、技术特色、道德情操和人格风范影响了几代人。（新华网 评）

德中医学会前主席Prof. Dr. Wolfgang Höpker、德国乌尔姆大学普通外科主任Hans G. Beger教授、德国慕尼黑工业大学校方代表Prof. Dr. Paul Gerhardt等多名海外友人表达了对裘法祖的怀念，称裘法祖是德国外科医生崇拜的对象。

2014年11月15日上午9时，纪念裘法祖院士诞辰100周年座谈会在同济医学院举行。