1999年12月任工业控制技术国家重点实验室主任。

2005年2月任浙江大学党委常委、副校长（协助校长负责人事、离退休、学校企业工作，分管浙大的人事处、后勤集团，以及浙大下属的企业——圆正控股集团有限公司和科技园发展有限公司）。

2013年7月1日，中国工程院发布公告，各学部经过候选人材料审阅、专业组评审、全学部评审和投票等程序，从560位有效候选人中产生了进入第二轮评审的候选人173位，褚健在列。

浙江省第十一次党代会代表，第十届全国人大代表。

2018年，获得国家重点研发计划“网络空间安全”重点专项支持，拟立项的中央财政经费为2758万元，项目实施周期为3年。

2024年4月24日，褚健入选“中国软件产业40年功勋人物”名单。

2012年度获国家科学技术进步二等奖（炼油化工重大工程自动化控制与优化一体化系统关键技术研究）

2009年度获国家技术发明奖二等奖（新一代控制系统高性能现场总线--EPA），获奖人有：褚健、金建祥（浙江中控技术股份有限公司）、冯冬芹（浙江大学）、于海斌（中国科学院沈阳自动化研究所）、仲崇权（大连理工大学）、王平（重庆邮电大学）

2006年度获第六届光华工程科技奖青年奖

2002年度获教育部提名国家科学技术一等奖（预测控制技术在石化工业精馏过程中应用）

2000年度获国家科学技术进步二等奖（现场总线控制系统）

1999年度获国家教育部科学技术进步三等奖（基于现场总线的系列自动化仪表的开发和应用）

1998年度获国家教育部科学技术进步二等奖（时滞系统控制理论研究）

1997年度获国家科学技术进步三等奖（SUPCON JX-100集散控制系统）

褚健1989年回国工作以来一直从事自动控制理论前沿学科的研究，提出了时滞系统状态空间建模方法、多滞后鲁棒最优控制策略和时变时滞系统的H∞优化控制方法，并利用这些理论方法解决实际工业问题。

在非线性控制方面，提出了分步变换与分步设计方法以及非线性观测器设计方法；提出了一种关于控制系统分析的鲁棒度指标及鲁棒观测器设计方法。

针对输入或干扰幅值有界控制系统，提出了l1/H2混合优化控制方法，并利用凸二次规划方法求出精确解，这一系列研究成果达到国际先进水平。

共在国内外重要刊物上发表论文210余篇，出版专著和编著3部。

先后作为项目负责人承担国家自然科学基金项目

理论与实践相结合是褚健教授的重要特点。

褚健不仅始终关注并跟踪着当今国际自动化领域的前沿技术，还组织大量青年科技人员进行科技协同攻关，在将理论成果转化为生产力，在产、学、研相结合的探索中走出了一条新路。

在技术开发及产品化方面的主要成果有：开发了具有国际先进水平并填补国内空白的SUPCON JX系列集散控制系统，解决了可靠性的冗余技术，开创了大型自动化装备的国产化新局面，已推广应用4000多套；在国内率先研制出JL系列无纸记录仪；研制了多种现场总线控制技术及智能仪表；开发了综合集成软件（AdvanTrol-PIMS）、优化与先进控制软件包（APC-Suite）等一系列高技术产品，并形成了产业化。

2018年5月8日，一份公示材料显示，浙大原副校长，中控集团创始人褚健，将获得国家重点研发计划“网络空间安全”重点专项支持，拟立项的中央财政经费为2758万元，项目实施周期为3年。

2017年，在南京举办的第二届世界智能制造大会上，褚健老师亲自发布了中控面向未来的工业操作系统——supOS。作为具有我国自主知识产权的工业操作系统，supOS以实现工厂区域的信息全集成为突破口，利用集成化、数字化、智能化手段解决生产控制、生产管理、企业经营的综合问题。凭借25年的技术积累及用户的实际需求，加上凝聚众多智能制造项目实施经验为积淀的积累下，中控致力于将supOS打造成为具有国际竞争力的国家级工业互联网平台、工业大数据平台及工业人工智能平台。

备受关注的宁波工业互联网研究院5月12日在海曙区正式揭牌。4月4日，国内自动化领域的顶级科学家褚健教授团队与宁波紧密牵手，双方就宁波工业互联网研究院系列项目签订合作协议。经过30多天的紧张筹备，宁波工业互联网研究院系列项目中的“重头戏”——宁波工业互联网研究院有限公司及工业操作系统公司、工业控制信息安全公司、控制芯片公司已完成工商注册，项目团队入驻宁波。

2013年10月18日，根据最高人民检察院的决定，浙江省人民检察院对浙江大学原党委常委、副校长褚健涉嫌贪污、挪用公款、行贿、职务侵占、挪用资金、故意销毁会计凭证、会计账簿犯罪一案立案侦查，次日以涉嫌行贿罪对其补充立案，并对褚健采取刑事拘留强制措施。

2013年11月5日，褚健被逮捕。

2014年8月，浙江省人民检察院移交褚健案至湖州市检察院审查起诉，此后分别于当年9月30日及12月16日两次退回补充侦查。

2015年2月25日，湖州市人民检察院宣布，对褚健以涉嫌贪污、挪用公款、职务侵占、故意销毁会计凭证会计账簿和行贿等罪名向湖州市中级人民法院提起公诉。

2015年2月褚健被起诉之后，庭审时间已延期5次，最近一次延期是2016年6月16日，根据湖州中院的通知，该案审理期限已延长至2016年9月17日。

2017年1月16日，浙江省湖州市中级人民法院一审公开审理并当庭宣判浙江大学原副校长褚健贪污及故意销毁会计凭证、会计账簿案，认定被告人褚健犯贪污罪判处有期徒刑三年，并处罚金人民币四十万元；犯故意销毁会计凭证、会计账簿罪判处有期徒刑一年，并处罚金人民币十万元，决定执行有期徒刑三年三个月，并处罚金人民币五十万元；对褚健贪污所得财物予以追缴。

法院审理查明，1999年至2002年，被告人褚健利用担任浙江大学工业自动化工程研究中心副主任，浙江浙大海纳中控自动化有限公司董事、总经理等职务便利，侵吞、骗取公款共计人民币238.1803万元；2012年下半年，被告人褚健指使他人销毁浙江中控软件有限公司、杭州浙大中控自动化公司、浙江大学工业自动化工程研究中心等相关公司单位的会计账册，情节严重。

法院审理认为，被告人褚健的行为已构成贪污罪及故意销毁会计凭证、会计账簿罪，应依法数罪并罚。鉴于在法庭审理过程中，褚健能如实供述自己的犯罪事实，并自愿认罪悔罪，且赃款已全部追缴，具有酌定从轻处罚情节，依法予以从轻处罚。

法庭遂作出上述判决。

2017年1月18日，褚健刑满释放。2017年1月19日，回到了其创办的浙江浙大海纳中控自动化有限公司。

中控集团创始人褚健，将获得国家重点研发计划“网络空间安全”重点专项支持，拟立项的中央财政经费为2758万元，项目实施周期为3年。

2021年4月，福布斯全球富豪榜发布，其以13亿美元财富并列《2021福布斯全球富豪榜》第2263位。

2022年，褚健以70亿财富位列《2022家大业大酒·胡润全球富豪榜》第3031名。

2022年，褚健以13亿美元财富位列《2022年福布斯全球亿万富豪榜》第2190位。

2022年，褚健以85亿财富位列《2022衡昌烧坊·胡润百富榜》第743位。

2023年3月23日，以95亿财富位列《2023胡润全球富豪榜》第2321位。

2023年10月，褚健以80亿人民币财富位列《2023年·胡润百富榜》第755位。

2024年10月，以63亿元人民币财富位列《2024年·胡润百富榜》第859位。