查理二世反对詹姆斯皈依天主教，他下令詹姆斯的子女必须按新教培养大。

1671年詹姆斯的第一位夫人去世，查理二世容许詹姆斯于1673年娶了一个天主教徒为妇。但英国人对天主教不信任，他们认为约克公爵夫人摩德纳的玛丽是教皇克雷芒十世的间谍。

为了取得新教徒的欢心，1677年詹姆斯让他的女儿玛丽嫁给一个新教徒（后来的威廉三世）。虽然如此新教徒还是怕一个天主教徒会成为国王。尤其是在查理二世的王后怀孕未生后这个恐惧逐渐上升为歇斯底里。一个圣公会的神甫泰塔斯·奥兹（Titus Oates）造谣说有一个杀查理而立詹姆斯为国王的“天主教阴谋”。而约克公爵的私人秘书科尔曼（Coleman）的信件被政府没收，其中的部分信件言辞促进了人民的愤怒。查理二世无奈之下将他先后送到布鲁塞尔流放以平息众怒。1680年查理指命他为苏格兰最高委员长，他在爱丁堡的浩利鲁宫定居。

在英国许多有权势的辉格党议员企图取消詹姆斯的继承权。有人甚至愿意让查理的私生子登上王位。

1679年当取消詹姆斯王位的法令几乎要通过国会时查理宣布解散国会（这个法令是英国两党制的开始，英国辉格党是支持这个法令的党派，而托利党是反对这个法令的党派），1680年和1681年召开的议会也因同一原因被解散。

1681年的国会被解散后没有再召开国会。当时查理很得人心，因此詹姆斯得以于1682年重返英国，他成为托利党的首领，查理于1684年恢复了他作为最高海军大臣的职务。

1685年查理二世没有合法子女就死了。在他临死前他还皈依了天主教，他的弟弟詹姆斯二世继位。虽然下院曾经排斥詹姆士，而且他皈依天主教，但是詹姆士继承王位的时候却出人意料地平安无事。继位后他立即公开做弥撒，但也通知枢密院及1685年召集的议会，他将保护英国国教（圣公会），因为“其成员在最困难的时刻表现出难能可贵的忠诚”。议会此时也很给新国王面子，他们决定给国王一大笔钱，此时的议会由坚强的王党派和圣公会成员组成。但是接下来议会让国王公布一项宣言对“所有不信奉英格兰国教者”按照法律办事，这让国王感到很恼火，本来国王的意思正好相反，他希望把罗马天主教和新教中的不信奉国教者双双置于与圣公会臣民一视同仁的地位。

1685年6月苏格兰遭到阿盖尔伯爵（参加阿盖尔公爵词条下的第9阿盖尔伯爵）指挥的叛乱的武装的入侵，查理二世的私生子蒙茅斯公爵则在英格兰西南部登陆，但是他们快就被击溃。查理的私生子在伦敦塔被处死，但这次事件使詹姆斯开始对他的臣民产疑心。他下令严惩造反者，这个过度的措施使得公众认为他们的国王是个暴君。此时的议会对国王是忠诚的。到了秋天，詹姆士决定不顾第一个审查条例而允许罗马天主教徒军官在军中服役，并且坚持对不信奉国教的人停止执行有关刑法，引起下院的抗议，议会也无意维持刚刚战胜蒙茅斯公爵由天主教徒充任军官的常备军。这时的议会变得难以驾驭。

詹姆士于是在1685年11月20日下令闭会，到了1687年则解散议会。因此詹姆士失去了某些许诺给他的收入，但是他却可以利用他的特权暂停或者取消某些法律，以便实行宗教完全平等的政策。

詹姆士指定了一个教士委员会，用意阻止圣公会教士从布道坛上攻击罗马天主教的宗教信条，这种布道被詹姆士称为“轻率的布道”。接着一个判例被送到高等法院，在法官被清洗后的高等法院判定，在个别情况下，詹姆士可以不受法律的约束。这个判决使詹姆士能够接纳天主教徒进入枢密院，能够自由任命罗马天主教徒为陆、海军军官，甚至能选任罗马天主教徒在牛津大学各学院任职。

1687年4月他发布第一号信教自由宣言，目的在于完全的宗教自由。

1688年，詹姆士发布第二号信教自由宣言，指示圣公会教士做礼拜时在布道坛上朗读。最后，詹姆士把自己的两个内弟加以免职，因为他们是新教徒而不完全同意国王的政策。他在巴黎接见教宗的代表，这是从这是自玛丽一世以来第一次教皇代表来到英国。詹姆斯的忏悔牧师是一个耶稣会的人，他尤其被新教徒看作敌人，这些措施使得詹姆斯失去了本来支持他的同盟者。

1688年夏天，詹姆士的统治出现转折。坎特伯雷大主教和六名主教上书要求国王撤销关于发布第二号信教自由宣言的命令，原因是查理二世在位时议会曾一再坚持，国王无权取消刑法典。詹姆士大怒，将七名主教抓起来审判，因为他们进行煽动性诽谤。但是陪审团宣判他们无罪，这一判决让平民和军队都感到高兴。6月10日王后生下了一子——后来被称为“老觊觎王位者”。这就加大了建立一个天主教王朝的危险了（有人称实际上詹姆斯的儿子是死胎，但别人换了一个活胎，不过这个说法没有任何根据），六名主教被宣布无罪的当天，伦敦主教和六名俗人——后来被称为“七仙子”——秘密邀请詹姆士的外甥和女婿、奥伦治公爵威廉到英格兰来保卫自由和财产，并维护其妻的继位权，因为，据说生下这位“老觊觎王位者”是所谓“掉包”。威廉三世在荷兰与天主教的法国国王路易十四作战，被看作是新教的希望人。

詹姆士清楚知道自己不能运用特权无限地确保宗教信仰自由。因此他花很大的气力去遴选一个承担废除刑法和两个审查条例的议会。但是在新的议会选举以前，

1688年6月30日一群信教贵族要求威廉带军进入英国。9月时威廉将要进攻英国已经非常明显，但詹姆斯拒绝了法王路易十四为他提供军队的建议，因为他怕这样更加引起英国人的反对。他相信他的军队足以抵抗威廉。但他错了。

1688年11月5日威廉登陆后所有的新教军官都叛变了，包括集结在索尔兹伯里防御荷兰的陆军首长，他情妇阿拉贝拉·丘吉尔的兄弟，一手提拔的约翰·丘吉尔。后来整个海军也归顺了威廉。詹姆斯自己的女儿安妮也参加了入侵军并带走了许多王室的支持者。年轻时英勇无比的詹姆士此时无心重整部队，他将妻儿送到国外，并佯装与威廉协商召集一次自由的议会。12月11日他趁人不备溜出首都，将王国的大印扔进泰晤士河并企图逃往法国，但在肯特登船外逃时被渔夫认出并被捕。威廉不希望詹姆斯成为一个殉教者，因此于12月23日故意让他逃跑了。路易十四收纳了詹姆斯，给了他一座宫殿和很高的收入。

詹姆斯离开王国时没有议会召开，虽然一般议会由君主召开，但威廉召集了一次“惯例议会”（惯例议会一般在王位空缺的时候召开，比如内战后将王位授予查理二世的就是一个惯例议会）。

1689年2月12日惯例议会申明詹姆斯于12月11日逃离伦敦时就已经自动放弃王位了，因此王位空缺（会议没有将王位授予詹姆斯的儿子）。会议决定立詹姆斯的女儿玛丽为女王，她与她的丈夫威廉三世共同统治。同年4月11日苏格兰的议会通过了同样的决议。

威廉和玛丽上台后首先通过了一个法令宣布惯例议会的决定生效，威廉和玛丽正式成为君主，詹姆斯放弃了王位。此外这个法令还申明詹姆斯滥用权利：他放弃了立誓法，因为七位主教上述就被捕，建立了一支常规军和施加酷刑。最后这个法令还写明了王位的继承人顺序：首先是威廉和玛丽的孩子（假如他们有孩子的话），然后是公主安妮和她的孩子，最后是威廉假如再娶的话的孩子。

1689年3月詹姆斯带领一支法国军队在爱尔兰登陆。爱尔兰议会没有随从英国议会而是宣布詹姆斯依然是国王。但1690年7月1日詹姆斯在波尼战役中战败。他逃亡法国。由于他如此怯懦他的很多追随者也都放弃了他。在爱尔兰他获得了“屎詹姆斯”（Séamus á Chaca）的称号。

詹姆斯此后住在圣-日尔曼-翁-莱伊的王宫里，1696年有人企图刺杀威廉三世让他重返王位，但没有成功。同年路易十四建议他在扬·索别斯基死后竞选波兰国王。但詹姆斯拒绝了，因为他怕再接受波兰王位后他就正式放弃了英国王位了。这使得路易很不高兴，此后路易也不支持詹姆斯了。

1697年路易与威廉签署了一个条约正式中止了双方的敌对。此后詹姆斯在圣日尔曼度过余生，虔诚地悔恨自己犯下的罪行。直到死于心肌梗塞，他还在追求女性。他死后葬在圣-日尔曼-翁-莱伊。

1694年玛丽二世去世，1702年威廉三世逝世后詹姆斯年轻的女儿安妮成为女王。在1701年公布的法令中申明：假如在1689年的法令中所规定的继承人全部无子死亡后，王位由一个德国的远亲汉诺威的索菲和她的新教后代继承。因此1714年安妮女王死后王位由索菲的儿子乔治一世继承。

詹姆斯的两个儿子还试图重返王位，在乔治一世继位后在苏格兰进行过一次暴动，但没有多少结果。他的二子是一个枢机主教，无子，因此他死后实际上詹姆斯的家族就无后了。虽然如此一直有认为詹姆斯是英国王位正统的人，他们宣称詹姆斯的后代死尽后一些远亲依然有继承权。这个王族系列的继承人应该是巴伐利亚公爵弗朗茨，虽然巴伐利亚家族没有人要求英国的王位，但依然有人称弗朗茨为“弗朗西斯二世”。

詹姆斯年轻时是个很有才华和能干的军人，但是个急性子的，狂妄自大，对艺术和科学一窍不通，沉溺酒色。由于害怕像父亲一样上断头台，他轻易地将王位送给自己的女婿。对于他在宗教问题上的固执态度，路易十四很是不以为然，称詹姆士是为了一台弥撒而抛弃三个王国的傻瓜，因为他的爷爷，伟大的现实主义者詹姆斯一世在宗教问题上就很灵活。