发源于江西省安远县与寻乌县交界的基隆嶂（注：基隆嶂为三百山的一个小山峰），经大坝头西南流经东江源水库，库区左岸有三百山河（原名长坑水）汇入。镇江河至五丰围接观音河后经石扬、赖塘、绕镇岗圩，至富长接永水河，绕孔田圩后接纳符山河，至龙岗接纳古坊水，至鹤仔接纳杨佳水，直至黎屋出口流入定南县境内称九曲河（九曲水）、定南水（定南河）。东南流向进入广东省称贝岭水，至龙川县岩镇，汇入东江上游段寻邬水，成为东江支流。

镇江河流域总集水面积656.5平方公里，安远县境内为620.9平方公里，主河长53.33公里。区内大于10平方公里集水面积的河流16条，主要有符山河、古坊河、长坑水、杨佳河、观音河、涌水河等。