1932年9月任参谋本部第2厅厅长。

1934年11月调任中国驻土耳其公使。

1935年4月授陆军中将衔，11月当选中国国民党中央监察委员。

1937年4月任兰州行辕主任，并代理甘肃省政府主席，11月兼任甘肃省防空司令部司令。

1938年2月2日加上将衔，8月任国民政府办公厅主任兼国民政府军事委员会调查统计局局长。

1939年底任驻苏联特使。

1940年秋回国后任军事委员会委员长侍从室主任兼国民政府行政院经济委员会秘书长和国家总动员会议常委兼秘书长。

1942年12月调任重庆市市长兼重庆防空司令。

1945年5月再次当选中国国民党中央监察委员，12月辞职。

1947年5月任战略委员会委员。

1949年3月任行政院政务委员，8月13日在香港通电起义。

1949年10月，中华人民共和国成立后，任中南军政委员会委员兼交通部部长，中南行政委员会委员兼参事室主任，全国政协委员，全国政协地方政协工作委员会副主任，民革中央常委。

1961年7月16日在北京病逝。

贺耀祖，1889年5月13日出生在贺石桥一个殷实家庭。六岁在贺氏族上办的私塾接受启蒙教育，十二岁入玉潭书院读书。贺耀祖小时候很调皮，但又富有同情心和正义感。家里要是来了乞讨之人，还没等大人反应过来，他便飞快地跑到厨房舀来了一大碗米施舍给人家了。

1905年，16岁的贺耀祖考入湖南陆军小学第一期，从此正式踏入军界。1909年入武昌陆军第三中学，同年底，因成绩优异被清政府公派日本留学，在日本振武学校学习并加入同盟会，后回国参与辛亥革命运动。1912年在黄兴资助下，再度赴日本留学，入陆军士官学校中国学生队辎重科学习。1916年毕业回国，参加孙中山先生领导的讨袁、护法诸役。

1926年，接受共产党人谢觉哉建议，任国民革命军独立第二师师长，率部北伐。在攻克北洋军阀孙传芳主力扼守的九江后，担任九江防务。当时九江英商“太古”、“协和”和日商“日清”等公司码头工人，要求增加工资罢工多日。贺派人前往调解，英舰借口保护租界，向北岸开炮，并派水兵登陆。贺当即指挥独立一团赴江岸弹压，经过激烈战斗，击溃英水兵，迫使英租界巡捕和英轮资方人员退出租界，贺部接管九江英租界。

北伐途中，贺任九江右军第三纵队司令，率部沿长江东下，攻克安徽芜湖后，任国民革命军第四十军军长。1927年3月24日，会同程潜、鲁涤平三军攻克南京，任南京卫戍司令。1928年春，南京国民政府组成四个集团军，再度北伐。贺任第一集团军第三军团总指挥，与第一二军团一道进攻山东，一路大捷。

1932年，贺任国民政府参谋次长，实际代行总长职务。1935年被委派驻土耳其公使，1937回国任兰州行辕主任，并代理甘肃省主席，兼任甘肃省国民党党部主任委员。1938年，贺出任国民党军事委员会办公厅主任兼军统局长。1939年，贺出任驻苏特使。1942年至1945年，贺分别出任蒋介石侍从室主任、重庆市长等职，登上国民党政府权力的巅峰。

行伍出身的贺耀祖，虽然一生大部分时间都在为国民党效力，但却是个有良知和正义感的军人，他一生追求进步，是中国共产党肝胆相照的挚友。而且令人值得一提的是，他还是非常有眼光的人，早年曾创办“鹅山中学”（玉潭师院的前身），为宁乡早期教育作出了特殊的贡献。

抗日战争时期，贺耀祖坚决反对蒋介石的“攘外必先安内”政策，赞同中共建立抗日民族统一战线的主张。1937年5月，贺任兰州行辕主任，并代理甘肃省主席期间，中共中央派谢觉哉为驻甘肃代表，在兰州建立八路军办事处。

其实，谢觉哉既是贺耀祖的老乡朋友，也是贺的媒人。贺耀祖的夫人倪斐君之前是南京医院的一名护士，追求进步，热心公益及妇女事业。据说她另一个秘密身份是共产党员，在谢觉哉的撮合下，倪斐君便成了贺耀祖的夫人。

有了这层关系，两个人便过从甚密。贺耀祖从各方面对这位老乡、朋友兼媒人给予了大力支持。特别是贺耀祖在甘肃期间，协助释放了红四方面军刘瑞龙、魏传统等四名干部和关押在兰州监狱的多名政治犯，还电请蒋介石释放扣留在西安的红军战士。

1938年2月，贺耀祖出任国民党军事委员会办公厅上将主任，对秘书处第三科人事进行调整，指示有关人员多方营救被特务关押的进步青年，发给进步人士去延安的护照和路费，维护中共地下组织的安全，同时积极支持夫人倪斐君从事各种进步政治活动。8月任国民政府军统局局长。

1942年11月，一架给延安运送药品的苏联飞机因没有得到放行许可命令，只得停靠在兰州机场。得到消息后的贺耀祖，便以蒋介石侍从室主任的身份电令国民党兰州航空站放行。蒋介石知道后为时已晚，一怒之下免去了贺耀祖侍从室主任的职务。

蒋介石对贺耀祖是又恨又爱，在免去贺侍从室主任后没多久，又任命贺为重庆市长。结果，贺在担任重庆市长期间又积习难改，与共产党过从密切，为共产党提供了不少方便。

1945年8月28日，毛泽东率中共代表团由延安飞往重庆，同蒋介石政府举行和平谈判。毛泽东抵达重庆时，贺耀祖专程去机场迎接。他与毛泽东相逢，一见如故，视为知已。贺十分关心毛泽东和周恩来在重庆的安全，多次严令有关方面加强保安措施。出于同乡及对毛泽东的敬慕，特邀请毛泽东赴私邸晚宴。宴毕，还安排了一次小型的湖南同乡见面会，原定只有10数人参加，岂料消息传出，众多的湖南老乡争先恐后赶来赴会，人数达二、三百人之多。

毛泽东、周恩来在重庆期间有惊无险，安然无恙，应该说离不开贺耀祖的功劳，所以当后来贺耀祖回到祖国的时候，毛泽东和周恩来第一时间设宴回请了他，这大概也可以算作是还礼了。

因为国民党当局重新挑起内战，1945年底，贺耀祖愤然辞去重庆市长一职，拒绝蒋介石之委任。

1947年贺耀祖加入“孙文主义国民同盟”，与各界人士密切合作，开展反内战反独裁专制爱国民主运动。后回湖南，联络程潜、唐生智等策划“自救运动”，准备迎接解放。

1949年8月13日，贺耀祖在香港与龙云、刘斐等44人联合发布起义通电。贺的这个通电声明，让蒋介石大为震怒，派特务到香港要暗杀他，中共方面早有警觉，周恩来便指示有关人员进行保护，并将其护送到华北解放区。是年冬，贺耀祖安然回到祖国，来到北京，受到了毛泽东主席、周恩来总理的亲切接见，并设宴招待。

解放后，贺先后任中南军政委员会委员兼交通部长、中南行政委员会参事室主任、全国人民代表大会代表和全国政协委员，还被选为第二、三、四届民革中央常委。

1961年7月病逝于北京，享年73岁，骨灰安葬于八宝山革命公墓。

夫人倪斐君，曾领导抗日期间著名民间妇女组织“战时妇女服务团”。