1980年11月26日，除机场关闭和实行全国宵禁外，首都瓦加杜古等地恢复平静，通讯恢复，居民开始正常生活。被废黜的前总统桑古尔·拉米扎纳和国民议会议长热拉尔·康戈·韦德拉奥果被软禁，总理优素福·约瑟夫·科农博、民主党总书记卡西米尔·塔普索巴、武装部队总参谋长让·比拉·扎格雷将军、前总参谋长巴巴·西将军等党政军首脑全部被关押。当晚，政变军人宣布“争取国家进步复兴军事委员会”成员名单。军委会由31名军人组成，除赛耶·泽博主席外，还有建军元老约里安·加布里埃尔·索梅上校、9名中校、5名少校、5名上尉、4名中尉、4名准尉、1名下士和1名宪兵。泽博还签批了在军委会内部成立领导委员会及其成员名单。此外，总统总秘书处和共和国总秘书处交给一名军需官负责。

为了稳定政变成功后的局势，军委会不失时机地作出安抚性许诺，进而采取了一些安内举措，诸如：保证宗教信仰自由，补发教师在罢工期间的工资，救济灾民等，初步建立了军政权的形象。1980年12月2日，瓦加杜古大主教宗格拉纳会见泽博主席。宗格拉纳把这次军事政变归功于“上帝的恩赐”。人民群众，特别是工会和天主教徒对这起军事政变也表示了支持和拥护。

1980年12月7日，新政府成立，其中军人和文官人数平分秋色。赛耶·泽博任部长会议主席（总理），其他阁员中，军人和文官为8:9。1981年五一劳动节，新政府在人民宫举行隆重集会，国家元首兼政府首脑赛耶·泽博公布新政府的内外政策。国内方面，新政府坚决“捍卫以‘一一·二五’运动为核心的民族统一”，自力更生地发展民族经济，建立无外来统治、无剥削、能发挥个人才智和满足全国人民基本需求的公正社会。在经济领域，“优先发展农业”，因为“农业人口占全国人口的90%以上，农业在经济发展中起着杠杆作用”。外交方面，坚持不结盟原则，反对各种形式的附属关系和新殖民政策。赞成非洲统一组织宪章，主张在不干涉别国内政、尊重殖民时代遗留边界、通过谈判解决国家间的争端等基本原则基础上，在平等真诚合作、相互尊重、无依附和霸权思想的情况下，发展同本地区各国和兄弟国家的友好关系，参加区域性合作，促进非洲的统一。非洲大陆应由非洲人来保卫。上沃尔特准备重申或修订同非洲以外国家的关系。

赛耶·泽博执政后，独揽一切军政大权。他在政府和武装部队中打击并清洗异己力量，对前政权领导人，包括1966年政变上台、后经大选任总统的桑古尔·拉米扎纳（与赛耶·泽博同族同乡，又是泽博的老上级和恩师），不做调查和处理，使他们长期受关押。他还以某些“理由”迫使一些持不同政见的军官辞职，其中包括少壮派军人领袖托马·桑卡拉和亨利·宗戈。1982年10月政府改组时，与他有分歧的外交和合作部长、邮电部长、经济和计划部长也难躲他的撤职惩罚。近两年中，“打击”和“清洗”两根大棒将赛耶·泽博推到了众叛亲离的孤立境地。

此外，赛耶·泽博执政不久，就对工会采取限制罢工、限制增薪和停止政治活动的强硬手段。1981年下令解散人数众多的上沃尔特工会联合会。1982年4月，被迫解散的上沃尔特工联下属的6个基层工会在瓦加杜古发动了席卷全国的72小时罢工，以示抗议。1982年9月，82名工联会员被泽博军政府扣上了“非法罢工”的罪名遭到罚金处理。工会与泽博军政府的矛盾空前激化。工会凭借势力大、组织性和战斗性强的优势，不断组织罢工，搅得局势动荡不安，泽博军政权处于摇摇欲坠的境地。

在赛耶·泽博军政权政治上如履薄冰之时，难以摆脱的国内财经困难更使泽博军政权一筹莫展。这个当时拥有650万人口的内陆国家，由于地处撒哈拉沙漠南缘的萨赫勒地带，十年九旱，虽然农业人口居多，每年都要进口粮食十万吨。泽博上台执政后，尽管把恢复和发展经济作为政府的首要目标，并制订了有关发展工业经济计划，但由于国库空虚见底，外债难以偿还，再加上物价不断上涨的困扰，目标和计划只是一纸空文，难以实现，造成城乡贫困队伍不断扩大。在赛耶·泽博执政的近两年中，上百万上沃尔特人不得不到科特迪瓦等邻国去找出路。空前的政治和经济危机直接将赛耶·泽博军政权推向了垮台的边缘。

1982年11月7日，赛耶·泽博被让-巴蒂斯特·韦德拉奥果少校和托马·桑卡拉上尉联合发动的军事政变推翻，并遭逮捕。1984年1月，他与前总统桑古尔·拉米扎纳一同接受人民革命法庭的审判，同年5月，泽博被判处15年徒刑。在狱中，泽博改变宗教信仰，从伊斯兰教改奉基督教。1985年8月获释。1987年10月，布莱斯·孔波雷少校发动军事政变推翻桑卡拉政权后，泽博声明支持孔波雷政权，受到孔波雷的礼遇和倚重，享受前总统和退役陆军上校的待遇。1997年2月18日，布基纳法索最高法院撤销了1984年对泽博的一切指控和判决。

赛耶·泽博曾于1975年8月访问朝鲜民主主义人民共和国时顺访中国。

2013年9月19日病逝于瓦加杜古，享年81岁，布基纳法索政府为其举行了国葬。