1860年7月25日，普鲁士公主路易丝·玛格丽特·亚历山德拉·维多利亚·阿格内斯出生在普鲁士王国波茨坦的王室宅邸马尔默宫（大理石宫）。她是普鲁士的弗里德里希·卡尔王子和第二代表妹、安哈尔特-德绍的玛丽亚·安娜公主（利奥波德四世之女）的五个孩子中的第四个女儿。弗里德里希·卡尔王子的父亲弗里德里希·卡尔·亚历山大王子是普鲁士国王弗里德里希·威廉三世的儿子，也是普鲁士国王弗里德里希·威廉四世和威廉一世（德国皇帝兼普鲁士国王）的弟弟。路易丝·玛格丽特的母亲也是普鲁士国王的后裔，她的外曾祖父是普鲁士国王弗里德里希·威廉二世。因此路易丝·玛格丽特是普鲁士国王弗里德里希·威廉三世曾孙女，德国皇帝威廉二世的第二代堂妹。

路易丝·玛格丽特的父母有着一段不幸的婚姻。据说在第四个女儿路易丝·玛格丽特出生后，弗里德里希·卡尔王子因为妻子没有生下儿子而殴打了她。显然，只有弗里德里希·卡尔的伯父、普鲁士国王威廉一世（未来的德国皇帝）的敦促才阻止了他们正式分居。路易丝·玛格丽特与维多利亚女王的第三个儿子、康诺特公爵亚瑟王子订婚，亚瑟王子是维多利亚女王九个孩子中的第七个。然而，维多利亚女王认为路易丝·玛格丽特并不是一个令她儿子满意的新娘。她相貌平平，牙齿残缺不全。她的父母并不和睦，婚姻不幸福，彼此分居两地。维多利亚希望避免将自己的家庭与可能发生的丑闻联系在一起。