国税发16号文是针对重大案件的确定及审核程序的专门规定。根据16号文，重大案件包括：注册资本达到一定水平以上、且调查年度年均主营业务收入在一定标准以上的案件；全国行业联查或集团联查的案件；其他由税务局确定的案件。特别纳税调整重大案件报请税务总局会审小组进行会审工作，一案一会。会审小组成员意见实行投票制度。

不同于一般的税务管理，转让定价所依据的是经济学的分析原理，即风险和收益呈正比的关系，风险越高收益越大。在判断交易双方关联定价是否合理的情况下，首先得分析交易双方在交易过程中所承担的功能（活动）、风险和拥有及运用的资产（包括有形无形资产），并考虑行业中的关键价值因素，以此作为基础来选择最为合适的转让定价方法进行经济分析。经济分析通常采用对标(benchmarking)的方式进行，以判断在类似情况下关联交易的结果是否与所对照的非关联交易相一致，即符合独立交易原则。对标有内部对标和外部对标两种。从某种程度来说，转让定价不是一门科学，更像是一门艺术。如何阐明交易双方定价安排的经济合理性以及如何让交易双方的税务主管机关（通常涉及不同国家或不同区域的税务主管机关）接受是关键。

转让定价方法对于制定和验证企业间关联交易是否符合公平交易原则起着非常重要的作用。转让定价方法是验证关联交易是否合理的关键指标。《办法》明确要求：“企业发生关联交易以及税务机关审核、评估关联交易均应遵循独立交易原则，选用合理的转让定价方法”。也就是说，纳税人和税务机关制定和评估关联交易定价时，都应遵循这些转让定价方法。同时，转让定价方法还是进行可比公司筛选以及经济分析的前提和基础。

转让定价方法是进行关联交易分析的重要组成部分。

（1）进行关联交易分析时，选取不同的转让定价方法会导致验证结果可能出现很大差别。比如基于价格的成本加成法，关注的重点是成本加成一定的毛利润，而基于利润的交易净利润法需要同时考虑期间费用对企业净利润的影响。与毛利润率相比，企业净利润率不易受到关联交易和非关联交易之间的某些功能差别的影响，而企业间履行的功能差别通常又反映在营业费用的变动上。因此，有时毛利润率差距悬殊的企业间仍可能取得类似的净利润率；

（2）不同类型的关联交易所适用的转让定价方法不同。《办法》重点解释了不同的关联交易类型对于转让定价方法的运用。新企业所得税法及其实施条例和《办法》对于转让定价方法的选择均采用了“最佳方法”的观点，不同类型的关联交易需要考察的重点也不尽相同。

无论是企业制定关联交易定价政策还是税务机关进行审查或调整，选择适当的转让定价方法都需要有一定的依据和重点考察的指标。

（1）可比性分析对于转让定价方法选择的重要性。《办法》借鉴经济合作与发展组织（英文简称OECD）转让定价指南，完整、系统地描述了可比性分析的五个方面内容。即交易资产或劳务特征、交易各方功能和风险、合同条款、经济环境以及经营策略。

对于交易各方功能和风险的分析，在此前《国家税务总局关于加强转让定价调查分析的通知》（国税函〔2007〕363号）中已经得到充分的肯定。该文件要求各地要加强对被调查企业的功能和风险分析，接受转让定价调查的企业必须填写《企业功能风险分析表》，主管税务机关据此结合调查了解企业其他相关情况，填写《企业功能风险分析认定表》，并将上述两张表随同立案报告一并报送国家税务总局。

（2）关联交易的特点。企业应根据自身关联交易的类型和特点选择相应的转让定价方法。对此，《办法》中明确规定了不同方法通常情况下分别适用何种关联交易类型。

（3）信息来源的可靠性和一致性。比如在选用交易净利润法时，除了要考虑交易的产品和企业的功能风险外，还要考虑关联企业和独立企业之间对于净利润的评估标准是否一致。

《办法》对转让定价方法作出了最大程度的明确，但是由于这些方法对于大多数企业来说还是非常生疏，因此今后在填报关联交易报告表以及实际业务操作中应加强对这些方法的理解，必要时可以咨询专业人士，以便将上述转让定价方法更好地运用在企业的日常经营当中。以下建议供纳税人参考：

可比非受控法的运用：

（1）对于可比非受控法的运用，在有可能找到可比非关联交易的情况下，该方法是符合公平交易原则的最直接、最可靠的方法。但是在现实经济生活中，各种事实和条件均完全相同的交易几乎是不存在的。交易中的任何差异均有可能对交易价格产生一定的影响。在这种情况下，就应对有关差异进行一些适当的调整，但所作调整的程度和可靠性将会影响可比非受控价格法分析的有效性。中国税务机关在实践中较少采用可比非受控价格法作为调整方法。

“成本加成”概念：

（2）在《办法》发布之前，原规程中提及的“成本加成”概念一直存在争议。即计算成本加成的基础应当仅指销售成本，还是应当同时包括企业的经营费用。而成本加成法的概念在《办法》第二十五条中得到了明确。即独立交易价格等于合理成本加上可比非关联交易的毛利。该计算方法同OECD转让定价指南中的描述相一致。因此，广大纳税人应注意区分该方法与实际业务中通常采用的成本费用加成合理利润的方法。这也从另外一个角度反映出，企业在进行关联交易定价时所采用的转让定价方法，有可能与理论上进行关联交易审阅所选用的验证方法有所不同。

《办法》第三十七条：

（3）根据《办法》第三十七条规定，转让定价方法不仅要由企业依据自身经营状况选择，而且它也是税务机关用于评价企业关联交易是否符合独立交易原则的方法，税务机关将会根据公开或非公开的信息和资料进行分析和评定。转让定价在中国的立法和执法也愈加严格，税务机关对转让定价经验逐渐丰富。企业对此应做好充分的准备，以便向税务机关提供充足的资料来证明企业的关联交易符合公平交易原则。

值得注意的是，虽然《办法》第三十七条规定，税务机关应选用本办法第四章规定的转让定价方法分析、评估企业关联交易是否符合独立交易原则，分析评估时可以使用公开信息资料，也可以使用非公开信息资料。但是在实际操作中，税务机关往往会优先选用公开数据进行相关的验证和分析，只有在公开数据无法获取或不可用时，才会选用非公开数据。

其他说明：

（4）为了给所选择的转让定价方法提供翔实可靠的数据支持，纳税人在向税务机关提交的同期资料中对于可比性分析部分应尽量条理清晰，以便更好地证明所选择的转让定价方法的合理性。

对于跨国企业而言，合理管理内部的转让定价对于控制税务风险及财务确定性至关重要。一般而言，企业在处理转让定价事项时会主要包括以下几项内容

预约定价安排是企业与税务机关就企业未来年度关联交易的定价原则和计算方法所达成的一致安排，其谈签与执行通常经过预备会谈、正式申请、审核评估、磋商、签订安排和监控执行6个阶段。

预约定价的整个申请过程一般需要1-2年，有时甚至更长，而且还可能出现税务机关不接受企业申请状况，或者两国税务机关磋商失败的情况。但是，如果企业申请成功，在执行期内可以大大减少企业的转让定价审计风险及相关的内部管理成本（包括同期资料的准备也可免除）。

当企业不可避免地被税务机关选为转让定价审计对象时，企业需要按税局的要求准备并递交资料，并与税务机关会谈磋商以证明其定价的合理性或者确定双方认同的调整金额。税务机关在审计过程中会对企业进行实地考察，包括对相关财务及运营人员进行访谈，以了解企业所承担的功能、风险及拥有的资产。

对于任何的关联交易，都不可避免的会出现需要确定内部定价的情况，如何合理制定各种不同的关联交易定价是企业必须认真面对的。一般而言，大型跨国企业都有一套针对整个集团内各种关联交易的系统定价政策，包括对行业的分析，集团内各种类型企业的定位、经济分析、利润水平的确定等。

企业在日常生产管理中将依据本集团的定价政策确定各种产品及服务的具体价格，并进行定期的复核，以确保执行结果符合既定的定价政策。

随着全球经济的一体化及经济格局的改变，越来越多的跨国企业对其全球运营架构进行一系列的转变，主要包括改变或建立新的区域总部、转变销售模式、转换供应链结构、对新市场的渗透、兼并与收购等。对于这些转型，企业将不可避免的要改变现有的关联交易模式包括建立新的关联交易。另外，由于母公司及各子公司的运营架构（部门设置、人员结构）会发生变化，这将可能导致企业的定位发生变化，从而使得关联定价政策出现根本的变化。

在整个价值链转型过程中，企业需要事先对转让定价的影响进行全面的考量，包括由此产生的各企业利润水平的变化可能引起的税务风险及税负成本的节约。通常，这种项目除了运营管理和转让定价管理的参与外，还会涉及绩效管理、系统管理等多个方面的考量。