由于历史的原因，两岸四地的高等教育体制差异较大，因此，只能选择那些共同适用于两岸四地大学实际情况、具有跨地区可比性的指标。根据从事国际性大学比较与排名的经验和对国内外主流大学排名所采用的指标的研究和分析，在世界大学学术排名所采用的指标体系的基础上，又增加了数个同时适用于两岸四地教育状况的指标，形成了包括人才培养、科学研究、师资质量和学校资源4大类13项指标的指标体系。

为了更好地体现大学的水平和质量，对所有与规模有关的指标都同时使用了绝对数和相对值。在指标权重的安排上遵循了《高等教育机构排名的柏林原则》中要求优先考虑产出指标的原则，对于7项产出指标各分配10%的权重，对于另外6项投入和过程指标各分配5%的权重。计算单项指标得分时，令表现最好的大学的该项指标为100分，其它按其与最高值的比例得分，一所大学的总得分由各单项指标得分加权得出。

一所大学攻读学士及以上学位的学生中，攻读硕士及以上学位的学生所占的比例。

一所大学攻读学士及以上学位的学生中，非本地区学生所占的比例。

一所大学的专任教师数与攻读学士及以上学位的学生数之比。

一所大学一年中（2018）授予的博士学位数。

一所大学的毕业生获得诺贝尔科学奖和菲尔兹奖的数量。对不同年代的获奖毕业生赋予不同的权重，每回推十年权重递减10%。统计2018年及之前的获奖者。

一所大学一年中（2018）获得的用于科学研究的经费，经费来源主要包括政府、企业和社会。

一所大学五年中（2014-2018）在Nature和Science两本期刊上发表论文的折合数。只统计研究论文（Article）。对不同作者单位排序赋予不同的权重，通讯作者单位的权重为100%，第一作者单位的权重为50%，下一个作者单位的权重为25%，其它作者单位的权重为10%。

一所大学一年中（2018）被SCIE和SSCI收录的论文数量，只统计研究论文（Article）。对SSCI收录的论文赋予2倍的权重。

一所大学五年中（2014-2018）被Derwent专利数据库收录的国际专利（在中国大陆和台湾地区以外的专利审查机构申请授予的专利）数量。

一所大学的专任教师中有博士学位的教师比例。

一所大学的教师获得诺贝尔科学奖（物理、化学、生理或医学、经济学）和菲尔兹奖（数学）的数量。只考虑教师获奖时所在单位。对不同年代的获奖者赋予不同的权重，每回推十年权重递减10%。

一所大学的高被引科学家总数。高被引科学家是由科睿唯安公司研制的世界范围内论文被引次数最高的研究人员。2020年两岸四地大学排名中的“高被引科学家”指标采用的是2018年12月版的高被引科学家名单（2018 HCR List as of December 6 2018），对于同一单位的学者如果在不同学科中均有高被引，会被记录多次。统计时仅考虑高被引科学家的第一工作单位。

一所大学一年中（2018）的办学经费总额。

2019年11月28日，上海软科正式发布2019中国两岸四地大学排名。这是该排名自2011年问世以来第九次发布。该排名展示了中国大陆地区、台湾地区、香港特别行政区和澳门特别行政区领先的百强研究型大学。

清华大学（北京）蝉联两岸四地第一名，北京大学继续保持第二名，香港中文大学和浙江大学分别位居第三名与第四名，香港大学排在第五名。其他排在前十名的高校依次是中国科学技术大学（6）、上海交通大学（7）、复旦大学（8）、清华大学（新竹）（9）和台湾大学（10）。

2014年11月18日，上海交通大学世界一流大学研究中心正式发布2014年“中国两岸四地大学百强排名”，这也是该排名自2011年问世以来第四次发布。清华大学（北京）连续四年蝉联榜首，厦门大学列第37位，较2013年的第35位下降两名。

在排名前十位的大学中，清华大学（北京）第四年蝉联榜首，清华大学（新竹）和台湾大学分列二三位，香港科技大学则取代香港大学，继2012年后重新回第四名，北京大学维持2013年第五名位置不变。位列第六至第十名的分别是香港大学、香港中文大学、中国科学技术大学、交通大学（新竹）、浙江大学。排名显示，大陆地区、台湾、香港三地的高水平大学齐头并进，排名整体格局较之2013年无太大变化。

“中国两岸四地大学排名”选择的对象是中国大陆地区、台湾地区、香港特别行政区和澳门特别行政区的高校中以建设世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学，且面向两岸四地招生者。在大陆地区，研究人员以是否入选“211工程”作为标准来判断大学是否以建设世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学为主要目标。作为大陆地区高水平大学的代表，“211工程”大学共有112所，涵盖了所有39所“985工程”大学，其中，面向台港澳招收本科生的大学共92所，被作为大陆地区排名的对象。