十三世达赖坐床后，清廷按例封其父为公爵，噶厦拨给许多庄园和农奴，成为大贵族朗敦。

光绪十二年（1886年），英军由锡金侵入西藏。

光绪十四年（1888年）3月英国又武装进攻隆吐山，中英签订《藏印条约》，英国正式吞并中国的藩属哲孟雄，英国取得在亚东开埠贸易的特权。

光绪二十四年（1898年），英印总督寇松两次致函十三世达赖，试图抛开清政府，与西藏单独谈判立约。遭十三世达赖坚决拒绝后，寇松乃以武力相威胁。

光绪二十五年（1899年），十三世达赖通过外蒙古哲布尊丹巴转奏清廷，请求与清政府直接对话，并请援助军火以御外侮，遭到清政府“逐条驳斥”。次年（1900年），十三世达赖两次秘遣亲俄分子德尔智赴俄寻求支持。

光绪二十九年（1903年）底，荣赫鹏率英军三千再度侵藏，由亚东、帕里入江孜，于翌年8月攻占拉萨。十三世达赖带少数扈从逃亡，暂驻外蒙古库伦（今乌兰巴托），再遣德尔智赴俄。光绪三十二年（1906年）4月起程返藏，因英方阻挠，被迫暂栖塔尔寺。此时班禅、达赖先后提出入京陛见。

光绪三十四年（1908年），十三世达赖奉旨入京，觐见光绪帝和慈禧太后，商讨藏事，并由清廷颁给金册。十三世达赖又于雍和宫会见英公使朱尔典，表示友好互利。

宣统元年（1909年）9月，十三世达赖取道藏北那曲返回拉萨。时值驻藏大臣联豫推行各项改革，引起动乱，清朝根据联豫请求，派川军入藏弹压。十三世达赖致电各国驻京公使，要求迫使清廷撤军，同时下令征调民兵阻截川军。次年（1910年）3月初，川军进抵拉萨，与藏军发生冲突，十三世达赖仓皇逃往印度。清廷宣布革去十三世达赖的名号。

宣统三年（1911年），清朝灭亡。十三世达赖受英国指使，派达桑占东潜赴西藏组织暴动。驻藏川军以“响应革命”为名哗变，大肆抢劫拉萨市民财物，引起西藏人民的反对，被缴械送回内地。驻藏大臣因清帝退位而自动离职，西藏地方政权统治出现暂时真空状态。

民国元年（1912年）6月，十三世达赖回藏。

民国二年（1913年）10月，十三世达赖派代表参加西姆拉会议，主张西藏“独立”，参加会议的北洋政府代表对这一无理要求予以拒绝。

从民国二年（1913年）始，十三世达赖在西藏推行一系列“新政”，包括创办新军，设置警察，建立邮政，开办电厂，促进医疗、教育等。民国六年（1917年）和民国十九年（1930年），十三世达赖在英国胁迫下两次发动对西康的进攻。

民国八年（1919年）10月，北京政府派朱绣入藏，与十三世达赖多次会谈，达赖表示愿服从中央政府。

民国十年（1921年）初，发生了拉萨三大寺喇嘛反对英人柏尔扩编藏军，加征赋税的暴动。民国十三年（1924年），以达桑占东为首的亲英少壮派军人谋反败露，被十三世达赖革职查办。十三世达赖乃下令封闭英人在江孜新办的贵族子弟学校，拒绝英国派遣代表来拉萨的请求。

民国十八年（1929年），南京国民政府派刘曼卿进藏申明政府各项主张，十三世达赖表示拥护国民政府，愿意恢复旧制，派人参加了第二年举行的蒙藏会议，并于民国二十年（1931年）在南京设立西藏办事处。

藏历亥月三十日下午七时半（民国二十二年，1933年12月17日），十三世达赖病逝于拉萨。南京国民政府追封他为“护国弘化普慈圆觉大师”。

父亲：贡嘎仁青

母亲：洛桑卓玛

十三世达赖十分注重文化知识的学习，他通晓汉、蒙古、英以及古印度的“兰扎”“乌尔都”等文字。不但精通佛学，而且对政治、法律、经济、天文、地理、音韵、医药等学科都有钻研。

十三世达赖在处理繁忙的政教事务中，仍坚持撰写著作。一生著有《关于音韵学的注解》《关于僧众戒律问题》《塔尔寺等各寺寺规明鉴》《佛教讲论经典的解释》和《佛师普觉传及建塔史略》等29函著作。