1999年，学校高初中分离，在原商业技校校址筹建学校高中部（现高中东校）。

2002年，学校高中部新校区（现高中东校：青年东路108号）独立并投入使用。

2004年，“邳州中学”经江苏省教育厅批准并备案，正式改名为“江苏省运河中学”。同年运河中学北校区建成并投入使用。同年7月，江苏省运河中学被江苏省教育厅评为四星级普通高中。

2022年9月，位于中山路以西、文苑路以北，实行九年一贯制教育的文和校区投入使用。

截至2021年，江苏省运河中学东校占地160余亩，有108个教学班，在校学生6000多人；北校占地256亩，建筑面积5.2万平方米，可容纳90个教学班。

截至2023年6月，江苏省运河中学北校共有教职工556人，其中高中部278人、初中部278人；正高级职称教师2人，特级教师1人，徐州市级以上名师5人、学科带头人8人、青年优秀骨干教师17人、青年良师14人。

学校所有教室全部装备一体机、智慧黑板，建成校园资源公共服务平台和综合管理服务平台，建成高中北校地源热泵双供项目和太阳能光伏项目，实现冬季供暖和夏季制冷作业，建成太阳能光伏文化长廊，打造集光伏发电、生态教育和文化建设于一体的校园建筑景观。建成孔子文化广场，创办全市第一家孔子学堂，建成24h无人值守书房，采用自助化借阅管理模式。

运河中学按照智慧校园建设标准，建成录播中心、演播中心、网络数据中心以及校园广播系统、监控系统和网阅系统以及公共数据平台、统一身份认证平台、信息门户平台，同时优化组合所有教育资源，融视频、网络、多媒体等多种方式为一体，为师生提供多种类、多形式、多规格和多层次的教育教学服务。

2018年11月，学校顺利通过徐州市智慧校园建设评估验收，并以绝对优势位居徐州四星级学校第一名。同时，学校是江苏省教育考试院确立的全省首批普通高考评价10所试点学校之一。

运河中学开办创新班、国际班，满足不同层次学生的成长需求；实施分层化教学和校本化课程，提供60种校本课程，开放“课程超市”和网上选课系统。

运河中学依托江苏省首批物理课程基地，培养创新人才；以数学、物理、化学、生物、信息等学科为突破口，打造奥赛专职和兼职相结合的教练员队伍；探索创新实验班人才培养方法，完善并落实学生成长导师制。学校设立信息处，统筹全校信息化建设工作；定期召开领导小组会议，通报、协调各部门工作。

2024年高考，江苏省运河中学清华大学、北京大学共录取6人、复旦大学录取11人、南京大学录取19人、浙江大学录取4人、上海交通大学录取1人、中国科学技术大学录取3人、哈尔滨工业大学录取6人、西安交通大学录取5人。C9达线人数76人，985达线人数366人，600分以上440人。

2024年中考，运河中学全市前5名有4人，普高达线（435分及其以上）2261人，普高录取率超过80%，各项指标再创新高。在2024年运河中学创新班招生中，东校区初中部录取98人。

2020年11月，在江苏省第八届全民健身运动会暨2020年江苏省学生健美操、啦啦操比赛中，学校健美操队获健美操团体第一名、大团体总分一等奖；在七彩语文杯”江苏省第十九届“中学生与社会”作文大赛决赛中，一等奖2人、二等奖6人。12月，在“苏教国际杯”江苏省第二十届中学生阅读与写作大赛 （初中组）中，省决赛一等奖1人。

2020年，学校9位同学获数学奥赛省一等奖，12位同学获物理奥赛省一等奖，13位同学获化学奥赛省一等奖。

2021年3月，在江苏省“金钥匙”科技大赛中，2位同学获特等奖，7位同学获二等奖。4月，在2021年江苏省青少年田径锦标赛暨县组田径比赛中，学校获高中组团体总分前三名。

2021年12月，在“七彩语文杯”江苏省第二十届“中学生与社会”作文大赛中，1位同学获初中组特等奖（省第3名），1位同学获省一等奖，2位同学获省二等奖。

2021年，在全国中学生生物学联赛（江苏赛区）中，学校参赛的24位同学全部获奖（国家二等奖4人，国家三等奖1人，江苏省一等奖13人，江苏省二等奖6人）；在全国中学生数学、物理、化学三个学科奥林匹克竞赛中学校学生获省级以上奖励达96人，其中1位同学获数学全国一等奖，2位同学获化学全国一等奖。

2022年1月，在2021年全国中学生英语能力竞赛决赛中，获全国一等奖22人，全国二等奖99人，全国三等奖106人。2月，在“网易LOFTER”杯第24届全国新概念作文大赛中，1位同学获全国A组（高三高二学生）一等奖。6月，在第十六届全国中学生创新作文大赛全国总决赛中，13位同学获一等奖，20位同学获二等奖，100位同学获三等奖。

2023年12月，在江苏省“《七彩语文杯》”第二十二届“中学生与社会”作文大赛决赛中，初中部1位同学获特等奖（省第四名），高中东校5位同学获一等奖，9位同学获二等奖；在2023年徐州市中小学羽毛球比赛中，1位同学获徐州市县区初中男子组第一名，1位同学获女子组第三名。

2023年12月，在2023年“领航杯”徐州市教育信息化应用能力大赛中，学校高中部作品《校园文明礼仪情景剧》获数字创作项目一等奖，作品《我们的体育节》获二等奖，初中部组合双获计算思维项目一等奖，初中2位同学组合、高中部2位同学组合获英语口语电视比赛二、三等奖。

2023年，在全国中学生数学奥林匹克竞赛（决赛）暨第39届全国中学生数学冬令营中，高中东校1位同学获得金牌；在2023年全国中学生数学奥林匹克竞赛（预赛）中，高中东校两位同学获江苏省赛区一等奖。在第37届中国化学奥林匹克（初赛）中，高中东校、北校各1位同学获全国一等奖；在第40届全国中学生物理奥林匹克竞赛中，学校14位同学获省一等奖；在第32届全国中学生生物学联赛（江苏赛区）中，11位同学获省一等奖。在全国青少年信息学奥林匹克联赛中，1位同学获全国二等奖，2位同学获全国三等奖。

2022年，在徐州市教育系统先进集体、优秀教育工作者评选中，学校胡自军、李波、冯英杰三位老师获得徐州市优秀教育工作者称号。

2023年4月，在2022年度邳州市中小学教师优质课评选中，北校初中、高中两部共有35名教师获奖，其中初中部一等奖7人，二等奖11人；高中部一等奖5人，二等奖12人。

2023年7月，顾亚东老师入选2023年“苏教名家”培养对象江苏省教学名师名单。‍

2023年12月，在2023年徐州市中小学班主任基本功大赛中，张方老师获初中组一等奖，窦贤锋老师获高中组二等奖。

2024年1月，在徐州市第二十届“创新杯”中小学教师优秀教学论文评比中，张菊、李恩乔、吴映颉、高玉玉、曹彩云、王云、兰鑫、陈洁玉、沈晓雷、汤佳柔、陆学玲等11位教师获一等奖，另有18位教师分获二、三等奖。

2020年，江苏省运河中学与江苏省如东高级中学、江苏省宝应中学、江苏省镇江中学、江苏省东台中学、江苏省赣榆高级中学成立江苏省卓越高中深度学习联盟。

运河中学组织教师参加国家、省市新教材培训活动，分批次组织学科主任、备课组长、年级负责人和学科骨干教师，奔赴南京、南通、镇江、扬州和山东枣庄等地学习交流。在徐州市教研室组织的徐州市首届四星级高中数学青年教师解题能力竞赛中，学校冯英杰老师获得二等奖，刘远波、吕作文老师获得三等奖；先后与新沂市第一中学、徐州市侯集高级中学、江苏省沭阳高级中学等兄弟校组建发展联盟，开展合作交流；组织高三数学组赴江苏省沭阳高级中学考察学习，接待江苏省睢宁高级中学语文组、沭阳中学英语组访问；编印“他山之石”系列学习体会，举办外出学习汇报会，组织数学、物理、生物、化学等学科主任赴南京师范大学、江苏师范大学等高校，交流学习学科建设经验，邀请江苏师范大学文学院专家、教授来学校现场指导。

2024年4月，复旦大学授牌运河中学“优质生源基地”；5月，吉林大学授牌运河中学“优秀生源基地”；6月，南京大学物理学院授牌运河中学“拔尖人才培养实践基地”、“物理创新实践基地”；7月，苏州大学为运河中学45名同学现场颁发录取通知书，苏州大学副校长沈明荣出席。

2024年3月，江苏省运河中学与加拿大威廉高中缔结友好合作学校，共同探索教育教学的新模式，分享各自在教育改革和发展中的经验与成就。

学校校名“江苏省运河中学”由武中奇先生题写。

知行合一、超越自我

负责任、做真人

严谨、善导、敬业、创新

勤奋、多思、博览、贯通

江苏省运河中学开展“大运河文化进校园”活动，开展保护大运河志愿服务活动，组织学生赴新河镇现代农业示范园参观学习。

江苏省运河中学统编全年德育计划，开展书法、绘画、摄影、手抄报创作比赛，开展“我的大学”、“青春畅想”等演讲大赛，百日誓师、成人仪式，以及“运中体”英语书法和汉字书写、课本剧演出、古诗词诵读等结合学科特点的小型竞赛活动。

江苏省运河中学大运河文学社的前身是“春华文学社”，2022年2月更名为“大运河文学社”，现有社员100多名。

文学社以“繁荣校园文化，丰富课余生活”为宗旨，以“扩展知识视野，提高读写能力，培育文学新苗”为目的，以“运河潮起，沟通未来”为口号，以“让我们荡起双桨”为社歌，积极探讨写作技巧，努力提升语文素养。

文学社以运河中学党委书记、校长李宏飞为顾问，副校长、德育主任为指导，葛菲老师为社刊《大运河》主编，袁英俊老师为指导教师，并邀请部分老师为编委。文学社开展了内容丰富、形式各样的启动、颁书、赠书、纳新、走进大运河等活动。