通商银行成立之初，国家即授予发行银元、银两两种钞票的特权，以为民用，使为整理币制之枢纽，至此国中始见本国纸币与外商银行之纸币分庭抗礼，金融大权，不复为外商银行所把持。除发钞外，该行并代收库银，全国各大行省，均先后设立分行，重要者计有北京、天津、保定、烟台、汉口、重庆、长沙、广州、汕头、香港、福州、九江、常德、镇江、扬州、苏州、宁波等处，业务极一时之盛。光绪二十六年（1900年），八国联军攻占北京，京行首遭焚毁，天津分行亦随之收束，业务渐告不振。到光绪三十一年只剩下北京、汉口两个分行和烟台一个支行了。

民国肇兴，该行成为纯粹的商业银行。时华大班陈笙郊、谢纶辉两人已相继去世，因谢纶辉之子谢光甫接任第三任华经理，亦改称为总经理。傅宗耀遂采取投靠军阀，拉拢股东，逐渐架空谢光甫，成为了第四任经理。傅宗耀（筱庵）继任其职；惟洋员的权限，自民国元年（1912年）以后的10年中，已逐渐收回。傅掌权后，继续献媚投靠北洋军阀，以大量资金支持北洋政府。民国16年3月，北伐军到达上海，傅筱庵被通缉，逃往大连。后经虞洽卿等人的疏通，国民政府撤销对他的通缉，回到上海，仍任通商银行董事长兼总经理。傅筱庵从大连回来后，通过财政部次长徐堪的关系，获得加发新钞的权利。民国23年发行额达到2900多万元，而现金准备加上保证准备不过900多万元，严重不足。次年夏，上海发生挤兑风潮，金融紧迫，该行准备空虚，应付为难，傅筱庵乞求徐堪帮助，结果正好落入圈套，国民政府当局随即授意杜月笙出面维持，同意由中央、中国、交通3家银行各拨款100万元解决通商危机。当中央银行100万元款项拨到后，一场风潮终于平息。6月7日上午通商银行召开董事会，互推杜月笙为董事长，傅筱庵改任常务董事。是年冬，国民政府实施法币政策，所有发行事宜，即遵令移交中央银行办理。民国25年春，该行正式改组为“官商合办”银行，资本额增为400万元，原有私股350万元按15%折合成52.5万元，另由国民政府以复兴公债抵充，加入官股347.5万元。此后，中国通商银行即为蒋、宋、孔、陈四大家族所控制，与四明商业储蓄银行、中国实业银行、中国国货银行合称为“小四行”。

抗日战争爆发以后，该行为应付非常起见，特设上海分行，将原有总行机构自上海外滩迁至前法租界霞飞路（今淮海中路）办公，以谋相机内迁。原有东南各行处业务，均遭停顿，先后撤退来沪，成立撤退联合办事处。民国27年4月与四明、中汇两银行在香港设立联合通讯处，把一部分资金转移到香港。民国30年9月，杜月笙派骆清华到重庆筹设分行。民国32年6月改渝行为总行，并先后在兰州、西安、洛阳、宝鸡、成都、自流井、衡阳、桂林等地设立分支机构，业务重心转移到大后方。与此同时，通商银行在上海的机构和业务，在太平洋战争爆发后不久，即由汪伪政府接管，另派张文焕为董事长、李思浩为董事，受伪中央储备银行的控制。

抗日战争胜利后，杜月笙、骆清华赶回上海，积极筹划收复区各行处的接收清理事宜，同时将上海分行及所属沪区各支行先予复业。1946年春总行由重庆迁回上海，并次第恢复了京、甬、杭、锡等分支行。但是，在国民党发动全面内战、经济濒临崩溃之际，银行正常业务难以开展，而杜月笙、骆清华等更想方设法抽逃资金，因此，到上海解放前夕，通商银行除一些房地产以外，只剩下一个有名无实的空架子。